西迪斯人（非洲印第安人）是一个部落居民，其成员居住在古吉拉特邦的卡纳塔克邦沿海地区和安得拉邦的某些地区。 历史记录表明，大约300-500年前，葡萄牙人将Siddis从非洲带到印度； 但是，关于它们更精确的祖先起源的信息很少。 在这里，我们进行了全基因组调查，以了解Siddis的种群历史。 我们使用了成千上万的常染色体标记，表明它们继承了非洲人，印度人以及欧洲人（葡萄牙）的祖先。 此外，对单亲（Y染色体和线粒体DNA）标记的分析表明，Siddis的祖先是撒哈拉以南非洲的班图人。 我们估计，西德迪斯族非洲祖先与邻近的南亚族群之间的混合可能发生在过去的八代（约200年前）中，与历史记录一致。

本文的主要增值是与印度人混合的时间的估计。 我会讲到这一点，但让我们真正快速地了解系统发育关系：

PCA和外加剂估计值完全一致。 西德迪斯人比非洲人更多，但显然与印度人混为一谈。 为了获得更详尽的了解，作者还研究了单亲世系。 注意母体mtDNA与父系Y祖先估计之间的显着不一致。 更奇怪的是， 使用常染色体估计值，总血统的代数和父系血统的数量，注意更接近的值。 我认为这是一个很好的解释：发生在非洲的奴隶运输受到男性的强烈偏见。 这些非洲出生的男性同化为非洲裔印第安人社区，该社区早年通过结婚的妇女在印度裔中占有很强的地位。但是，一旦重要的锡迪族社区发展起来，他们便吸收了新来的人，这些人是男性，并且增强了常染色体和Y染色体血统的非洲数量，但没有增强mtDNA。 喜欢 阿根廷 当非洲裔印第安人和当地人之间的界限更加通透时，西迪斯人的母系便是最初几代人的阴影。

最初的一代可能是最近的一代，因为作者估计外加剂的平均日期是现在之前的约8代。 标准误差 1代。 这几乎是伪造锡迪斯人从第一代印度-伊斯兰人的到来所产生的命题。 相反，西德迪斯人似乎更可能追溯到印度洋人类贸易，这是葡萄牙人口述历史上所暗示的。 重要的是要记住，阿曼阿拉伯人和其他人也参与了这种贸易，但是葡萄牙人在16世纪和18世纪处于独特的位置，将非洲人从其东非的据点运送到印度西海岸的防御工事。

他们估计此混合事件的方式非常简单。 地理上不同的种群具有自己独特的遗传变异。 如果您从非常不同的人群中选择两个人，那么他们所携带的两个人中只有一个人是通过的（授予 重组的 两个亲本链的混淆）。 这意味着后代将有两个 同源染色体 这反映了非常不同的祖先历史。 举一个具体的例子，如果某人有一个印度父母和一个非洲父母，那么他们的一条DNA链将具有一系列遗传变异，这些遗传变异与该DNA链所通过的父母的祖先极为相关。 这就是为什么第一代混合种族个体具有很高的杂合率和很少的纯合运行的原因。 它们的成对子链不太可能具有最近的共同血统。

这也意味着在混合种族的第一代人群中，您会看到很多 连锁不平衡 （LD）。 这意味着与种群1相关的标记x，y和z可能会在同一DNA链上找到，而与种群2相关的标记a，b和c可能会在其他DNA上找到。股。 因此，您将获得长单倍型，跨基因的独特标记集，表明两个亲代群体的人口统计历史相同。

但是我规定了第一代，因为随着时间的流逝，LD将由于基因重组而衰变。 左侧的示意图说明了正在发生的事情。 回想一下，在减数分裂过程中，亲本染色体分离并分类，形成了单倍体配子，这些单倍体配子将单链传递给后代。 但是，这个过程并非总是没有意外的。 特别地，父母的独特链可以断裂并重组以在链水平上形成新的单倍型。 例如，假设您的母亲有一条是母亲的，另一条是父亲的。 通过重组，她可以传给其后代（相对于自己的父母而言，母本为2/3，母本为1/3），因为这些母线可以重组。 因此，在第一代中，杂种在单链的祖先之间具有完美的关联，但是重组将打破这些关联。 第一代非洲印第安人可能会将25％的非洲人和75％的印度人的后代传播给他们的后代。 在几代人中，这种混合与匹配打破了通过掺和物产生的联系。 如果假设这种重组率是恒定的，那么连锁不平衡的程度和单倍型嵌段的长度可以给我们一种自混合以来的时间感。 如果混合物是最近的，则此方法相对有效，因为在几代人之后，LD的程度将渐近地接近没有混合物事件可能期望的基线。 换句话说，对于时间上的事件而言，精确度很高，但是对于远古时代而言则相对较低。

如该论文所述，维吾尔族人口在距今约2,000年之前表现出混合事件的特征，而非裔美国人人口所表现出的混合事件已有数百年的历史。 Shah等人的一位作者。 是大卫·赖希（David Reich），他是一篇论文的共同作者之一，该论文著名地（对本博客的读者来说！）认为，南亚人是“北印第安人祖先”（ANI）和“南印第安人祖先”（ASI）的古老混合物。 此事件对于LD方法来说太过古老，以至于无法确定日期，至少是他们在这里使用的日期。 西德迪（Siddi）在发生混合事件时类似于新世界非洲人，但他们的性别偏见却大不相同。 在新世界中，母亲的血统绝大多数是非洲的，而父亲的血统则是欧洲的（尽管某些非洲群体有美洲印第安人的血统）。 我认为这可以告诉我们印度Siddi社区的特点。 有趣的是，我认为他们的这种倾向可能类似于阿什肯纳兹犹太人和罗姆人，其父系血统与其文化和身体上的显着特征相关，外源性混合物通过雌性血统出现。

最后，在对单亲世系的分析中，他们表明，非洲的班图人与西迪之间似乎有着明显的联系，而且就附近印度人群体而言，非洲人的混杂事件是单向的。 这些样本来自古吉拉特邦和卡纳塔克邦，并且由于西迪族倾向于穆斯林，而其邻国则可能是印度教徒，因此我认为我们应该谨慎地进行概括。 对HGDP的分析显示，在北部和西部的一些南亚群体中，非洲人的生活非常重要。 我认为这有点老了，可以追溯到有些混杂的西亚集团，但这很有意义，巴基斯坦的穆斯林更有可能吸收其他穆斯林人口，尽管可能是异国情调的。 我私下分析的一位巴基斯坦人展示了一个清晰的非洲祖先信号，他们无法解释，因此它可能是许多南亚穆斯林（虽然不是印度教徒）遗传背景的一部分。

那么第二篇论文呢？ Narang等。 在印度境内，种群的变化范围较大，但标记物的数量较少。 而Shah等人。 使用了约800,000个标记物（Narang等人的组合集）。 大约是20,000，在某些情况下，他们将其与大约3,000个祖先信息标记配对。 从我所见，大约20,000个PCA就足够了，但对于大陆内部的差异，它就在泡沫上，用于分析假定的祖先种群之间的混合（即，由Structure，Admixture，frappe等产生的条形图）。 此外，而Shah等人。 Nakar等人使用了来自卡纳塔克邦和古吉拉特邦的Siddi样品。 只专注于古吉拉特邦（Gujarati Siddis）。 最大的结果似乎证实了Shah等人的暗示： 印度与Siddis的混合物表现出地区性偏见。 沙阿（Shah）等人。 得出的结论是，使用ASI偏斜的印度样本比使用ANI偏斜的样本效果差。 Narang等。 证实了这一点，表明古吉拉特语Siddis对西北印度裔群体的展示和掺和倾向更多。 其中一些可能是欧洲或中东的混合物，但我怀疑最好的解释是，作为主要是穆斯林的这些锡迪斯人与印度伊斯兰背景的人之间的互动不成比例。 特别是，来自印度北部和西北部（今天为巴基斯坦）的移植物数量不成比例，随着原始德里苏丹国的崩溃，这些移植物迁移到了印度中部和南部。 这些精英首先会经常购买西迪迪斯人（尽管一些印度教徒也购买或接受了黑人奴隶的礼物，他们的国际联系更加脆弱，而且他们的政体往往比海基要多）。

由于标记集更薄，因此作者对混合事件的了解不多，只是它是最近的。 但是，关于功能相关的基因有一些有趣的地方：

我们还想看看是否有一些生物过程被选择性地从任一祖先的混合种群中富集了。 考虑到两个祖先种群之间的FST值≥0.1的SNP，我们从3396个SNP中选择了18,534个进行功能分析。 其中有1218个SNP被滤出，因为它们在OG群体中的频率在预期频率的5％以内，这是两个祖先群体等位基因频率的祖先加权平均。 根据等位基因频率与印度和非洲祖先群体的亲近度，将其余的SNP分为两组，分别为1240和938个SNP。 对这些组中的基因类别进行分析后发现，钙粘蛋白，钾通道，膜蛋白和溶质载体以及接近IE的组中的蛋白激酶和接近非洲血统的组中的激酶和免疫相关基因均显着富集。 进一步的功能注释聚类（FAC）显示，与SNPs频率接近印度祖先群体的频率相关的基因组中，与轴突发生和钾转运相关的过程明显丰富（表5）。 但是，FAC并未透露其他小组贡献的过程的任何具体丰富之处。

换句话说，仅凭祖先就与您期望的有所不同。 为什么？ 我怀疑由于非洲相对于南亚常见的高病原体负载而导致某种形式的功能限制的释放（是的，与非洲相比，南亚的病原体负载低！）。 好像气候没有那么不同。 在这里，与祖先的印度成分相比，席德族人口中似乎过分代表的基因类别（换句话说，“印度”祖先的比例在该位置高于预期）：

这是讨论中的详细说明：

…。 但是，我们想检查OG是否保留了任何一个祖先的任何丰富的生物过程。 我们寻找功能富集的目标是与基因相关的AIM，其在OG中的发生频率接近任何一个祖先种群。 我们观察到与离子通道活性和钙黏着蛋白基因有关的过程大量富集。 这些富集过程中的基因型谱与IE祖先的谱接近（图7）。 在非洲血统人群中选择离子通道基因一直是全球的长期难题。 然而，人口居住在该国盐碱化地区并显示出这些基因的差异这一事实令人着迷，并使得人们不得不推测这一发现与生物学有关。 鉴于最近的GWAS对非裔美国人的高血压和血压进行的一项研究涉及与离子通道，钙黏着蛋白和钙调蛋白有关的类似基因家族这一事实，这一点尤其有趣。

IE在这里的意思是“印欧语系”。 由于样本来自印加语地区的古吉拉特邦，因此人们会期望这种亲和力，尽管回想起西迪斯人倾向于偏向北方。 无论如何，约束和选择对这些基因座的含意早已被讨论过了，而非裔印度人案例则是对较大模式的有趣复制。

总结要点：

1 – Siddis的起源相对较新。 1500年以后，可能是早期的英国人。

2 –与南亚人混在一起更像是“女性媒介”。 就是说，印度血统趋向于产妇，尽管并非唯一。

3）祖先似乎也偏向南亚北部和西部。 沙阿（Shah）等人。 有一个卡纳塔克邦（Karnataka）样本，该样本位于讲德拉维语的地区（尽管有印度－雅利安少数民族人口），但他们仍然发现，在该群体中，北印度祖先人口比南印度祖先人口更适合。 主要警告是 五月 是由于南印度背景下的外来西亚或欧洲血统。

4）似乎有一些证据表明选择性限制和压力发生了变化，即使在大约10代左右的时间里，这些变化也对全基因组产生了影响。

最后一点： 如果这里引用的数字是正确的，那么我相信，南亚边界内的大多数非洲祖传元素都分布在南亚穆斯林之中。 对经过文化鉴定的Siddis的数量进行的慷慨估计似乎约为250,000。 如果巴基斯坦人基因组的0.25％是非洲人，我认为这是合理的话，那将是约400,000万西德迪斯！ 我怀疑印度穆斯林，甚至是一些具有中东血统的孟加拉国人（例如我的母亲），由于达累斯回教的世界主义和无处不在的黑奴作为消费信号，因此他们也拥有不平凡的非洲祖先元素和伊斯兰精英中的军事突击部队。 至于在印度教徒中有多少人，我认为这不是非洲人与印度教徒通婚的一个好标准，而是印度穆斯林逊尼派统治者将边缘穆斯林群体，特别是被印度逊尼派统治者视为异端的教派同化为印度教种姓。系统。

引文： Anish M.Shah，Rakesh Tamang，Priya Moorjani，Deepa Selvi Rani，Periyasamy Govindaraj，Gururaj Kulkarni，Tanmoy Bhattacharya，Mohammed S.Mustak，LVKS Bhaskar，Alla G.Reddy，Dharmendra Gadhvi，Pramod B. ，David Reich，Chris Tyler-Smith，Lalji Singh和Kumarasamy Thangaraj（2011）。 印度西迪斯人：非洲后裔与印度混合物美国人类遗传学杂志： 10.1016 / j.ajhg.2011.05.030

引文： Ankita Narang，Pankaj Jha，Vimal Rawat，Arijit Mukhopadhayay，Debasis Dash，印度基因组变异联合会，Analabha Basu和Mitali Mukerji（2011）。 ，最近在非洲裔印度裔人口中的混合物美国人类遗传学杂志： 10.1016 / j.ajhg.2011.06.004

附录： 第一个人物中，黑人的面孔是唯一的一种触动？ 好像文盲们不会读报纸！ 虽然有点有趣。