首先， 看完论文后 我建议在以下评论 霍尔丹的筛子，作者来回进行一些活动。 其次，其中一位作者将 补充资料 在Dropbox上，因此您也可以做到这一点。 我特别推荐这样做，因为它具有详细的方法，代码，并且对诸如D统计量之类的概念进行了简洁但有用的解释。 总体而言，本文分为两个广泛的主题，即系统发育和适应性与选择性分析。 有 许多 X覆盖了以色列，克罗地亚和中国的狼，以及Basenji，Boxer和Dingo。 对于初级分析，样本大小为N = 1，但这不是主要问题，因为由于反复的强制作用，他们对这些个体的多态性具有极其准确和精确的估计。

就本文的受众特征而言，主要的收获是 情况很复杂。 作者推断，家犬过去曾经历过人口瓶颈，数量级为一到两个数量级。 其次，尽管温度较温和，但狼也经历了种群瓶颈。 在第一次阅读时，我对第二个发现感到惊讶， 但在与犬类遗传学家交谈后，我被告知这种狼瓶颈早已为人所知。 基因组学证实了先前的期望，而不是冒出新的推论。

也许更令人惊讶的发现是狗的祖先，是的，有一个祖先的种群来自灭绝的狼血统，但数量并不多。 他们的推论是基于以下事实：从假定的犬只驯养区域采样的三头狼都与犬具有相同的遗传距离。 先前的研究表明，狗可能起源于近东狼，而其他研究人员则主张东亚起源。 这里的结果支持以下命题： 这些建议误解了当地狼和狗之间真正的基因流动。 作者检测了西欧亚狼和西狗（巴辛吉和义和团）和东欧亚狼和东狗（丁哥）之间的基因流。

稍作说明的是，这些结果也证实了 农业前 狗的起源，在11％的置信区间内，BP约有16万年的差异。 这与中国人小组有些出入，但这可能只是变异率参数不同的产物。 无论哪种方式带回家的都是狗早于农业。

但这并不意味着农业无关紧要。 就适应性而言，这里有很多内容，我不确定本文在这一方面是否具有革命性意义。 首先，他们确认 人类 根据生活习惯，淀粉酶基因的拷贝数在犬科动物之间存在差异。 丁戈犬和阿拉斯加爱斯基摩犬的复制品很少，而古代西亚狗则有很多。 另外，作者发现狼具有该特性的正常变异，这表明淀粉酶多态性是常规遗传变异的一部分。

我将留给您调查有关狗的真实的字母基因汤，这些汤因进化而受到自然选择的影响。 我对变化更好奇 中 在这一点上，因为那里也应该有可遗传的变异。

引用： arXiv：1305.7390v2 [q-bio.GN]

因此，大量的数据（基因组和考古学）使我倾向于接受作者概述的犬和狼谱系的一般形状和BP日期> 15,000年。 但是就本文的系统发育而言，还有很多我不愿意同意的东西，因为它如此明显和清晰。 特别是，作者支持这种狗的中国/东南亚血统，而不是中东血统。 东南亚狗血统确实在遗传上确实很多样化，并且以其他狗为基础（即，它们首先在家养狗的分支中发散），这一事实为这一立场提供了支持。 此外，在论文本身中，他们指出，可视化遗传距离的PCA表明，东亚血统在某种程度上向着狼转移。 基于模型的聚类还意味着东亚血统是“更多的狼”。

我不买这个猜想的原因就是他们在论文中所说的 现代分布和关系并不总是映射到古代分布和关系。 对于与推定的新的犬只驯化时期相似的时间深度的人群，我们已经陷入了麻烦。 古代DNA发现了过去与现在之间的巨大分歧。 我不希望狗有任何不同。 作者拥有一打动物的完整基因组。 当数据集扩展到具有合理地理覆盖范围的数百个数据时，我们来谈谈。 他们试图对某种基因流进行建模，但是当我谈论一组生物的起源区域时，这是一个主要问题，这些生物的性质与祖先群体的差异尚不清楚。

但是，与狗的起源区域无关的一个更大的问题是起源“事件”的模式。 在论文中，作者提出了一种典型的经典犬种事件模型，其中，冰河时代的狩猎采集者收养了一些幼犬，而这一种群与狼的主线之间存在明显的，间断的差异。 这些遗传数据根本没有表明这一点。 相反，如果您可以称其为瓶颈，那么“瓶颈”就非常温和（请参阅： 通过瓶颈的火神）。 当然，一些近交近代血统已经经历了瓶颈，但这是在狗和狼最初分离之后的很长一段时间。 相反，这组作者提出了另一种假设，即狗与早期人类并存，其中有一部分狼乐于在人类住区的边缘清除。 这种说法有多种变体和风格，但您可以将它们括为“自我驯化”模型。 这里的现实是，我认为我们在选择形式之间的明确区分是错误的，主要问题不是狗是自家驯养的还是人为驯养的， 但是适应率和人口历史。 思考狗和人起源的最好方法可能不是后者将前者驯化，而是随着人的生活方式和互动方式的改变，狗和人类都一起改变了。 随着农业的兴起和人类生活方式的专业化，随之而来的是狗的多样化。

这就是我认为本文第二部分关注基因组水平上的并行适应的地方，这真的很有趣。

如果您不想单击上面的图像，似乎在家犬的选择信号方面，涉及神经功能，新陈代谢和癌症的基因会丰富。 这不足为奇。 狗表现出与狼的巨大生活史差异（它们繁殖更多，并且不成对结），并且著名地可以阅读 人脸 尽管不如狼聪明。 当然，狗必须至少在某种程度上吃我们所吃的东西。

要了解狗进化史的这一功能方面，尽管必须要确定系统发育学。 因此，毫无疑问，在这个领域将会有更多的人流传下来，并且在未来几年内，人类最好的朋友的自然历史将引起人们的浓厚兴趣。 随着古老的DNA彻底改变了对人类过去的理解，我怀疑还会尝试分析狗的样本（尽管我认为数据集将总是更薄，因为学者们一直都在研究人类遗骸。）

引文： 汪国栋，等。 “狗的选择基因组学以及狗与人之间的平行进化。” 自然通讯4（2013）：1860。

我倾向于这个方向，因为我怀疑人参素本身在最初的几个偶然阶段之后就朝着“不可避免的”方向发展。 我认为社交犬和灵长类动物之间的共同进化不是随机的偶然事件。 在某种程度上，我认为“人的最好的朋友”是进化力量的必然产物。 除非一个血统或另一个血统的全部灭绝， 我怀疑某种合作关系会自然发生。 狗不仅是狼的特定衍生血统，而且是由于人类社会复杂的人类存在而创造的生态位。 人类可能没有驯化的狼 本身，但是人类社会是某些狼自然适应的生态位。 而且，我相信人类已经适应了人类慈善犬科动物的容忍，接受甚至称赞。 在某些方面，它们可能是智能社交机器人即将推出的产品的预览，它将利用相同的认知反应。

图片来源： 维基百科上的数据

由于它是开放访问的，因此您可以阅读论文以获取完整的详细信息。 主要结果是 它看起来像分离和区分的血统 鼠 依赖于人类的扩张。 文章中承认的主要警告是对 mtDNA 的依赖以及跨谱系混合和渗入的可能性，这解释了当前存在的差异。 作者参考 副系 因为可能现代黑鼠的所有后代，按照我们的理解，都可能不被认定为黑鼠，可能是因为它们缺乏适应和与人类共存。

显然，我们需要等待使用更多标记的常染色体研究。 但让我们承认这一发现的稳健性：现代黑鼠谱系是最近印度西部少数人口的人口扩张，以及南亚和东南亚长期根深蒂固的人口的复合体，它们独立地共存并寄生于人类。 我认为这大体上是合理的。 原因不是老鼠，而是狗。

A 新文 刚刚问世，它确立了狗的东亚起源。 或者至少目前是这样，因为有多个原点候选者。 此外，有些人主张新石器时代之前的驯化或狗与人类共存的证据。 我开始怀疑这种令人困惑的大杂烩会导致狗的起源，无论是地点还是时期， 表明在某种程度上，狗的野生祖先是 预先适应 为了与人类共存，它可能已经发生过多次。 这是 Mark Derr 的论点 狗是如何变成狗的：从狼到我们最好的朋友. 我的立场不是现代狗不是新石器时代早期结晶的一小群古代人口的后代。 相反，它们可能只是一长串人与狗共同社会化实验中的最后一个。

随着辐射 人族 进化枝及其向更复杂的社会组织结构的转变，像老鼠这样的寄生虫和像狗这样的伴侣物种的进化是不可避免的。 在那些表现出与人类密切互动的潜力的物种中，你有一小部分是理想的预先适应的。 通常这种预适应不是一个物种的普遍特征，而是性状价值数量范围的一部分。 换句话说，可能总是有狼在场，它们更适合与之互动 古人类，以及优化了生活在边缘和人类住区内的老鼠。 当人类变得众多时，这些以前中性或频率较低的变体成为自然选择的强大目标。