进化生物学早于遗传学。 这是众所周知的。 查尔斯·达尔文（Charles Darwin）原始理论的主要问题之一是，它缺乏合理的遗传机制，这意味着他很难设想如何在几代人之间保持可遗传的变异。 一个“混合”模型，其后代是父母的特征值的综合，在直觉上很吸引人，但也意味着所有变异都将很快被“混合”。 相比之下，孟德尔遗传框架中的性状由离散的和颗粒状的遗传单位“基因”编码，简单地说明了尽管有性生物中的血统混合，但如何保持变异。 简而言之，每一代只是对上一代变异的离散元素的重新配置（请参阅： 孟德尔定律).

终究 费舍尔 在他的著作中将达尔文/生物计量学和孟德尔遗传学这两个相互对立的传统融合在一起 孟德尔遗传假设的亲戚之间的相关性。 这在以下方面得到了进一步扩展 自然选择的遗传理论，并在20世纪初期至中期的更广泛的人口遗传学家群体中进行了详细阐述，最终达到了新达尔文主义的综合论。

遗传学与进化生物学的融合允许对进化过程的动力学进行更深入的研究。 这是因为，基因是进化簿记的具体且可定义的单位（经济学在社会科学中最突出的原因也基于中介交易的透明货币的存在）。 尽管有一些进化过程的模型并不明确地依赖于基因，但是当可能的遗传模型是最佳的时候。 更为广泛的群体遗传世界观将进化视为等位基因频率随时间的变化，从而使进化成为可能。 可测量的 通过遗传分析从非常具体的意义上讲。 1960年代分子方法学的出现以及2000年代基因组学的出现，导致人们越来越多地了解进化变化如何影响生物体之间遗传变异的分布。 现在，借助全基因组分析，研究人员可以确定自然种群内选择的能力（正，负，背景和平衡）。

但是，基因组学革命相对未曾触及的进化生物学领域之一就是性选择研究。 这是一个很大的差距， 因为性选择是一个直观的吸引人的想法，通常可以用作 解围 当您手头没有其他解释时。 因此，很高兴看到这篇评论文章， 性选择的源头：将性选择研究带入后基因组学时代在 进化生物学杂志。 基因组学和性别选择方面存在几个主要问题，本综述着重介绍了这些问题。 首先，似乎是由性别选择驱动的许多性二态性状因性别基因表达的差异而变化，这可能是由于调节元件的修饰或 替代拼接。 因此，简单的序列水平分析可能并不擅长捕获此类动态。 其次，性别选择可能会留下不同的特征，因为在某些情况下，两性之间存在对立的压力。 此外，性选择通常与频率有关，而不是简单的朝向固定的积极扫荡（如论文中所述，简单扫掠会导致力竭力竭，这意味着性选择是非常短暂的现象）。 最后，关于利用GWAS来发现与交配适应性相关的基因座的广泛讨论。 许多工作已经在 果蝇.

通过阅读这篇评论，使我明白了这一点 我很难相信性选择是人类在大多数历史上的强大力量。 原因是与论文中引用的实验模型相比，我们的生殖偏斜并不那么显着。 但是在我看来，对人类的序列水平和调控变异之间的关系的更好理解可以间接地解决这个问题，因为关于人类交配模式的长期性质仍存在激烈的争论。 据推测，如果性选择比较丰富，那么可能存在更多的监管差异，也许可以通过平衡选择来维持。

引文： Wilkinson，Gerald S.，等。 “性选择的场所：将性选择研究带入后基因组学时代。” 进化生物学杂志（2015）。

在下面的评论中，我会立即提及，虽然拉丁美洲人的遗传血统大约是欧洲人的一半，但尽管受到美洲印第安人的影响，但他们文化的许多显着方面却绝大多数是欧洲人（例如语言，宗教和服饰等）。影响。 这不足为奇。 文化和生物进化过程之间的类比很有用，因为人们可以利用形式模型方面的相似性，但是，人们也可以意识到动力学方面的巨大差异。 特别是， 文化进化过程表现出很大的横向传播和年龄群效应，并且在纵向继承方面存在偏见。 尽管通过孟德尔遗传学进行的生物进化不是在细粮上进行融合的过程，但总体来说，它们是从父母双方那里遗传了一半的遗传物质，从而产生了融合的基因组。 不仅如此，而且通过种族隔离法，人们展示出父母双亲的父本或母本遗传拷贝具有同等的遗传概率（减数分裂驱动 对此除外）。

在整个人口规模上，父母贡献之间这种强制性的对称具有后果。 在具有共同血统的两个不同人口之间，每代人只需要在两个人之间有一个移民，即可防止流离失所。 逻辑很简单。 由于减少了遗传漂移，大批人口需要较少的迁徙。 人口少的人会表现出更多的漂移，但一个人在人口中所占的比例要大得多，从而减轻了分歧。 这就是为什么许多生物学家对团体间选择之间（“团体选择”）持怀疑态度的原因； 为了选择操作，需要在组之间分配可遗传的变化。 这种变化不太可能在邻近的人群之间产生，而想象“没有距离的竞争”却没有相互作用（例如洲际规模的人群差异之间的相互作用）是很奇怪的。

文化群体差异的差异可以追溯到父母继承的性质。 父母说不同语言的人通常不会说两种语言之间的混合语言，如果具有复杂特征的生物学类比是适当的话，就是这种情况。 相反，他们可能会说两种父母的语言，甚至会讲一种语言。 如果是后者，通常情况是个人在其成长的群体中符合其同龄人群体的主导文化。 这样一来，群体之间的差异就可以非常强大地发展起来，由于性状上的群体差异和群体内的边缘差异很大，因此群体之间的划分几乎是完美的。

作为前州社会的一个具体例子，可以想像巴布亚两个山谷之间的地方性战争，是由于突袭和绑架而导致妇女之间的交换，导致她们之间的遗传距离相对较小。 但是，如果外国妇女的子女认真遵守其父系遗产的文化规范，以最大程度地减少对她们是自己出生的群体中“不太真实的”成员的看法，则可以轻易保持这种文化距离。 可能以这种方式发出信号的群体差异之间琐碎的非功能性最著名的例子是该术语的起源 Shibboleth.

我经常会收到“我应该读什么书才能理解进化论？”形式的问题。 对我来说这是一个有点尴尬的问题。 与人口遗传学不同，我读过的唯一一部了解进化的教科书是道格·富图玛（Doug Futuyma）最初的名字 进化。 当然 物种起源 是一个简单的建议。 但是除此之外，我不太确定。 我知道有人认为史蒂芬·杰伊·古尔德（Stephen Jay Gould） 进化论的结构 是一项重要的工作，但我属于阵营，它实际上只是对古尔德非常特质的想法的某种简化。 这个问题的一个主要问题是，“进化”涵盖了许多不同的领域，从自然历史一直到种群遗传学（旧的新达尔文主义综合理论已经被修改，并被进化生态学等新领域所附加）。 我知道我如何处理流行音乐，但是（不幸的是）确实对自然历史和宏观进化过程中的科学文献不知所措。 尽管我确实认为Mark Ridley的读者， 进化相当不错（我不了解雷德利同名的教科书，因为我还没看过）。 恩斯特·梅尔（Ernst Mayr） 什么是进化 对于那些科学背景较弱的人而言，它更像是一本非常柔软的入门书，而不是一本正经的书。 理查德·道金斯（Richard Dawkins） 科学作品 与古尔德有同样的问题，他们给出了进化论的非常个人化的观点（尽管我更喜欢它们，因为道金斯比古尔德少了一个离群值）。

欢迎读者在这里发表评论/建议。 为了 遗传基因 尽管我可以做出明智的评论。 如果您想让它易于管理，那就是 约翰·梅纳德·史密斯（John Maynard Smith） 密集但紧凑的教科书。 如果你有野心， 查尔斯沃思＆查尔斯沃思。 另外，我知道现在有点“老”了，但是乔·费尔森斯坦（Joe Felsenstein）的 推断系统发育 非常棒（这是另一种情况，作者有自己的独特见解，但他是一位非常受所有人尊敬的杰出科学家，所以可以）。

里面还有另一篇论文 科学 我没有什么好说的，但是我想指出的是，因为它看起来真的很酷， 人体工程学解决了昆虫进化的时机和方式。 系统发育学的早期工作倾向于使用一些字符或遗传标记。 如摘要所述，他们使用了将近1,500个蛋白质编码基因来构建这种系统发育史。 我的一些认识特定生物的朋友都反对尖端附近的特定分支模式，但我想强调的是 看起来是多么古老的昆虫世系。 我们自己的生命之树的哺乳动物分支实际上仅在过去约一亿年的时间内才多样化。 到三亿年前，大多数大型昆虫已经开始融合！ 就陆地动物而言，昆虫的种类繁多而古老。 他们在论文的末尾指出：“间昆虫的多样性几乎呈线性增长，这表明现存昆虫的多样化过程 昆虫可能未受到二叠纪和白垩纪生物多样性危机的严重影响。“总会有昆虫……。

似乎在进化生物学中，或者至少在公共场合，经常有辩论。 关于 进化生物学，其中一些新的，明亮的和有光泽的事物将彻底改变该领域。 通常，这不会成功。 我会说还没有一个真正的 革命 自从孟德尔遗传学和古典达尔文主义在1920年代和1930年代融合在一起之后，进化生物学就发展起来了。 “合成” 是由于遗传学家与进化相关其他领域的相互作用而发展起来的。 这并不意味着还没有伪装成王位。 理查德·戈德施密特 提出他的“充满希望的怪物”，中立主义在1970年代抬头，evo-devo在2000年代风靡一时。 具有科学成果的发展，例如中立主义，被无缝地整合到进化生物学中，而没有发展史的发展，例如戈德施密特的盐化主义则被抛在了后面。 这就是普通科学的工作方式。

但是，每时每刻，您都有一个自称是众议院的论坛，宣称革命就在眼前。 几十年来，已故的史蒂芬·杰伊·古尔德（Stephen Jay Gould）扮演了这种角色，谴责“超达尔文主义”，并坦率地将进化论的状态从大众化的角度向大众歪曲了。 最近，您有更多的沉默寡言和传统的修正主义者，例如 肖恩·卡罗尔，他们推广evo-devo的变体，使其非常适应常规进化生物学的气候。

自然 现在有一件作品似乎预示着这场永远战争中的另一次齐射， 进化论是否需要重新思考？ 它是以对立对话的形式写的。 我非常相信那些人的阵营，没有理由推翻旧的术语和期望。 进化生物学正在缓慢但肯定地进入新的领域。 没问题要解决。 我可能需要站出来的一个主要问题是 专注于遗传学对于理解进化至关重要，而从故事中心废除继承将剔除推动剧情发展的主要动力。 进化生物学家将概念和具体基因作为信息和继承的离散单元，他们可以检查的事实是至关重要的事实，这使他们与采用类似形式主义但从未取得过类似进展的领域（例如经济学）区分开来。

A 新文 on 丽鱼科鱼 进化遗传学 自然 非常有趣。 它是开放式访问方式，因此每个人都可以阅读， 非洲丽鱼科鱼类适应性辐射的基因组底物:

丽鱼科鱼类以东非大湖中大量，多样且可复制的适应性辐射而闻名。 为了了解丽鱼科鱼表型多样性潜在的分子机制，我们对五种非洲丽鱼科鱼的基因组和转录组进行了测序：尼罗罗非鱼（尼罗罗非鱼），祖先血统，多样性低； 和东非血统的四名成员： Neolamprologus brichardi / pulcher （旧辐射，坦any尼喀湖）， Metriaclima斑马 （最近的辐射，马拉维湖）， 潘达米利亚·尼雷雷（Pundamilia nyererei） （最近的辐射，维多利亚湖），以及 牛膝菌 （坦any尼喀湖周围的河豚种类）。 我们发现与罗非鱼和其他硬骨鱼相比，东非血统中的基因重复过多，大量非编码元件差异，加速的编码序列进化，与转座因子插入相关的表达差异以及新型microRNA的调控。 另外，我们分析了来自维多利亚湖的六个密切相关物种的XNUMX个个体的序列数据，并显示了在编码和调控变异体上的全基因组多样化选择，其中一些是从古代多态性中募集的。 我们得出结论，许多分子机制塑造了东非丽鱼科鱼的基因组，并且在轻松的纯化选择期间积累站立变异可能对促进随后的进化多样化很重要。

读这样的论文让我很清楚为什么 有机信息 在试图理解进化过程中非常关键。 费舍尔 是一位伟大的科学家，但是他尝试为进化过程创建非常通用的规则，如 自然选择的遗传理论 事后看来似乎是古怪的。 作为一个 我的教授 曾经说过“生物学是例外科学”。 这可能是19世纪旧的创造“法律”风潮逐渐衰落的原因之一。 只有在例外情况很少的情况下，法律才有用。 进化生物学过程的多样性和特异性是为什么我认为二分法形式的争论徒劳无功的原因。 例如，“选择主义者与中立主义者”，或主张将偶然性作为进化结果优先考虑的人，或主张趋向确定性结果的趋同的人。 令我惊讶的是，所有这些问题的答案都必须以“取决于……”这一短语为基础。

非洲丽鱼科鱼的故事相对众所周知。 您有大量的表型结果，这似乎是相对较新的多样化的结果。 不仅， 但是丽鱼科鱼 看起来挺酷. 问题是，这能告诉我们关于进化的什么？ 本文对一些选定的谱系进行了很多的基因组切片和切块。 在我们不了解基因之前，进化中传递的本质是一个黑匣子。 随着DNA的改变，现在有了基因组学，我们可以研究不同特征在不同世系之间以及随着时间的变化。 例如，拷贝数变异，编码区，调控元件和字符比诸如LINEs等基因组学之外的字符更为抽象。 对一群丽鱼科鱼进行测序可以使您在 自然，但这不是全部。 关键是，至少在这种情况下，它能告诉您有关进化的信息吗？

基本上看来，由于对祖先世系中已经存在的许多基因座上的自然遗传变异进行了选择，因此发生了丽鱼科植物辐射。 键入起来很容易，但是在某种程度上，这种现实有点困难，因为经典的选择模型通常基于遗传底物中出现的新突变，以及从原始突变体形式快速扫向固定的基础。 人类对此的例证是乳糖酶的持久性，这似乎是由于大约5,000年前出现的新突变引起的基因调控变化，并迅速席卷了许多不同人类谱系。 这种现象就像在基因组上敲打锤子一样。 它留下了一个大标记，易于检测。 与硬选择相反，对站立变异的软选择在许多位点上起作用，而不是单数意义上的新基因型产生基础等位基因频率的变化。 在某种程度上，这是更经典的达尔文式，但它也产生了更多的成果，并且不像从新突变中硬扫过的简单模型那样优雅。 但这就是事实。 至少在丽鱼科鱼血统中。

实际上，我怀疑在许多复杂生物中就是这种情况。 有关人的插图，请参见 人类适应的遗传学：硬扫描，软扫描和多基因适应。 我敢打赌，这也是我们许多家畜中的常态。 例如 兔子。 几年前的一次会议 克莱尔·韦德 报道指出，对犬种间不相交分布的性状和基因的关注掩盖了一个事实，即该谱系的许多变异仍在共享，并且可能会对多基因性状进行很多软性选择。

因此，不久的将来是数量性状，自然选择将改变谱系中已经存在的变异。 也许人们应该开始重新阅读 数量性状的遗传与分析。 而且，作为一个怪异的副作用，如果我对这样的事情感兴趣，我敢打赌，强调从站立变化中进行选择可能会支持哲学一元论。 一切都是一。 或者其他的东西。

最新一期 基因 有一个有趣的假设文件， 哺乳动物中的“驯养综合症”：基于神经C细胞行为和遗传学的统一解释。 听起来很棒，但是如果您阅读了详细内容，那么从某种意义上说，改变人类的发展途径就很有意义 神经c 细胞扰乱了许多特征。 在这种情况下，选择的目标是“驯服度”，即它们在文本中阐明的确切参数。 但是，还有许多其他表型副作用是驯化的标志。 基本上，这些可能是 遗传相关，因为给定的遗传改变会产生多种下游后果。 该文件是开放获取的，因此我邀请您自己阅读并下定决心。

对我来说，最有趣的一点是 在哺乳动物（也许还有其他脊椎动物！）中，发育的中断单单是由于神经changes细胞的变化所致，但在遗传水平上，进化过程是多基因的且是多样的。 换句话说，发育途径将表现出相似性，遍历性，相似的相关副作用特征。 但是跨物种变化的遗传结构可能会有所不同，因为有许多受选择表型靶标影响的基因。 另一种说法是，所考虑的谱系中没有驯化的基因，而是有许多具有显着但又不至于造成压倒性影响的基因。 当然有多基因的，然后有多基因的。 驯化的常见副作用之一是哺乳动物皮疹的色素沉着，但这是一种情况，其中影响该性状的基因数量相对较少，大约十个基因占变异的一半以上。 相反，您具有多基因特征，例如身高，因此您很幸运地找到了一个可以解释这一变异百分比的基因座。 如果驯化像后者，那么在进化故事中常设变化的作用将是巨大的，几乎是全部。 相反，如果色素沉着比经典选择更具代表性，那么针对特定谱系特有的大突变新突变可能仍然很重要。 别la脚，但答案可能平均会在中间。

其次，在阅读本文后，我想到了有关偶然性，显着性状的遗传结构以及选择适应性驱动因素的更广泛的问题。 很难否认的是，如果您足够地限制系统发育空间，那么在许多情况下，进化力将基本上导致大致相似的表型和遗传结果。 尽管在性状和遗传变异方面存在一些差异，但是哺乳动物分类单元之间存在很多重叠，这些重叠是人工选择的目标。 尽管作者没有直接解决这个问题，但显然许多围绕驯化的现象也适用于人类。 If 他们做到了，并且 if “驯养”是通过在站立变化时逐渐选择，然后寻找 基因 这使我们独特的人类（例如“语言基因”）可能是徒劳的。 而不是 一个基因，随着等位基因潜在频率的变化，我们的人类可能已经摆脱了逐渐的变化。 这不是一个性感的答案，它将为发现该基因的研究人员带来基因组声誉。 人类基因。 最后，存在一个问题，我们将人工选择和驯化归为一类，好像它们是源自人类代理的独特过程一样。 我自己的立场是，尽管出于语义目的，我们可以说“人为选择”，“性选择”和“自然选择”，但这些现象的根源实际上并没有根本的区别。 选择是选择，其余是评论。 对我而言，这意味着尝试理解驯化实际上可能使我们更广泛地理解进化（我怀疑查尔斯·达尔文会同意这一点）。

在我之后 发表, 功能如此随机在评论有关进化生物学的偶然性的旧论点时，一位读者向我指出了 鹦鹉螺, 如果世界再次开始，我们所知道的生活会存在吗？ 它更深入地探讨了这个问题，并回顾了许多当代玩家。 西蒙·康威·莫里斯（Simon Conway Morris）仍是进化过程将趋向于收敛于有限的一组特定适应峰的观点的主要代表，他似乎认为，表明偶然性可能性的实验性进化结果还没有持续足够长的时间（我想知道，几代人，康威·莫里斯博士？ 令我震惊的是，除非我们在另一个有可能伪造他的模型的星球上发现生命，否则康威·莫里斯不可能永远满意。 但是他的评论可能确实使我更趋向于应急的力量，特别是：

康威·莫里斯（Conway Morris）认为，随着时间的流逝，自然选择会导致生物进化出有限的适应能力，以适应地球上有限数量的生态位。 这导致无关的生物逐渐聚集在 相似的车身设计。 他说：“有机体必须适应物理，化学以及生物世界的现实。” 康威·莫里斯（Conway Morris）认为，这些制约因素使一切不可避免，如果重播生命带，进化最终将复制出与我们今天拥有的生物类似的生物。 如果人类的猿祖先有 没有发展出大智慧和智慧 他认为，随着它们的发展，也许还有另外一个动物分支，例如海豚或乌鸦，并填补了我们现在所占据的利基市场。 古尔德不同意。

物理学暗示特定身体计划的想法使我觉得很合理。 在这里，意外事件似乎有局限性。 但是断言 智力在某种程度上是一个利基市场 至少在一定程度上对我来说太过跳跃了。 以后再说。 首先，让我们注意，生物似乎不太可能适应在柏拉图意义上作为固定的观念存在的生态位。 有机体在彼此的背景下进化，不仅适应物理世界，而且适应内部和内部的特定压力。 因此，尽管存在性别差异，但复杂生物之间仍存在性的观念 成本 由于病原体感染的共同进化压力。*但是，当涉及到智能生命形式时，我们可以进一步扩展其复杂性， 因为可以说，这些生物体的主要适应性反馈之一将是其自身的文化产物。 换句话说，人们还必须争辩说，文化生产本身在适应高峰时期表现出某种程度的不可避免的趋同。

但是我不想迷失方向。 显然，有些文化形式是不适应的。 摇床专横的独身生活浮现在脑海。 但是，文化表达的可能性范围仍然很复杂。 回顾过去，我认为重要的是建议即使在宏观尺度上制定应急规则，它在较短的时间尺度上也可能没有那么强大。 几年前 卢克·乔斯汀（Luke Jostins） 产生的上图显示了不同的人类素谱系，我们认为它们是大体上遗传分离的，尽管如此，它们的颅骨能力都比更新世高。 我们不知道为什么， 但图表显示，有一些强大的共同力量可以克服系统发育差异.

最终，尽管有关权变的论点引人入胜，但令我惊讶的是，它在最深层次上并不完全是科学的。 这让我想起了我在遇到的一个争论 文化进化：达尔文主义理论如何解释人类文化并综合社会科学。 笔者回顾了1930年代和1940年代新达尔文主义合成的兴起，这表明它花费了这么长时间，部分原因是遗传学家和自然主义者专注于不同的进化尺度（微观与宏观），并且使用了难以理解的语言。 由于孟德尔遗传的离散性，遗传学家对达尔文渐进主义在进化过程和表型特征上持怀疑态度。 尽管自然主义者很难理解孤立的突变如何导致多样性的泛滥，但他们却看到了周围的多样性。 冲突随着形式语言的发展而得以解决，形式语言可以翻译两个尺度，即人口遗传学理论。 种群遗传学非常优雅地阐明了许多离散效应基因如何结合起来以产生数量性状和逐渐的进化变化，以及多么低的突变率却可能允许通过选择压力在地质规模上迅速变化。 没有正式的语言，这两个小组就不得不依靠直觉，并且互相交谈。

当涉及到诸如应急性之类的近乎元科学的问题时，我们正处于类似的关头。 在知道正确的问题之前，我们什至不知道谁是正确的。 到那时，写在 自然评论遗传学，而不是那些长期流行的科学书籍或功能。

*显然，物理世界本身可以被生物学改变。 产氧细菌彻底改变了生物圈的形状。

查尔斯·达尔文（Charles Darwin）诞辰150年后 物种起源 进化生物学中有许多悬而未决的问题。 例如，我一直在以下两种可能性之间摇摆不定：分子基因组规模上进化过程主要是中性和随机的，而新的选择泛滥的可能性（实际上是一种古老的新可能性）之间。 今天，这个研究领域的好处是 经验数据可以用于古代论证。 以前，对话实际上是在解决相互对立的观点方面没有成果，因为对话者会挖掘自己的预设，而相同的理论范式则通过无数据的辩论而产生。

一个明确的领域是关于 在最一般的水平上，进化过程是确定性的或随机的。 更平淡地说，进化是一种可以一遍又一遍地广泛复制遗传和功能结果的实验​​吗？ 斯蒂芬·杰伊·古尔德（Stephen Jay Gould）是进化论不是可重复的实验这一立场的最著名支持者。 相反，这是一个偶然的历史过程。 您无法倒带时钟，并且期望结果类似于之前的结果。 相反，理查德·道金斯（Richard Dawkins）倾向于辩护这样一种立场，即随着进化探索可能性的适应性空间，存在着广泛的必然性（参见 祖先的故事 以了解他的详细职位）。 过去几年 乔·桑顿的实验室 通过研究类固醇受体的进化遗传轨迹一直在研究这个问题。 这看起来似乎很深刻，但是显然，这些功能在功能上很重要，而且他们已经能够利用独创的生物物理方法来“重新运行”进化。 总的结论似乎是，据我们了解，类固醇受体以某种方式受到路径依赖，其中结果对不太可能的突变序列敏感。

该小组现在在 自然, 糖皮质激素受体进化的历史偶然性及其生物物理基础 (脱毛的）。 让我直接得出结论：

如果可以从祖先的角度重演进化史，则不太可能发生相同类型的放任性替代。 向遗传资源目前形式和职能的过渡可能无法实现，几乎可以肯定会产生不同的结果。 皮质醇特异性信号传导可能通过GR中的不同机制进化，或通过完全不同的蛋白质进化，或根本不进化。 在每种情况下，GR（或更笼统地说是脊椎动物的内分泌系统）都将大不相同。 因为GR是唯一的祖先蛋白，已经探索了其历史衍生功能的替代进化轨迹，所以我们发现的一般性尚不清楚。 决定其他蛋白质进化的特定生物物理限制因素，以及偶然性的程度和性质，很可能取决于每种蛋白质的特定结构及其功能演变的独特历史机制。

关于普遍性的问题很重要。 阅读整篇论文，您会被用于得出推断的实验细节的水平所打动。 这些论文进入魅力期刊是有原因的。 但这仅仅是有关特定种类蛋白质的故事，还是有关进化的故事？ 当分子进化中性主义在1980年代方兴未艾时，一些人回答说，尽管随机性可能在A，C，G和T的序列水平上占主导地位，但在形态学上却没有这种随机性。 当谈到某些后生动物的身体计划时，这种论点的力量似乎最为明显，这显然是由物理定律所决定的。 海洋哺乳动物已经进化为一种形态，与占据相同生态位的鱼类谱系具有明显的相似性。 同样，古代蜥脚类恐龙的象牙腿也不是巧合。 随着陆生动物变大，它们的大块体积变得笨拙，无法适应更加灵活的身体计划，并且由于骨骼和肌肉的横断面试图与体积和质量的大幅增加竞争，因此倾向于建立粗壮的趋势。

在这些结果中似乎也有相同的张力，这些结果集中在特定的生物机械部件的偶然性上。 由于生物物理的限制，只有一种方法可以构建特定的组件吗？ 也许。 但是，这告诉我们关于整个生物体的构造，即无数生物分子部分的缝合在一起吗？ 在科幻小说中，很难想象到可以大致识别总体形态的世界，但是由于生物化学的差异，人类无法食用任何一种生物。 最终如上述论文中所暗示 其他小组必须在其他蛋白质家族上重现这种工作，以了解偶然性确实是多么普遍。

当我想到进化的变化时，大多数时候我都专注于种群遗传时间尺度。 即，等位基因频率在物种水平谱系内或更窄。 由于这适合进行实验分析，因此显然具有优势。 但是有时候我真的很想知道我是否对自己造成了伤害，而不是将更多的注意力放在数千万年的规模以及可能有成千上万个物种的整个进化枝上对进化变化的研究上。 中的新论文 公共生物学, 恐龙体重的演变速度表明，禽类谱系的生态创新持续了170亿XNUMX千万年。
非常有趣。 这是作者摘要：

动物表现出巨大的形态和生态多样性。 关于这种多样性如何演化的一个可能的解释是适应性辐射的“生态位填充”模型，在这种模型下，进化谱系在群体进化的早期是最高的，因为谱系多样化以填补不同的生态位。 我们研究了恐龙和鸟类的体型演变模式，以测试该模型，并探索现代多样性与主要灭绝辐射之间的联系。 我们发现，在距今200亿年前的恐龙早期进化中，恐龙的进化速度很快，因为恐龙的体型迅速多样化，以填补包括食草动物在内的新生态位。 仅在导致鸟类的进化系上维持高比率，鸟类继续产生新的生态多样性，这是其他恐龙所没有的。 小体型可能是维持鸟类进化潜能（进化能力）的关键，这打破了其他恐龙所见的约1千克的下限。 我们的研究结果表明，只有某些世系的进化能力得以维持，这说明了已灭绝和现存的动物群体之间形态和生态多样性的不平衡分布。 因此，重要的生物种群（如鸟类）可能来自亿万年时间尺度上持续，快速的进化速度。

由于本文是基于精妙的统计分析，因此必须谨慎对待以面值计算的结果。 随后的重新分析可能会得出不同的结论。 但是，某种进化枝级别的选择可能正在运行，这无疑是一个令人着迷的可能性。 我仍然非常怀疑该怎么考虑，或者如何概念化动态。 但这通常是一件好事。