首先，方法论。 我拿了古吉拉特人，犹他州的白人，丹佛的中国人和肯尼亚的卢希亚（班图），并将它们与海恩（Henn）等人的布什曼人合并。 粗标记数据集。 我还决定添加来自Behar等人的也门犹太人，主要是为了检查西欧角海角血统确实是北欧人。 我将古吉拉特语样本限制为“ Gujarati_B”中的样本，“ Gujarati_B”是HapMap数据集中的“南亚”群集。 我还减少了许多HapMap人口的数量。 我正在查看洲际差异，因此我假设N约为20就足够了。 将这些数据集与Cape Cape样本合并后，我修剪了所有丢失的SNP。 这给我留下了约230,000个标记。 以我的经验，在假设的亲代群体之间的这种遗传距离水平上，这对于ADMIXTURE来说是一种过大的杀伤力，但是比后悔要安全得多。 我还通过EIGENSOFT运行样本以生成PCA。 还知道我与Henn等人的Sandawe和Hadza进行了一些“试验”。 等，以及来自HapMap的较大样本。 这要么没有增加任何利润，要么只是变得令人困惑（在Cape Coloureds中并没有太多的Sandawe和Hadza超出了班图人必须承担的范围）。

在我将ADMIXTURE最多运行到K = 7之后，很明显，在信息量方面的最佳点是K =6。您可以看到Cape Cape彩色样本具有北欧，Khoisan，Bantu非洲，印度和东亚血统。 在两个有色人种中也有一个也门成分，这是要解释的。 这个成分太高了，无法仅由北欧血统来解释。 阿拉伯穆斯林世界的奴隶可以解释这一点。 另外，将此处使用的印度参考样品修剪得非常均匀。 来自南亚的奴隶几乎可以肯定比古吉拉特邦的人口多样化得多，古吉拉特邦的人口主要是帕特尔人。 最后，有时当您运行ADMIXTURE时，您会发现非典型遗传背景（例如Khoisan + Chinese）的组合可能是可能是伪像的一般成分。 当您有两个通常不一起找到的组件，而一个组件的级别远低于另一个组件时，这往往会成为一个问题。 我已经注意到这一点，特别是对于撒哈拉以南非洲血统和欧亚遗传背景较少的人们而言。 当他们发生的可能性很低时，他们通常是东非，P格米或布什曼 先验。 注意，一些布什曼人也门也门，但除了您所期望的之外，别无其他。 对我来说，这增加了上色中的浅绿色也是Khoisan遗传背景与其他成分之一相对的伪影的可能性。

因此，下面是K = 6的ADMIXTURE图以及信息丰富的PCA。 观察到三个颜色都有ID。

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首先，让我们看一下这些标记使我们能够很好地区分我们十分确定的人群的祖先。

没那么糟糕。 观察欧洲人和美洲印第安人沿其变化轴的偏离。 从以前使用具有数十万个标记的SNP芯片的论文来看，HGDP美洲印第安人样本具有不平凡的欧洲血统，因此这不仅仅是对其标记集的限制。 鉴于拉丁美洲的历史以及发生了数百年的种族流动性，这并不令人惊讶。 此外，我认为找到欧洲人和美洲印第安人之间的差异标记要比这两个群体和非洲人之间更困难（请记住，非洲人具有更多的遗传多样性，非非洲人口可以被认为只是其中一个分支）。非洲）。

下图显示了巴西各个地区的标记结果。 我认为核心读者将对该地区一无所知，因此 这张地图会有所帮助。 巴西南部是白色的。 该国其他地区则远未如此。 吉赛尔邦辰 和 亚历山德拉安布罗西奥 来自南边的南里奥格兰德州。 阿德里安娜·利马（Adrianna Lima）上图是来自东北的巴伊亚州。 除最后一个面板外，所有面板均用于白人（通过自我识别）。

尽管有40个标记的限制，我认为这里的结果可能还不错。 南部地区的白人最白。 这是一个人口众多的地区，开始时非白人人口较少。 在东北地区，白人中您看到的美洲印第安人多于黑人。 从我在其他论文中所见，巴西的棕色类别比F小组更偏向欧洲血统，因此这就是为什么我认为这些人自认是黑人。

但是出于我最初的问题，我们需要评估美洲印第安人在这些群体中的祖先贡献。 下表就是这样做的。

作者注意到一个奇怪的事实： 在自我识别的白人巴西人的美洲血统方面，各地区之间在统计上没有显着差异。 这类似于我们在尼安德特人混合液中看到的模式，我认为解释是相同的：美洲印第安人血统的融合发生在巴西白人的历史的早期，现在通过几代通婚在整个美洲分布，除了那些未经稀释的白人。移民遗产（例如，来自德国小镇的吉赛尔）。 圣保罗黑人的身材也与白人差不多。

让我们假设10％的美洲印第安人血统和200亿巴西人来简化数学。 由于白人和黑人中大约有10％，我怀疑在那些被认为是混合种族的人中也会有10％。 那在哪里离开我们？ 那就意味着有20万巴西裔美国人！ 正如您所看到的那样，在巴西的约95％的美洲印第安人基因组中，有人发现自己没有自我识别为美洲印第安人。

对于美国人（美国公民）而言，有趣的是想知道白人中有多少本地基因组，特别是老种群殖民地后裔白人，以及自我识别的美洲原住民中有多少。 从基因研究的角度来看，我认为美洲印第安人比例在白人美国人中要比10％低得多。 此外，虽然有700,000万巴西人被认定为美洲印第安人，但仍有2.4万美国人这样做（尽管我认为，美国人的血统比巴西土著人要大得多）。 我认为很有可能的是，在美国哥伦布时期之前的祖先确实存在于白人人口中，而不是那些自认为美洲原住民部落的人，但这可能是很接近的事情。 当然，有一些拉丁美洲人口需要添加到方程式中，尽管其起源于中美洲，但其美洲血统是重要的（在墨西哥裔美国人中可能占优势）。

但是，将这些金额用于另一篇文章。

请注意： 对于那些认为我对任何特定种族使用了错误用语的人，我们要道歉。 在美国的背景下，我更喜欢在政治上更正确（尽管不太受欢迎）的“美洲原住民”一词，但我认为美洲印第安人在技术或学术上足以逃避对麻木不仁的指控。

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