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麻菊 向我指出了今天有关苏丹人遗传学的新论文。 引起了我的兴趣,然后当我仔细观察时,就没有那么多了。 由15个STR位点确定的苏丹人群的遗传变异和种群结构:

背景
居住在东非,苏丹和尼罗河谷的人们之间存在着很大的种族,文化和语言多样性。 尼罗河谷周围的地区拥有不同族群的悠久历史,再加上人口和迁徙事件,有可能导致该地区人类之间的遗传结构。

成果
我们报告了 15种可识别的微卫星标记,可用于498个苏丹人口中的18个人 代表不同的种族和语言群体。 排他性(PE)的总和为0.9999981,组合的匹配概率为1 7.4中的1017。苏丹人口的基因型数据与埃及,索马里和乌干达的Karamoja人群先前发布的基因型数据结合在一起。 发现索马里人口在遗传上不同于其他东北非洲人口。 苏丹北部的人与埃及的人聚在一起,苏丹南部的人与Karamoja人口的人聚在一起。 努比亚人和埃及人的相似之处表明,沿着尼罗河流域发生的迁移可能是双向的,这与埃及和努比亚之间长期互动的历史证据是一致的。

结论
我们表明,尽管苏丹的人口结构水平很高,但标准的法医摘要统计数据仍是苏丹进行个人识别和父母身份分析的强大工具。 尽管可以用15个微卫星揭示某些种群结构模式,但是需要更多的遗传标记来检测东非和尼罗河谷地区的小规模种群结构。

好处是:苏丹来自各个民族的近500个人。 这是您想要的人口覆盖水平。 大多数族裔样本覆盖范围从10到50。不利之处:只有15个微卫星标记。 大约与 我本周早些时候批评的研究。 这不是一个很大的数字。 作者确实努力地修剪标记集以在此范围内提供有益的信息,但我认为很明显他们的分析存在重大缺陷。 15个STR可能对洲际遗传变异有用,但对于洲际差异却没有作用。 本文是开放获取的,因此您可以阅读全部内容,但是我想强调一下他们根据其结果提供的推测:

独特的等位基因数量(图2B)在索马里人口中最大,在人口结构分析中(图5),索马里人口与其他人口分开分组。 由于索马里人在地理上和语言上都与我们研究中的其他人群分开,因此在遗传上也很不同也就不足为奇了。 与苏丹所处的地区相比,班图人从西非的扩张可能会对索马里所处的非洲之角地区产生更大的影响。 例如,索马里的语言属于两个主要的语言家族,即亚非和尼日尔-刚果,而尼洛-撒哈拉语则不存在,班图斯瓦希里语是索马里的主要语言之一(Ethnologue [1])。 另一项解释可能是,正如最近的一项研究[33]所建议的那样,索马里人既是欧亚人,又是撒哈拉以南人,尽管许多苏丹人(例如苏丹人)阿拉伯人和贝贾人也可能有混血的欧亚和撒哈拉以南地区。

我认为,更有可能的是,尽管他们努力尝试了这些标记,但并没有给出很好的洞察力。 富有洞察力的意思是,我相信您所能接受的结果不会超出您已经直观地接受的结果。 基因组博主已经表明,非洲之角几乎没有任何班图人的混合物。

但是我要讨论这篇论文的主要原因是: 我有一个努比亚样品 非洲祖先计划. 只有一个。 与本文中的34相反。 但是我的N = 1使我非常警惕基于15个STR的这篇论文的结果。 我的一个样本如何使我警惕34的结果? 因为我从1andMe的v23原始数据中获取了近一百万个SNP! 所以你有它。 3万的数目并不是什么大问题。 如果我有1个SNP,我会很警惕(我是根据对非洲人口运行大量ADMIXTURE得出的数字)。

这就是我所做的。 我从非洲祖先项目中获取了数据集,修剪了许多人口,增加了埃及人,并将AAP成员限制为埃塞俄比亚人,索马里人,也门人和我的努比亚人。 我用大约2个SNP将它们从K = 12运行到K = 40,000。 您可以找到所有 非洲祖先项目网站上运行的结果。 但是在这里,我要关注K =8。以下是参考人群的图,然后是所有埃及人,埃塞俄比亚,索马里,努比亚(AF070),最后是非洲人的AAP项目成员的个人图。也门(AF091)。 努比亚人用红线突出显示,而我在埃及人下方放置了蓝线。 如果您感到好奇,AF004,AF005,AF006和AF034就是索马里人。 AF023和AF064是奥罗莫埃塞俄比亚人。 AF036是7/8厄立特里亚和1/8意大利语,而AF001是100%厄立特里亚。

如果我拥有的努比亚样本具有代表性,那么似乎努比亚人确实在埃及血统中只占很小的一部分,但是努比亚人在很大程度上是一个更为传统的东非人口。与论文中的猜测相反,令人惊讶的是,索马里人几乎没有班图扩张的血统。我对这一断言比对我的一个样本中的努比亚人的本质更有信心,你可以看到班图人被埃塞俄比亚和索马里的亚非族群排除在外的模式,以各种方式调节参数。我敢打赌250美元,苏丹人作为一个整体并没有比索马里人更少的班图混血(两个群体都有一点亲和力,也许更多地是通过与班图群体的共同血统而不是真正的班图扩张血统,尽管存在班图人的前身) -索马里的奴隶阶级)。我敢打赌 100 美元我的努比亚人 is 代表,努比亚人从埃及获得的基因流量不如本文推断的那么多。

人们发布基因组数据的最好之处在于,在撰写论文时,您实际上可以超越扶手椅。

 
• 类别: 科学 •标签: 人类学, 东非, 基因, 基因组学, 努比亚 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”