从上图可以明显看出，尼泊尔的印度欧洲人口与藏族元素之间存在相当多的混杂。 这 马加尔 是一个代表西藏的部落，估计南亚的遗传资源很少。 这 纽瓦 是尼泊尔的杂种 出类拔萃。 在很大程度上，他们可以被视为现代尼泊尔中心的加德满都地区的土著人民。 他们的语言与藏族有亲和力，但在语言上几乎覆盖了印度－雅利安人的面貌，并且似乎拥有古老的奥亚文化底蕴。 纽瓦人虽然今天主要是印度教徒，但有大量佛教徒，其根源可以追溯到印度北部曾经盛行的大乘佛教的传统。 婆罗门和彻特里人团体属于上等种姓社区，他们声称他们来自北印度平原。 在尼泊尔，这些上等种姓群体中有些是最近的年份，在过去的1,000年中逃离了伊斯兰对加蒂奇平原的征服。 然而，即使他们有明显的藏族混合物。 这应该使人谨慎对待南亚种姓团体对基因纯度的过分宣称。

但是，在南亚，藏族或东亚部分的混合并不限于尼泊尔。 我已经从 2006年有关印第安人的论文 它显示了各种语言组的祖先的推断成分。 显然，东北族群孟加拉人，阿萨姆人和奥里亚人与东亚人有亲戚关系。 这不仅是远古的东欧亚血统，被假设为“南印第安祖先” 赖希等。。 在条形图中，南印度人群体（我已从图中切除）没有显示出汉族人中祖先量子优势的相同水平的升高。 实际上 赖希等。 该论文还报道了印度东北部某些蒙达语族群中有东方祖先元素的证据。 这是有理由的，因为Munda是该公司的南亚分支机构 南亚大家庭 东南亚。 但是其中大部分可能也是较新的，因为像阿萨姆邦的阿洪（Ahom）和孟加拉国的查克玛（Chakma）这样的团体最近似乎是从缅甸赶来的。

因此，我们看到基因确实在南亚的边缘流动，并流入南亚的边缘。 然而西藏似乎很奇怪。 为什么？ 因为适应。 像水一样，在这种情况下，基因似乎倾向于下坡而不是向上流动，其原因很可能是大喜马拉雅山山坡上低地和高地种群之间的适​​应性差异。 中的新论文 PNAS 通过研究与低氧相关基因座相关的印度人，藏人和世界各地人群的遗传变异来探讨这一问题。 EGLN1 通过对阿育吠陀中定义的极端体质类型的遗传分析揭示参与高海拔适应:

已经认识到，在正常对照中与疾病易感性相对应的亚组的鉴定很可能导致更有效的预测标记物发现。 我们以前使用过的阿育吠陀概念 物质自然，这与正常人的表型差异有关，包括对外部环境的反应以及对疾病的易感性，以探讨三种不同的分子之间的分子差异。 物质自然 类型： Vata，Pitta和Kapha。 EGLN1 是251个之间差异表达基因中的一个。 物质自然 类型。 在本研究中，我们报告了高海拔适应与常见变化rs479200（C / T）和rs480902（T / C）之间的联系。 EGLN1 基因。 此外，rs479200的TT基因型在 卡法 的类型，并与更高的表达相关 EGLN1与高海拔肺水肿患者有关，而在 八色鸫 在高海拔地区的人中几乎不存在。 人类基因组多样性专家小组（HuGDP-CEPH）Humain（HGDP-CEPH）和印度基因组变异研究小组的分析表明，高海拔地区的不同遗传谱系具有rs480902中相同的祖先等位基因（T），在XNUMX 八色鸫 并与全球高度呈正相关（P<0.001），包括印度。 从而， EGLN1 多态性与高海拔适应性相关，在高地居民中罕见的基因型，但在阿育吠陀可辨别的正常低地人群的亚组中过分表达，可能使高海拔肺水肿的风险增加。

该论文本身是对先前工作的后续尝试，该工作试图看是否对内部的宪法分类有一定的了解。 阿育吠陀医学。 像中药一样，这是非西方传统，具有不同的哲学渊源和公理（盖伦医学可能是类似的）。 但是从理论上讲，所有医学传统都可以抗击疾病，因此他们的目标是统一的，困扰着人体的疾病。 因此，人们可能会认为，事实上，任何具有经验基础的长期医学传统都具有某种意义，因为人类生物学是 相对 不变的它是 相对的 就本文而言，该条款是有意义的， 因为作者证明了印度草药的分类似乎与最近的高原适应遗传证据相符！ 他们特别发现，似乎对缺氧形式的高海拔暴露产生负面反应的特定的印度草药类人群往往是特定的携带者。 EGLN1 基因型。

在这一点上，我将观察到，由于我对阿育吠陀知之甚少，因此我不会详细介绍或解决该问题。 该文件是“开放获取”，因此您可以自己阅读。 因此，让我们转向遗传学。 EGLN1 您现在应该已经熟悉了。 在过去的一年中，它反复出现 研究 高海拔 适应。 这是一个似乎是选择目标的场所 都 安第斯山脉和西藏的人民。 此外，它具有一个独特的方面，即祖传变种（在非洲境内最常见的变种）似乎是非洲以外的高度适应选择的目标。

下面的幻灯片是本文主要数字的概述。

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我们从中得到什么呢？ 好吧，我认为需要强调的一个方面是遗传背景很重要，我们还有很多不知道的地方。 在结论中，作者指出，我在上文中提到的海拔适应论文在撰写手稿时并未发表，因此它们并不依赖于反复出现的有力证据，证明 EGLN1 一直是自然选择的目标，并且场所的变化与适应更高海拔的变化相关。 本文中人口的广泛覆盖似乎几乎掩盖了重点。 非洲到底与这有什么关系？ 另外，必须始终记住，一个给定的标记在一个基因上显示了一个 相关 不需要功能上的因果关系。 我们看到了 标记 这似乎预示着欧洲祖先蓝眼睛的几率； 结果表明，标记本身只是与另一个SNP密切相关，而SNP可能是表型差异背后的真正功能根源。

由于复制 EGLN1 在安第斯山脉和西藏人中，我都确信该基因的变异确实与高海拔适应有关。 我很好奇的是，在许多情况下祖先等位基因似乎在频率上升高。 非非洲人的遗传背景和所讨论的SNP之间是否存在相互作用，从而有利于海拔适应？ 随着人口迁离非洲并在高海拔地区重新猛击，其功能是否最初有所放松？ 南亚人口之间似乎确实存在相关性 缺氧和高原 以及特定的变体 EGLN1。 仅关注该区域，我们可以得出一些合理的推论，但是从更大的角度来看并涵盖整个世界，我们将面临更加混乱，也许更有趣的情况。

回到关于在藏族人的基因上缺乏南亚烙印的特定问题，我认为这可以归因于人类是动物这一事实，因此我们受到地理和生物学的束缚。 藏人可以在低海拔地区有效地开展活动，因此在这些地区与南亚人混在一起。 相比之下，南亚人无法在更高的海拔上活动，因此对藏人的影响纯粹是文化因素，而不是遗传因素。 从更广泛的意义上讲，这也可能表明长期的地缘政治影响：汉族在西藏的人口控制始终将是水流向山顶的问题。 当然，除非我们足够充实地充实这些特征的遗传结构，以使中国政府确切地知道1.2亿汉族人口中的哪个个体最有生物学上的意愿来居住在西藏自治区，以便能够主动招募他们来定居。拉萨和其他战略要地。

引文： Shilpi Aggarwal，Sapna Negi，Pankaj Jha，Prashant K.Singh，Tsering Stobdan，MA Qadar Pasha，Saurabh Ghosh，Anurag Agrawal，印度基因组变异联合会，Bhavana Prasher和Mitali Mukerji（2010）。 通过对阿育吠陀PNAS中定义的极端体质类型进行基因分析，揭示了EGLN1参与高海拔适应： 10.1073 / pnas.1006108107

图片来源：Wikimedia Commons

高海拔缺氧是由高海拔大气压力降低引起的，并导致对人体的严重生理压力。 几千年来，三个人一直居住在高海拔地区，其中包括安第斯高原上的安第斯山脉，喜马拉雅高原上的藏族和塞米高原上的埃塞俄比亚高地。 这些种群中的每一个都表现出独特的生理变化，以应对海拔高度上可用的减少的氧气。 但是，我们才刚刚开始了解导致观察到的生理变化的遗传变化。 当前研究的目的是确定在安第斯山脉和藏族地区可能参与高海拔适应的基因区域。 在这两个高海拔人群中分别确定了显示近期积极选择证据的基因组区域。 我们发现令人信服的证据表明，HIF通路基因，位于11号染色体上的球蛋白簇以及安第斯和藏族的几个染色体区域都处于阳性选择状态。 我们的结果表明，关键的HIF调控基因和靶向基因负责适应海拔高度，并暗示了几个不同的染色体区域。 在安第斯人和藏族人中鉴定出的候选基因和基因区域在很大程度上彼此不同。 但是，一个HIF通路基因EGLN1在两个高海拔人群中均显示了方向选择的证据。

在本文中，作者研究了约50名安第斯人（盖丘亚语和艾马拉语的讲者）和50名藏人，并将它们与不同的群体进行了比较。 除了欧洲和亚洲的HapMap人口外，他们还研究了一些美洲印第安人的人口。 下图显示了采样的地理范围（右图是美洲印第安人低地群）：

相对于低地居民而言，抽样的两个高地群体的祖先关系相对简单。 面板A和B显示了安第斯人和藏族的PCA图，而C和D显示了 罢工 条形图。 对我来说唯一值得注意的是，盖丘亚语的讲者似乎表现出残留的欧洲血统，而艾马拉人则没有，而哥伦比亚土著群体似乎对中美洲人群的亲和力高于对其他南美样本的亲和力。 对于后者，我无法给出任何见解，但是如果这不仅仅是一种不具有代表性的怪癖，那么可能会看到嫁给盖丘亚语高地贵族的西班牙男人人数比艾马拉地区更南端的要多。 （尽管 波托西 在玻利维亚，所以这可能不合理）。

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我们已经对这些群体如何适应他们的高海拔环境有了一些进化的期望。 似乎这三类人的生理过程有些不同，这在很长一段时间以来一直是遗传学家好奇的根源。 生理上有些变化，遗传学也应该是合理的，这似乎是一个大致正确的假设。 在本文中，他们采取了两种通用方法， 查看总基因组，并着眼于特定的候选区域。 据我所知，他们使用第一种技术并没有发现太多新奇的东西，但是他们确实通过研究特定的基因，从遗传适应的角度澄清了藏人和安第斯人之间的关系。 正如作者总结中所指出的，看起来这两个种群确实具有一些不同的遗传结构。 许多似乎已成为选择靶点的基因并没有重叠，而那些确实存在于选择位点的基因似乎发生了不同的局部选择事件，因此由正选择驱动的单倍型是不同的。

他们使用了多种技术来检测自然选择的可能区域：

–特定位置的分支长度（LSBL）

–杂合比（lnRH）的对数

–修改过的田岛D统计量

–全基因组远程单倍型（WGRLH）

LSBL是对Fst的详尽阐述，因此它正在等位基因频率的群体差异之间找到。 回想一下，在任何给定的地点，您都不会期望种群之间的差异，因此，如果有大量的生态适应性，您可能会发现地理差异很大。 杂合性只是两个基因拷贝处于不同状态的基因座比例的度量。 这只是衡量遗传变异的一种方法（尽管还有其他方法）。 Tajima的D统计量是对基因座是否偏离中性预期的一种检验。 这意味着可能存在瓶颈，选择性扫描或平衡选择。 最后，最后一个测试在基因组内寻找相关标记集。 如果存在一个单倍型，一系列标记，则可能是您正在目睹选择性扫描发生时或之后发生的基因组区域。

为什么要进行四种不同的测试？ 因为一个给定的测试并不能决定自然选择。 正如田岛的D所指出的那样，人口统计过程具有随机性，会产生假阳性，因此最好不要仅靠一种技术来生存或死亡。

这是图4，它显示了等位基因频率的差异。 EGLN1 基因：

我们见过 EGLN1 前。 在上图中，左图显示了安第斯衍生的SNP，右图显示了藏族的SNP。 注意A和B频率的差异。红色表示C和D面板中统计数据的统计上显着的值。安第斯人和藏族人都显示选择的指示，但是当您放大基因时，模式中的细节会有所不同。 最后一个面板上有一个箭头，指出每个群体之间的SNP，其中群体之间的方差最大。 有趣的是，在高海拔地区，祖先等位基因的频率似乎有所增加，因为黑色代表祖先，红色代表第一和最后一组。

让我跳到他们的结论：

总而言之，我们对高海拔和低海拔人群进行了基因组扫描，以识别选择提名的候选基因和两个长期居住的高海拔人群（安第斯和藏族）中的基因区域。 几个染色体区域显示了正向选择的证据。 这些地区对安第斯人或藏人而言都是独特的，这表明这两个高原地区之间缺乏进化趋同。 但是，根据检测到的HIF调节基因信号，建议安第斯人和藏人之间趋同进化的证据。 EGLN1。 此外 EGLN1，第二个HIF调节基因， EPAS1以及两个针对HIF的基因， PRKAA1 和 一氧化氮合酶2A，已被鉴定为藏族人选择提名的候选基因（EPAS1）或安第斯（PRKAA1, 一氧化氮合酶2A). PRKAA1 和 一氧化氮合酶2A 在人类生殖成功必不可少的生理过程中起着重要作用……因此，除了说明自然选择和进化过程的可能目标外，基因组研究还具有明确的潜力，阐明了造成人类发病和致病的主要原因的关键途径。死亡。 根据这项研究的结果，重要的是要通过将基因型与特定的高海拔表型相关联的基因型-表型关联研究来确认结果。

我想展示基因的字母汤，以防万一您是对这些基因座感兴趣的遗传学家。 我以前的论文中都看过这些 我假设将其发布在此的密钥 PLoS遗传学 是研究人员探索这两个种群之间缺乏或存在进化趋同的深层比较维度。 这个发现应该令人惊讶吗？ 我不这么认为。 高海拔是极端的环境，由于适应性的原因，文献中充斥着甚至在这些人群中也出现的问题。 可能会有有害的副作用，特别是如果去年春天关于藏人的论文之一是正确的，并且他们是相对较新的高地定居者。 但是直到玩游戏您才知道，因此确认是一件好事。

对遗传结构和适应性质的进一步探索，尤其是当研究扩展到埃塞俄比亚人时，可能会为我们提供进一步了解进化史偶然性的窗口。 这三个事件基本上是三个独立的实验。 在本文中，它们表明某些自然选择的变体可能已经存在于祖先种群中，因此常备变异。 其他是新的突变，独特而新颖。 尽管表型的最终表达有不同的途径，但在实施细节（生理学）上各组之间仍存在差异，但在这种比较中，也有一些基因似乎与藏族和安第斯族有牵连。选择。 样本空间如何受制于可能的选择和隐含的约束 G矩阵？ 在相似的生态环境中，不同种群达到适应性适应状态所采取的进化路径有多大的偶然性？ 这些是长期问题，我认为随着高度适应性的试验性银河时代逐渐取代黄金时代，这些问题可能会得到回答。

引文： Bigham A，Bauchet M，Pinto D，Mao X和Akey JM（2010）。 使用密集基因组扫描数据PLoS遗传学鉴定藏族和安第斯族自然选择的特征

图片来源：Micah MacAllen

请注意： 我知道，传统上，银器时代是在黄金时代之后，而不是在黄金时代之前。 但是我们确实生活在辉格时代！