WDIST,Plink,但是更快吗?
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长期的读者知道我花了很多时间在 砰砰,开发 肖恩·珀塞尔(Shaun Purcell)。 话虽如此,即使我使用的数据集不多,我也不得不求助于编写Shell脚本来依次执行各种Plink操作并使它们运行一整夜。 好吧,也许不再。 这是关于 WDIST基因组分析工具集:
WDIST是对流行的PLINK命令行工具的实验性重写,具有极大的改进的性能,并可在各种计算范围内进行扩展。 (以及全面的命令行帮助功能,以防万一,您会像我们一样健忘。)还提供了一些新功能,例如内存有效且GCTA 1.1的多线程与Mac / Windows兼容的实现关系矩阵计算器。
它补充了PLINK / SEQ库,该库专注于开发人员友好性并支持更复杂的数据格式。
它由Christopher Chang开发,并得到了NIH-NIDDK的生物建模实验室等的支持。 (信誉。)我们估计第一个完整版本将在2014年初准备好,并且在获得许可的情况下,我们将准备一个稳定的版本,适合作为PLINK v1.50的通用发行版。
更新: 也, PLATO:用于大型数据的分析,翻译和组织的平台.
(从重新发布 探索/ GNXP 经作者或代表的许可)
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那很快。