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埃塞俄比亚遗传学

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莉亚·凯贝德(Liya Kebede) 信用证类别

有一篇新论文, 埃塞俄比亚的遗传多样性揭示了语言分层和对埃塞俄比亚基因库的复杂影响,在媒体上引起轰动。 例如,BBC标题: ``示巴女王故事的DNA线索''。 我以为这是 只是 媒体,但令我惊讶的是,作者自己出于各种原因在讨论中提到了“示巴的故事”。 这是不幸的。 尽管确实是埃塞俄比亚人有一个从示巴女王那里来的血统传说(通过与希伯来国王所罗门国王的关系),但如果在学术上就示巴的位置达成共识,那大概是在西南阿拉伯(即现代)。也门)。 但是现实是,希伯来圣经中的故事很可能是传奇和现实的交错综合,并且解开真相以确立真正的示巴的位置是不可能的(很有可能 真实 示巴的女王(如果有的话)是黎凡特著名人物,希伯来语圣经的编纂者赋予了她更多的异国风情。

至于论文本身,则引起了一定的兴趣。 我有 博客和分析 埃塞俄比亚人自己提供数据,但是这里的样本覆盖范围非常棒。 此外,作者还试图确定自埃塞俄比亚人混血以来的时间,以了解其西欧亚大陆和非洲祖先的组成部分,以及在基因组中寻找选择的标志。 亮点:

  • 最初观察到 二烯 (据我所知)埃塞俄比亚血统的撒哈拉以南祖先(ASS)组成部分是 不能 以任何形式或形式与班图人或西非的情态有关。 而且,在进一步探索中,似乎也可以将其与Nilotic元素分离,尽管不确定性较高(在重载特定人群的数据集时必须小心)
  • 在埃塞俄比亚,似乎 渗透的 种族是这一组成部分的模态库。 这很有趣,因为Omotic是亚非语言家族的主要成员
  • 此处的主要发现是,埃塞俄比亚人血统中的非非洲人似乎对埃及人和黎凡特人的亲和力比对也门人的亲和力更大。
  • 此外,还有一些可能的提示性证据可供选择。 毫不奇怪,埃塞俄比亚人携带了大量的“欧洲” SLC24A5
  • 最终,从掺合料开始的时间约为3,000年BP(他们使用了 滚下)

在选择方面,我很好奇它们在附近地区的发现 高地适应位点。 一个人可能会预测,如果等位基因很旧,这些地区应该丰富非洲土著血统。 相反,如果等位基因是在遗传背景中新出现的,则不会期望它们在其局部基因组祖先中表现出偏见。 高频 SLC24A5 在具有西欧亚血统的热带人口中,这并不奇怪。 南印度人的派生变体频率也大约为50%。 作者推测性选择似乎像一个 解围。 如果对衍生的变体和浅色皮肤的性选择很强,则等位基因应该在系统发育方面与其他基因组脱钩(扩展到西欧亚血统水平较低的人群)。

两项主要批评。 第一的, 我不清楚与非非洲埃塞俄比亚基因组的比较是否与非撒哈拉以南非洲人口的非非洲基因组的比较。 理解我的意思,如果将埃塞俄比亚人的西欧亚血统与各个西欧亚族群进行比较,那么西欧亚血统在这些族群中的比例将影响您的Fst。 非犹太也门人在撒哈拉以南非洲的血统很重。 与也门相比,埃塞俄比亚人的非非洲人口与埃及人和贝都因人的相对亲密性可能只是这些人口中非洲祖先负荷较低的一个函数。 如果作者发现与也门的遗传距离更大 犹太人 我会更加坚信,因为也门的犹太人在非洲的外来人口比例远低于非犹太人。

第二,像狄恩内克斯一样,我不十分确定ROLLOFF的力量,因为它无法在此时间范围内为掺和时间产生良好的挂钩。 最近的混合事件(例如北非,非裔美国人)显然是正确的。 但是,直到大约3,000年前,大量的西欧亚人正在进入埃塞俄比亚的高地,这似乎是合理的吗? 也许。 埃及人对人民的描述 平底船 似乎暗示他们大多是西欧亚血统。 可能是在大约4,000年前,这种掺合剂还没有那么彻底。 我有两个理由对此表示怀疑。 首先,如果世界上某个地方有大约3,000年前的人口流动文献,那就是近东。 此时,我们要做的就是ROLLOFF。 第二,像Dienekes一样,我认为我们应该谨慎地仅依赖于ROLLOFF。 我很难接受ROLLOFF对约3至4,000年前的西欧亚大陆人与祖传印第安人之间的混杂物的估计。 相反,我认为ROLLOFF要么偏向于低估了混合时间,要么拾起了最后的主要脉冲而错过了混合的“高峰”。 我将埃塞俄比亚和印度的混合气体事件至少从ROLLOFF的含义推后了数千年(或更准确地说,是一些研究人员从ROLLOFF得出的推论)。


弗里达·平托(Frieda Pinto) 信用证类别

这使我引出了一个有趣的观点: 埃塞俄比亚和南亚的人口历史之间存在奇怪的对应关系。 在这两种情况下,您的人口似乎都是由于独特的土著人口和西欧亚人的侵入性之间的平衡混合而产生的。 古代和中世纪的西方思想家有时会混淆埃塞俄比亚和印度,原因是它们相对于地中海世界的地理位置偏低,并且在这两个地方都存在黑皮肤的人。 希腊人的确区分了北部较浅皮肤的印第安人和南部较黑皮肤的印第安人,后者与埃塞俄比亚人最相似,只是他们的头发不卷曲(实际上,“北部”是旁遮普人和信德省,而“南部”将是喀拉拉邦和泰米尔纳德邦,因为希腊的贸易和贸易性质。 今天,一些南印度人显然因埃塞俄比亚人而感到困惑,毫无疑问,情况正好相反,尤其是对于那些拉直头发的妇女。

这就是我现在要说的。 这 数据在线,以方便的谱系格式。 因此,我将在不久的将来进行更多评估……。

引文: 埃塞俄比亚的遗传多样性揭示了语言分层和对埃塞俄比亚基因库的复杂影响,Pagani等。

 

开螺纹 有人问:“最近有关埃塞俄比亚人遗传学的东西。” 那促使我环顾四周,因为我也很好奇。 随便看看 维基百科上的数据 我最近找不到任何东西。 许多研究是基于较老的单亲谱系的作品(NRY和mtDNA)。 埃塞俄比亚很有趣,因为与几乎所有其他撒哈拉以南非洲国家不同,埃塞俄比亚有着悠久的书面历史。 在文化和语言上,它既有撒哈拉以南非洲地区,也有非撒哈拉以南非洲地区。 埃塞俄比亚高地的语言显然是闪米特语。 低地埃塞俄比亚的那些是 库希特,更广泛的分支 亚非语系 语族集中在非洲之角(索马里语是一种库什语,尽管大多数讲库什语方言的埃塞俄比亚国民都属于奥罗莫族)。

从人类进化遗传学的角度来看,埃塞俄比亚也有特殊的兴趣。 近期人类走出非洲的主要动荡可能穿越了该地区。 此外,还有一些证据表明,祖先与祖先之间的群体之间存在深远的联系。 埃塞俄比亚人和科伊桑人 南部非洲。 埃塞俄比亚人和科伊桑人可能是撒哈拉以南非洲古代遗传变异的储集地,班图人将其覆盖在西非以外的大多数其他地区。 最后,已知埃塞俄比亚人具有高海拔适应能力。 这可能是由于在该地区长期居住,或者是由于后来的人群吸收了长期居民的有利等位基因。

幸运的是,由于去年春天发表了一篇论文,我们可以对埃塞俄比亚人的遗传亲和力有所了解, 犹太人的全基因组结构。 重点显然是犹太人,但他们调查了Amhara&Tigray(讲犹太语的高地人),埃塞俄比亚犹太人(种族与Amhara&Tigray相似,但在宗教上非基督教徒)和Oromo。 在PCA中,奥罗莫语和闪族人是明显不同的群体。


这只是意味着,当您考虑全球范围内的遗传变异,并找出最大的独立维度,然后从两个最大维度上对个体进行解释方差的可视化时,奥罗莫人和其他埃塞俄比亚人就不会真正相交。 有趣的是,阿姆哈拉(Amhara)和提格雷(Tigray)几乎没有区别,但是埃塞俄比亚的犹太人在自己的族群中。 据记录,样本中有7名奥罗莫人,7名阿姆哈拉人,5名提格雷和13名埃塞俄比亚犹太人。

现在让我们看看ADMIXTURE中的遗传变异。 请记住,这按K祖先单位的比例分配了个体的基因组。 例如,如果您在一个总池中有非洲裔美国人,约鲁巴人和白人美国人,并且K = 2,那么您可能会倾向于以下趋势:约鲁巴人和白人美国人在两个完全不同的祖先人口K中,而非洲裔美国人在一个祖先中占80%,在另一个祖先中占20%。 对此的解释很简单,但是当涉及到我们也不了解背景的人群时,应该小心。 选择一个特定的K值将非常重要,我们不应该将方法从试图探究的现实中混淆起来。

首先,Behar等人的K = 8。 我重新编辑以突出显示可能会引起埃塞俄比亚人差异的人群。

现在让我们看一下一系列的K。 注意更改。

对我们来说幸运的是,我们不必在这里停下来。 Dienekes包括Behar的埃塞俄比亚人(非犹太人) 多德卡德。 此外,他还包括了HapMap中的Masai人口。 事实证明这很重要,因为他发现埃塞俄比亚撒哈拉以南的血统类似于马赛,而不是其他非洲集团。

Dienekes还提供了单独的输出。 我将埃塞俄比亚人与埃及人和沙特人缝合在一起。 颜色编码与上述相同。

您应该能够很容易地说出这三个组在哪里开始和停止。 我99%确信拥有更多东非和西南亚血统的六个人都是奥罗莫人。 埃塞俄比亚人,尤其是高地埃塞俄比亚人,在我看来,可能是古代稳定的阿拉伯人与撒哈拉以南非洲人之间的混合人口。 该人口似乎不太可能与中西部非洲人民有关,后者与非洲东部和南部的班图斯人有联系。 班图人的农业工具包在各个地区都陷入了生态限制,非班图人正是在这些地区持续存在。 埃塞俄比亚拥有独特的气候和地形,自然不会成为班图人(以及整个非洲之角)。 科伊桑与埃塞俄比亚之间可能的联系可能是由于这些地区具有遗传变异的事实,这些遗传变异由于班图人的扩张而在中间地区消失了。 我很难接受班图人的扩张是特别的消灭主义,但我开始怀疑埃塞俄比亚以外的人口密度非常非常低。

事实证明,这个古老的杂交事件对我而言是上古 埃塞俄比亚人除了沙特阿拉伯的一种模式外,缺少任何其他中东组成部分。 沙特数据集中存在大量的人口内部差异。 为什么? 其中一部分必须是奴隶贸易,以及留在麦加等地的朝圣者。 但是,我认为这里不为人知的故事的一部分是,从黎凡特崛起的伊斯兰教兴起之后,对阿拉伯的遗传影响可能大于反之! 基因流可能早于伊斯兰教,因为阿拉伯陷入了世界贸易和人口运动,而埃塞俄比亚则相对隔离。 沙特的数据集包含几个“纯”西南亚人,还有几个具有大量西亚+南欧人的人。 这些人似乎可能是在新月沃地有一定背景的人。

 
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”