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进化遗传学

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上周《自然》发表了一篇论文,该论文可能发现了人类进化灌木的一个新“分支”,它可能与现代人类和尼安德特人共存。 我在这个故事中推荐 The Atavism、Carl 和 John Hawks。 有趣的时代。
早些时候,我指出了在塑造局部进化轨迹的遗传方面的生物物理约束和参数的可能性。 今天,奥利维亚·贾德森 (Olivia Judson) 发表了一篇很好的帖子 [链接已修复],关于许多物种中存在两种性别如何导致表型进化方面的奇怪的亚稳态拔河:X 染色体... 了解更多
下面我要指出,在谈到进化时,性别很重要,特别是在有性生殖如何迫使基因组的各个部分在性别之间来回传递的情况下。 事实上,性别起源可以说是继物种起源之后最重要的进化问题,它仍然是一个... 了解更多
进化论的伟大之处之一是它是对现实和动力学的特定具体方面的形式上的抽象。 它使我们可以从对自然状态的不完整的先验知识中榨取推理汁。 换句话说,您可以进行预测和建模,而不必观察所有的最后... 了解更多
PLoS Biology 对 Elements of Evolutionary Genetics 进行了回顾,Evolution Is a Quantitative Science:几本书可以从历史角度了解现代进化遗传学的起源(尽管重点关注流行基因),The Origins of Theoretical Population Genetics,Sewall赖特和进化生物学和 RA 费舍尔:一个...的生活 了解更多
量化元
在20世纪初期,试图了解遗传基础及其与进化过程的关系的两组生物学家之间发生了一场相当奇怪的辩论(事后看来)。 这两个派系是生物统计学家和孟德尔主义者。 正如他们的称谓所言,孟德尔人是继承模型的游荡者。 了解更多
上周,我进行了近一个世纪的智力之旅,探索了 RA Fisher 最终将孟德尔遗传学与定量进化生物学融合在一起的历史背景和科学逻辑。 在这个过程中,他帮助诞生了群体遗传学领域。 虽然我们今天更熟悉的遗传学开始...... 了解更多
在过去的十年里,进化遗传学家迈克林奇一直在阐明一个基因组复杂性模型,该模型依赖于随机因素作为基因组大小增加的主要动力。 这一论点在 2003 年的一篇论文中得到了阐述,并在他的《基因组架构的起源》一书中得到了进一步阐述。 有几个活动部件... 了解更多
在人类基因组中大约 3 亿个碱基对中,存在相当多的变异。 这种变化可以分为不同的类别,有些是人类分类系统的人工构建,但仍然映射到特别重要的真实人口统计或生活史事件。 一些变异是特定于人群的,... 了解更多
由于缺乏更好的术语,性选择是一个性感的概念。 查尔斯·达尔文在《人类的由来》和《与性有关的选择》中详细阐述了性选择的具体现象。 在《第三只黑猩猩》中,贾里德·戴蒙德赞同达尔文的论点,即性选择可以解释人类种族的起源,因为每个种族都是孤立的…… 了解更多
自然选择发生了。 它由查尔斯·达尔文 (Charles Darwin) 详细假设,并已在实验室中通过观察以及通过现代基因组学方法的推断得到证实。 但科学不仅仅是粗笔。 我们需要深入到更细粒度的级别,以精确和详细地了解动态,... 了解更多
PLoS Genetics 中关于种群遗传学的一篇有趣的可读评论,进化生物学中的脆弱假设:种群遗传学的美妙之处在于它导致了相对简单的代数,人们可以用它来指导自己的直觉。 诸如选择或漂移之类的现象不仅仅是文字,它们是特定的值。 话虽这么说,很多... 了解更多
一个月前,我在 Nature Genetics 上提到了一篇简短的交流,其中强调了 X 染色体和常染色体之间变异模式的差异。 我认为重新审视这一点会很有趣,因为它是一个相对较短的作品,具有我们可以反复思考的精确而清晰的结果。 有时有... 了解更多
进化对很多人来说意味着很多事情。 一方面,一些学者关注“数十亿和数十亿”的时间尺度,并且可以思考整个生命之树身体计划的根本变化。 其他人则将注意力集中在博士学位的年尺度上基因频率的变化。 程式。 尽管... 了解更多
生物学中一个典型的性感话题是性的起源。 不仅生物学家对它感兴趣,公众也对它感兴趣。 在马特·雷德利的旧书中,可以预见的是,《红皇后》在亚马逊上的排名最高。 我们人类对性很着迷,无论是在我们的公共规范中还是在我们的... 了解更多
上面的图表让你觉得奇怪吗? 它显示的是,随着有害突变率的增加,种群的平均适应度下降(有害突变多于有利突变)……但在某些时候,种群的适应度会反弹,尽管(或者可能是因为) ?) 有害的突变! 这个会... 了解更多
上周大部分时间我都处于半离线状态,所以我只是随机从某人那里听说了 Molly Przeworski 是作者的“科学论文”。 终于有机会从头到尾阅读它,这似乎是对其他论文的补充,既针对人和野兽。 主要的“增值”似乎... 了解更多
图片来源:Karl Magnacca The Pith:在这篇文章中,我回顾了果蝇果蝇基因组中自然选择模式的一些发现。 我将它们与人类基因组学中非常相似的发现联系起来,尽管方向相反。 不同形式的自然选择及其对基因组结构的影响也受到关注...... 了解更多
要点:在进化过程中,如果你想赢得长期胜利,你不会希望所有的鸡蛋都放在一个篮子里,即使那是最好的篮子。糟糕的事情发生了,你最好有一些后备策略。多样性是进化生物学的一个主要问题。特别是,为什么有如此多的多样性,所以...... 了解更多
图片来源 The Pith:在这篇文章中,我回顾了一篇涵盖人类分娩进化维度的论文。 具体来说,我们物种特有的特征和倾向,可能支持这些特征和倾向的基因,以及它们如何与更广泛的公共卫生考虑相关。 人类婴儿是特别的。 不像……的后代 了解更多
Ornithomimosaurian 恐龙和鸵鸟,图片来源 Nobu Tamura 和 James G. Howes The Pith:这篇文章探讨了两个不同尺度的进化:广义的哲学和遗传的密切。 从哲学上讲,进化是一个高度偶然的过程,其特征是没有形式和功能的大量复制吗? 或者,进化是在…… 了解更多
The Pith: 生态系统在不同尺度上的气候和生物进化压力。 也不是“主导”,因为这种框架甚至没有错。 昨天我提到了进化变化的宫廷小丑假说,它经常与红皇后假说形成对比。 作为一个自以为是……的人,我最大的尴尬 了解更多
去年夏天,当读者问到一个问题时,我在人类人口历史模型方面犯了一个轻率而愚蠢的错误:“哪个人口与非洲人的亲缘关系最远?” 我认为所有非非洲人口的距离都相同。 如果你看一下,这从表面上看显然是错误的...... 了解更多
原始机器人 我们被汉密尔顿困扰。 具体来说,威廉 D. 汉密尔顿 (William D. Hamilton) 是一位在 2000 年去世之前去世的进化生物学家。我们一直困扰着他,因为在他去世十多年后,关于他的想法的争论仍在困扰着知识界。 去年夏天,一篇论文引起了巨大的争议,该论文声称... 了解更多
进化适应可以逆转,但很少:以下是主要结果:该论文尚未在线。 当它出来时我肯定会检查它,至少如果数学不是太难。 原因是这些类型的模型总是依赖于简化的假设,而且它们可能没有洞察力…… 了解更多
更新:John Hawks 的实验室也在同一领域工作,他不同意此处提供的具体结果。 时刻提醒大家注意发布会上呈现的性感效果! (有人应该做一项研究!)彼得·帕勒姆上周在皇家学会会议上声称,遗传学揭示的人类进化、迁移和历史,...... 了解更多
核心:人类 X 染色体受到来自自然选择的更多压力,导致遗传多样性减少。 但是,人类种群中 X 染色体多样性的差异似乎更多地是种群历史的函数,而不是这些种群之间自然选择能力的差异。 在过去的几年里... 了解更多
“进化是可预测的吗?” “科学”杂志上的一篇文章问道。 这是第一段:“一定程度”部分是重点。 我是一般观点的忠实粉丝,但我对进化论了解得越多,我对广泛的真理就越怀疑。 给定的动态通常具有一定程度的有效性,但将其扩展得太远...... 了解更多
引人入胜的轨道周期、澳大利亚湖泊水位和原住民的到来:如果您阅读了一些关于火生态学的学术文献,您很难不得出现代人类改变地球的结论! 现代智人的标志似乎是大型生物的灭绝,倾向于…… 了解更多
一位朋友向我指出了这篇文章在《自然》中的热烈评论部分,重建隐藏种族的基因组。 问题是大自然最初声明波多黎各的土著泰诺人已经灭绝。 这导致了大量愤怒的评论,其中一名研究人员卡洛斯·布斯塔曼特 (Carlos Bustamante) 感到…… 了解更多
遗传是强大的。 该领域的起源早于格雷戈尔·孟德尔,并进一步追溯到普通的人类常识。 19 世纪的原始遗传理论在 20 世纪初期让位于孟德尔主义,孟德尔主义恰好是一个非常强大的形式系统,用于预测世代信息的传递模式…… 了解更多
在我下面的帖子中,Rob 评论说:我的一般反应是不接受有关狗的遗传起源的最新新闻稿。 我跟踪文献,它相当流畅。 例如,我今天早上醒来,这就是我的 RSS 中显示的内容,现代狗更像是亚洲融合... 了解更多
我在这个网站上大量阅读 RA Fisher 的《自然选择的遗传理论》。 你不需要理解书中的所有内容,也不必同意其中的所有内容,但它是理解进化遗传学的一个很好的起点。 我注意到你可以得到它...... 了解更多
悲伤的消息。 约翰·霍克斯 (John Hawks) 说詹姆斯·F·克劳 (James F. Crow) 已经去世。 国家科学教育中心进一步提及。 大约 5 年前,我给 Crow 发了一封电子邮件,只希望得到最低限度的回复,询问面试情况。 不到24小时,他就回复了! 我认为它说了很多... 了解更多
麦迪逊-威斯康星大学对已故的 James F. Crow 进行了长时间的讨论。 非常推荐。
Dienekes 和 Maju 都评论了一篇新论文,该论文研究了西班牙新石器时代遗骸中乳糖酶持续存在的可能性,但我想我也会对此发表评论。 该论文是:新石器时代西南部欧洲乳糖酶持久性的低流行率。 该位置位于现代巴斯克地区的边缘...... 了解更多
《美国人类遗传学杂志》上的新文章“哥白尼式”从根部重新评估人类线粒体 DNA 树是开放获取的,因此您应该查看一下。 讨论触及了问题的核心:得到了许多同事的一致支持,经过几年的犹豫,我们... 了解更多
我刚收到 EO Wilson 的《地球的社会征服》的评论副本。 这本书之所以“火爆”的原因之一是威尔逊最近重新审视了“选择层次”的争论,并显着降低了进化动力学万神殿中的亲属选择(至少在他看来)。 已经有... 了解更多
忘记强调 SMBE 2012 中最酷的摘要之一,现代人类尼安德特人血统的全基因组图谱:对大量侵入性种群与小而长的地方性种群同化的预测之一是适应性等位基因的表示会有偏差从后者变成了前者。 在... 了解更多
一些人通过电子邮件向我发送了关于华盛顿邮报这篇文章的邮件,美国正在推动更多的科学家,但工作岗位并不存在。 其他人很好地覆盖了这个领域(例如),所以我不会说太多。 但首先,忽略论文中的文章,阅读这篇文章的原始调查...... 了解更多
《物种起源》标题中隐含的问题是:为什么是复数? 换句话说,为什么没有一个单一的顶级物种主宰这个星球? 可以想象一个抽象系统,其中自然选择缓慢但逐渐地筛选变异并设计出最好的复制器。 然而恰恰相反,似乎…… 了解更多
Jerry Coyne 提醒我,Ullica Segerstrale 的 Nature's Oracle: A Life of WD Hamilton 终于快要出版了。 具体来说,2013 年初。Coyne 看过他的出版前文本,所以它可能正在修订中,尽管肉已经放在骨头上。 汉密尔顿是最杰出的进化者之一…… 了解更多
关于遗传学的奇怪之处之一是它既包含抽象又包含具体。 正式的和身体的。 您可以与对分子机制的细节最感兴趣并且对结构生物学有深入了解的遗传学家交谈。 对这些人来说,基因是特定的、物质的东西。 相比之下,有... 了解更多
PNAS 现在有一篇关于大麦驯化的论文。 这是很好的开放访问,所以自己阅读,然后回来! 我不得不承认我不太喜欢这篇论文。 它似乎从一些基本的(至少在今天)系统发育方法中得出了太多的结论。 在... 了解更多
该相信谁? 当您(我们所有人)不太了解时,这就是问题。 信任是宝贵的,在某种程度上也是神圣的。 这就是为什么当我意识到在 X 领域比我更见多识广的人以他们知道的方式对他们的论点进行抽样时,我会生气... 了解更多
核心:自然选择的遗传成分有不同的风味。 其中一些成分比其他成分更难以捉摸。 这使得“阅读标签”成为一项重要的活动。 正如您可能知道的,当您查看给定生物体基因组的变异模式时,您可以从自然界做出各种推断...... 了解更多
几天前,我在浏览 Haldane 的 Sieve 时,偶然发现了一个有趣的讨论,该讨论出现在它的“关于”页面上。 这个“棒球内部”的玩笑让我开始思考我自己的智力进化。 在过去的几年里,由于基因组学的兴起,我一直在更深入地研究系统发育学和系统地理学,... 了解更多
Haldane's Sieve 为我提供了一种新的预印本、遗传草图、选择性干扰和快速适应的群体遗传学。 虽然是数学的,但它的可读性很强,我向任何对进化遗传学感兴趣的人推荐它。 由于我还在消化它,所以我不会说更多,除了它似乎...... 了解更多
到这个时候,我相信你已经看到了关于重建的所有胎盘哺乳动物的最后一个共同祖先的文章。 为什么进化是真的 Greg Mayer 对其中的含义进行了出色的评论,并链接到了 Anne Yoder 在 Science 中适度怀疑的文章。 Yoder 的作品名为 Fossils vs. Clocks,而... 了解更多
在下面的帖子中,我提到了 RA Fisher 的观点。 就我而言,这是一个中等危险的举动,因为费舍尔的许多观点仅通过后来的研究人员传播,他们可能对费舍尔本人想说的话缺乏清晰的理解。 最重要的是... 了解更多
拉齐布汗
关于拉齐卜·汗

“我拥有生物学和生物化学学位,对遗传学,历史和哲学充满热情,虾是我最喜欢的食物。如果您想了解更多信息,请访问http://www.razib.com上的链接”