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人与人之间的融合

拉齐布汗 •20年2010月XNUMX日

•800字 • 11 Comments

Carl Zimmer 先生向我指出了《自然》杂志上的一篇新文章，尼安德特人可能与人类杂交。在我看来，文章中的细节比标题所暗示的更诱人。最重要的是，研究人员在美国体质人类学家协会最近的会议上提出了以下内容：*... 了解更多

尼安德特人基因组与我们

拉齐布汗 •6年2010月XNUMX日

•200字 • 1 Comment

我还在消化刚刚发表的关于尼安德特人的论文。你可以在这里找到它们。如有疑问，请先阅读论文。它们是开放获取的，所以对所有人都是免费的。有很多东西要考虑，我不知道我现在可以添加什么，但我会注意：1）有...... 了解更多

尼安德特人蛋糕的三层

拉齐布汗 •7年2010月XNUMX日

•1,400字 • 8 Comments

我假设现在每个人都读过尼安德特人基因组序列草案。它对所有人免费，所以你应该这样做。至少看看数字。此外，如果您至少没有略读补充剂，您也应该这样做。将近200页，基本上感觉更像是…… 了解更多

桌面上基因的历史和地理

拉齐布汗 •25年2010月XNUMX日

•100字 • 11 Comments

如果您不知道，Dienekes Pontikos 已经通过 ADMIXTURE 程序发布了大量对可用种群遗传数据集的分析。您可以在 ADMIXTURE-experiments 标签下找到他的无数帖子。下面是他今天生成的条形图。跟进去年春天发生的一场辩论，它似乎确实来自…… 了解更多

人口内和人口间遗传差异告诉我们什么

拉齐布汗 •8年2010月XNUMX日

•1,700字 • 18 Comments

左图是由两篇不同论文合并而成的合成图。一个分析非裔美国人的遗传变异模式，另一个分析东突厥族群维吾尔人的模式。条形图显示了类似于欧洲人和非洲人的两个亲本种群的祖先元素...... 了解更多

15个绑定它们的祖先组件

拉齐布汗 •17年2010月XNUMX日

•300字 • 9 Comments

Dienekes Pontikos 一直在努力，并从 ADMIXTURE 程序中绘制了一个新的条形图，其中包含 15 个假定的祖先组件。他有“69个种群，总共1,189个人”。其中大部分是从公共数据中收集的，但其中一些是 Dodecad Ancestry 项目所特有的。他认为：不仅... 了解更多

Eurogenes 500K SNP生物地理祖先项目

拉齐布汗 •23年2010月XNUMX日

•900字 • 3 Comments

由于我一直在宣传 Dodecad Ancestry 项目，因此提请您注意 Eurogenes 500K SNP BioGeographicAncestry 项目似乎是公平的。样本总体与 Dodecad 略有不同，但 ADMIXTURE 仍是主要工具。但作者也求助于其他方法来探索不仅仅是人口水平...... 了解更多

范式已死，范式万岁！

拉齐布汗 •23年2010月XNUMX日

•6,400字 • 68 Comments

线粒体 DNA 和人类进化：因此在 1987 年发表的论文在公众心目中确立了线粒体夏娃的想法，并在新闻周刊上引起了著名的封面照片。这也导致了 PBS 纪录片 NOVA 中的夏娃之子一集。总结如下：作为... 了解更多

美洲祖先

拉齐布汗 •10年2011月XNUMX日

•1,100字 • 16 Comments

非洲侨民对新基因组学及其与祖先的关系特别感兴趣。与其他后哥伦布时期的侨民不同，他们充其量只是粗略地了解他们的祖先所来自的地区。这可能解释了 Roots 和 Henry Louis Gates Jr. 的各种谱系项目的受欢迎程度，这些项目利用了…… 了解更多

埃塞俄比亚人的遗传亲和力

拉齐布汗 •10年2011月XNUMX日

•1,000字 • 30 Comments

在公开的帖子中，有人问：“关于埃塞俄比亚人遗传学的最新内容。” 这促使我环顾四周，因为我也很好奇。翻遍维基百科，我找不到最近的任何东西。许多研究都是基于单亲谱系的较旧的作品（NRY 和 mtDNA）。埃塞俄比亚很有趣，因为与几乎所有其他撒哈拉以南地区不同...... 了解更多

ADMIXTURE与MDS，可视化只是可视化

拉齐布汗 •18年2011月XNUMX日

•600字 • 4 Comments

Dienekes 在 K = 64 的情况下再次运行了他的数据。他发布了一个具有两个最大变化维度的巨大图。他还发布了随附的电子表格，其中包含 Dodecad 样本所在位置的坐标。所以我很快就找到了自己的位置。在那之前，我想我会重新发布一个... 了解更多

尼安德特人混合物，先验后摇晃的结果

拉齐布汗 •26年2011月XNUMX日

•1,000字 • 24 Comments

在 2010 年我们对现代人类起源的理解发生了翻天覆地的革命之后，欧亚古人类与新非洲人的混合，我认为对结果会有修正主义的看法，这似乎指向过去十年不同人类血统之间的混合. Dienekes 链接到一个恰当的例子，一篇关于……的新论文。了解更多

正确计数豆子

拉齐布汗 •10年2011月XNUMX日

•400字 • 3 Comments

关于我最近的几篇文章，纽约时报有一篇有趣的文章，按种族计数可以抛出一些数字。基本上它概述了在一个更加多样化和种族混合的美国为不同目的列举不同种族和族裔群体的困难。在分配资源时，数字很重要，... 了解更多

DIY 人口结构推断，第 1 部分

拉齐布汗 •13年2011月XNUMX日

•800字 • 10 Comments

如果您已经阅读此博客一段时间了，您会看到许多类似上面的图片。它来自 2008 年的论文 Worldwide Human Relations Inferred from Genome-Wide Patterns of Variation。该数据集来自人类基因组多样性项目。它由来自世界各地的 52 个团体组成，针对代表性进行策划，但也... 了解更多

欧亚大陆 + 莫扎比特人 + 巴布亚人

拉齐布汗 •16年2011月XNUMX日

•200字 • 6 Comments

我现在很忙，这周不会发布太多内容。但是，我想我会转储我拥有的一些 ADMIXTURE 运行。这是一个有 80,000 个标记和欧亚人口、巴布亚人和莫扎比特人的人。我删除了新世界和非洲以限制方差空间。这次我给祖先贴上了标签…… 了解更多

茶叶和种群子结构

拉齐布汗 •22年2011月XNUMX日

•500字 • 5 Comments

图片来源：Wikimol 在过去的几个月里，我一直在鼓励人们取消 ADMIXTURE，并通过它推送公共数据集。此外，您还可以非常轻松地将 23andMe 原始文件转换为系谱格式，并使用 PLINK 将其集成到公共数据集中。我一直在关注扎克的哈拉帕祖先项目...... 了解更多

使用ADMIXTURE逐步分析祖先

拉齐布汗 •14年2011月XNUMX日

•2,600字 • 17 Comments

在过去的几个月里，我希望更多的人能够开始做 Zack Ajmal、Dienekes 和 David 一直在做的事情。有公共数据集和开源软件，因此任何有书呆子倾向的人都可以出于好奇探索自己的问题。这样你就可以看到力量和局限性...... 了解更多

欧亚大陆，ADMIXTURE 有监督和无监督

拉齐布汗 •16年2011月XNUMX日

•900字 • 11 Comments

在昨天的帖子之后，我认为看看在不同模式下运行 ADMIXTURE 会如何影响结果可能会很有用。我希望更多人使用这个软件的主要原因可能是他们会看到这个程序只是一个程序，不再假设它的输出是神圣的。在... 了解更多

ADMIXTURE 中的输入决定输出

拉齐布汗 •21年2011月XNUMX日

•300字 • 2 Comments

我发布关于如何运行 ADMIXTURE 的原因之一是为了让更多的读者自己熟悉该程序的偏见。这样他们就会对过度阅读一组特定的结果持谨慎态度（使用 PCA 来可视化遗传关系也是如此）。 Dienekes 详细阐述了这一点，... 了解更多

基因组博客和印度基因组学

拉齐布汗 •22年2011月XNUMX日

•100字

Dienekes、David 和 Zack 现在整合了 Reconstructing Indian History 中的见解，即推断人口结构的程序，如 STRUCTURE、frappe 和 ADMIXTURE，可以产生祖先成分，而这些成分本身实际上是稳定的杂交种。特别是许多这些分析中的“南亚”成分可能是欧洲式…… 了解更多

另一个基因组博主......

拉齐布汗 •26年2011月XNUMX日

•100字 • 1 Comment

读者“第欧根尼”，手里拿着 ADMIXTURE，以及比我能理解的更多的考古知识，现在有一个博客。我为什么要写博客……：他的兴趣似乎是欧洲的新石器时代革命/进化。

你从失败中学习

拉齐布汗 •2年2011月XNUMX日

•200字 • 13 Comments

在昨天关于非洲遗传学的帖子中，我尝试与大量人群合作，但将 SNP 缩小到约 40,000。今天我想我会走另一条路，专注于拥有更丰富的市场，但人口更少。所以我用 400,000 个 SNP 进行了大量运行。这是 K = 8. 请... 了解更多

无监督 ADMIXTURE 的最佳案例场景？

拉齐布汗 •7年2011月XNUMX日

•500字 • 2 Comments

ADMIXTURE 的一大优点是人口元素通过程序的逻辑从数据中剔除。最糟糕的是，然后由您来理解这些元素。使用 ADMIXTURE 并避免过度解释模糊的一种有用方法是计算... 了解更多

人类树的持续纠结

拉齐布汗 •27年2011月XNUMX日

•2,100字 • 7 Comments

去年夏天，当读者问到一个问题时，我在人类人口历史模型方面犯了一个轻率而愚蠢的错误：“哪个人口与非洲人的亲缘关系最远？” 我认为所有非非洲人口的距离都相同。如果你看一下，这从表面上看显然是错误的...... 了解更多

ADMIXTURE、非洲血统项目和确认偏差

拉齐布汗 •2年2011月XNUMX日

•1,000字 • 5 Comments

我已经在 Facebook 上运行了一段时间的非洲祖先项目。但它变得笨拙，所以我终于建立了网站。我启动它的主要原因是一段时间以来一直有人抱怨 23andMe“祖先绘画”存在问题，有些人... 了解更多

僵尸基因组博客

拉齐布汗 •30年2011月XNUMX日

•100字 • 2 Comments

阵亡将士纪念日快乐，如果你是美国人！ Dienekes 在 Dodecad 上发表了一些非常有趣的帖子，如何从 ADMIXTURE 等创建僵尸，以及更多僵尸：祖先北印度人和祖先南印度人重生。如果您正在使用 ADMIXTURE，这在未来将非常有用。

非洲之角的基因组草图

拉齐布汗 •9年2011月XNUMX日

•1,600字 • 16 Comments

伊曼，索马里模特自从我开始非洲血统项目以来，主要的兴趣来源之一就是来自东北非家庭冰雹的个人。更具体地说，非洲之角、埃塞俄比亚、厄立特里亚和索马里。问题似乎是23andMe的“祖先绘画”算法使用西非约鲁巴语作为... 了解更多

亚非风味

拉齐布汗 •10年2011月XNUMX日

•1,600字 • 5 Comments

在昨天的帖子中，我报道了人们对非洲之角的普遍了解，它的人口在遗传上似乎介于撒哈拉以南非洲和欧亚大陆之间。这作为地理的函数是完全合理的，但也有建议认为这不仅仅是距离隔离的函数（即... 了解更多

海角彩色是一切的混合体

拉齐布汗 •16年2011月XNUMX日

•1,000字 • 8 Comments

开普有色人种我之前在这个博客上提到过南非开普色人种。在文化上，他们在语言上是南非荷兰语，在宗教上是荷兰改革宗（可能相关的开普马来族群是穆斯林，尽管传统上也是南非荷兰语）。但在种族上，他们是一个非常多样化的群体。通过这种方式，它们可以被类比为黑色...... 了解更多

大规模的尼安德特人与德尼索瓦融合

拉齐布汗 •17年2011月XNUMX日

•800字 • 11 Comments

更新：John Hawks 的实验室也在同一领域工作，他不同意此处提供的具体结果。时刻提醒大家注意发布会上呈现的性感效果！（有人应该做一项研究！）彼得·帕勒姆上周在皇家学会会议上声称，遗传学揭示的人类进化、迁移和历史，...... 了解更多

验证我的基因！

拉齐布汗 •28年2011月XNUMX日

•1,000字 • 28 Comments

看，具体化！在下面的评论中，安东尼奥向我指出了这份工作文件，DNA 祖先测试揭示了美国人的身份？审查关于种族和基因组学的公众意见。我可能有点沉闷，但我不知道在哪里可以找到它的最新版本（我偶然发现了另一个工作...... 了解更多

尼安德特人与人类的交配，几个月后……

拉齐布汗 •18年2011月XNUMX日

•400字 • 27 Comments

图片来源：ICHTO 最近，我的 Google 新闻提要中出现了有关“尼安德特人与人类交配”的消息。如果您是普通读者，您就会知道我对这种“狂野之物”的特殊组合很感兴趣。但是快速阅读新闻稿告诉我这是一篇我已经审查过的论文...... 了解更多

亚洲黑人不是一个人口

拉齐布汗 •21年2011月XNUMX日

•1,200字 • 37 Comments

内格里托，菲律宾。图片来源：Ken Ilio 在下面的帖子中，我提到马来西亚和菲律宾的黑人似乎是两个截然不同的群体。这是我想更详细地探索的东西，所以我很自然地决定浏览泛亚 SNP 数据集。目标因……而变得更加困难。了解更多

东南亚移民，印第安人和泰族

拉齐布汗 •23年2011月XNUMX日

•2,800字 • 8 Comments

如果你还没有读过我的文章“到亚洲的对立面”，如果你不熟悉东南亚大陆的历史、史前史和民族志，这可能是一个很好的时机。在这篇文章中，我将重点关注东南亚大陆，以及它与印度和中国在基因上的隐含关系，... 了解更多

当社会学遇到统计遗传学时

拉齐布汗 •26年2011月XNUMX日

•800字 • 9 Comments

在 Daniel MacArthur 博士关于 Roots into the Future 的帖子中，Blaine Bettinger 留下了一个有趣的评论：看看 23andMe 如何处理响应 10,000 个免费套件的人群将会很有趣。他们似乎无法预先筛选申请人，因为非裔美国人的传统有时比遗传更具社会学意义（基于... 了解更多

人类祖先的可分割性

拉齐布汗 •25年2011月XNUMX日

•800字 • 9 Comments

人类或智人类是指一组个体。从宏观上看，它真的不是那么清晰和独特。 “古代”人类什么时候变成“现代”人类？考虑到人类的变异，什么是“人类普遍性”？一组有机体被赋予一个名称，表示它们... 了解更多

非洲人都不是纯人类

拉齐布汗 •5年2011月XNUMX日

•500字 • 14 Comments

去年在讨论尼安德特人可能与现代非非洲人的祖先混合时，我开玩笑说撒哈拉以南非洲人是“纯人类”。这在一定程度上是半开玩笑的，因为尼安德特人基因组的结果也改变了我对非洲古代混合物可能性的评估。换句话说，可能永远没有... 了解更多

尼安德特人渗入和混合

拉齐布汗 •12年2011月XNUMX日

•300字 • 12 Comments

Ed Yong 对 PNAS 中一篇新的尼安德特人基因渗入/混合论文进行了很好的评论。它还没有出现在网络上，所以让我引用 Ed：从我在评论中收集的信息来看，这是因为如果有一波推进，每单位的外加剂水平非常低...... 了解更多

遗传差异与遗传多样性

拉齐布汗 •28年2011月XNUMX日

•1,100字 • 16 Comments

与泰诺人会面几天前，在下面的评论中，有人对土著人口消失导致遗传多样性减少表示担忧。我的回答基本上是视情况而定。这里的问题是这种消失是由于同化还是灭绝。如果给定的人口被遗传吸收到... 了解更多

DIY人口结构分析

拉齐布汗 •26年2011月XNUMX日

•200字 • 4 Comments

我在这里提醒读者实际使用研究人员公开传播的所有分析工具，而不仅仅是提供廉价的意见。显然，与可以通过一夜之间进行几次“跑步”来检查自己的预感的人进行讨论会更有趣和更有用。其次，如果你的技术技能很少...... 了解更多

亚当的儿子：精神，而不是鲜血

拉齐布汗 •26年2011月XNUMX日

•2,000字 • 5 Comments

古人类颅骨容量增加，由 Luke Jostins 提供几年前，剑桥桑格研究所的统计遗传学家 Luke Jostins 使用来自古人类（人类谱系）颅骨容量化石的数据发布了上图。正如您所看到的，直到大约 250,000 年前，颅骨容量才逐渐增加…… 了解更多

巴斯克遗传特征（再次）

拉齐布汗 •28年2011月XNUMX日

•200字 • 11 Comments

关于巴斯克的所有讨论，我决定用 Admixture 做我自己的分析。 Dienekes 给了我一份他的 IBS 文件的副本，其中包含所有 1000 个 Genomes 西班牙样本，包括巴斯克语。我将它与 HGDP 样本合并，其中包含法国巴斯克人（在下图中只是“巴斯克人”）和法国非巴斯克人。一世... 了解更多

谁知道谁在哪里

拉齐布汗 •30年2012月XNUMX日

•500字 • 13 Comments

在《纽约时报》中，DNA 将人类故事变成了一个全部：首先，出于新颖性的原因，我们强调了人类家谱的异国卷须。甚至“走出非洲”的现代古生物学之父克里斯·斯金格也声称我们是混血儿！但我们不要忘记，非非洲人是非常... 了解更多

归类为文化幻觉的定律

拉齐布汗 •9年2012月XNUMX日

•900字 • 26 Comments

下面的评论：但这让你问：有一些非洲遗产的人倾向于不成比例地展示这种遗产的假设是真的吗？从美国人的角度来看，答案显然是肯定的。但从非美国人的角度来看，并非总是如此。为什么？美国人和非美国人的遗传规律是否不同？我怀疑... 了解更多

跨越草海：北欧人如何成为东北亚地区的10％

拉齐布汗 •7年2012月XNUMX日

•2,700字 • 102 Comments

核心：你是亚洲人。是的，就是你！对 Nick Patterson、Priya Moorjani、Yotao Luo、Swapan Mallick、Nadin Rohland、Yiping Zhan、Teri Genschoreck、Teresa Webster 和 David Reich 的重要论文的结论：特别是，我们提供的证据表明欧洲的遗传历史来自公元前5000年左右包括：1.新石器时代农民的到来...... 了解更多

北欧人和美洲原住民的关系比以前的想法更紧密

拉齐布汗 •1年2012月XNUMX日

•500字

我几个月前在博客上发表的一篇新新闻稿在《人类历史上的古代外来物》上发表。与报纸不同，新闻稿的标题具有误导性，不幸的是，我注意到人们在散布新闻稿，并且可能会误解正在发生的事情。这是标题和第一段：

丹尼尔·麦克阿瑟（Daniel MacArthur）是“ Desi”吗？

拉齐布汗 •10年2012月XNUMX日

•1,000字

我在这篇文章中的最初倾向是讨论最近的订购混乱，这导致我的许多朋友对 23andMe 非常不满。但是浏览他们新的“祖先组成”功能时，我认为我必须先讨论它，因为有些书呆子级别的阴谋。尽管我同意 Dienekes 的许多担忧…… 了解更多

征服者的遗传遗产

拉齐布汗 •9年2013月XNUMX日

•1,700字 • 15 Comments

几年前，当一些进化基因组学家报告说，他们通过重新组装保存在当代人群中长期混合的片段，重建了波多黎各已灭绝的泰诺人的基因组时，引起了一场小争议。争议与今天有些人声称自己是泰诺的事实有关，并且…… 了解更多