选择的表型

选择是人口遗传学家研究的主要参数之一。 研究选择的最简单方法是完全了解等位基因频率随时间的变化。 如果你是一个 果蝇 遗传学家这是可行的，因为您可以在实验室中控制模型生物的繁殖。 在自然种群中这显然要困难得多（我认为生态遗传学下降了一段时间的一个原因是这非常困难）。 在像人类这样的长寿命物种中，实时“追踪”等位基因频率的变化实际上是不可行的，因为这至少需要几个世纪的时间。

因此研究人员必须求助于 推论 来自人类等物种的基因组变异模式，因为它使我们能够回顾过去。 孟德尔遗传学的遗传模式是这样的：可以模拟变异在各个世代之间的传播，并且诸如种群快速增长或正选择之类的过程在完成工作后很长时间便会在基因组中留下足迹。 因此，您只需查看您期望其消失的模式，就可以测试选择，人口扩展或瓶颈。 这 台积电 方法通过检查单个完整基因组中的变异而著名地推断出人口的人口统计历史！

关于选择，人口遗传学家感兴趣的是选择，因为这是适应进化过程的先决条件之一，有许多从遗传和基因组数据推断的方法。 田岛的D 是比较老的方法，可以比较基因组中不同类型的多样性，并且广受那些关注种间差异的人们的欢迎。 最近，基于单倍型的测试正在寻找基因组中长片段的变体。 EHH和iHS可能是其中两个比较流行的版本。 直到2000年代中期，基于单倍型的方法才真正流行起来，因为它们需要一定的数据密度，这确实是“后基因组”时代。 然后，您可以找到寻找群体之间频率差异的方法，并将其与基于整个基因组（例如PBS）的模式的期望值进行比较。 同样，这些需要全基因组数据。 更普遍地，基于站点频率的技术的普及取决于 在足够的数据上实际产生站点频率.

就像这些方法在生成可行统计数据所需的原始数据方面一样，它们也表现出不同的优势和劣势。 基于单倍型的方法擅长检测“硬扫”，即针对祖先背景出现的新型突变进行强阳性选择。 EHH在人群之间进行了完整的打扫。 相反，iHS在不完全扫描时更擅长获得牵引力。 尽管它们具有在人类微观进化规模上检测事件的强大能力，但考虑到10,000年的数量级，随着一种方法的发展，它们变得模糊起来。 具体来说，当iHS检测到较旧的不完整扫描时，它可能不会告诉您是否仍在进行扫描，但可能是这样。 此外，他们并不是特别擅长进行“软扫描”，即种群中长期分离的等位基因通过选择或多基因选择（频率影响系数分布在整个基因组中）的频率提高。

最后，有人尝试检测 使用古代DNA进行选择。 这项技术向全知迈出了一步。 可以从DNA记录中“实时”跟踪等位基因频率变化，而不是根据现有的变化来推断。 当然，问题在于样本数量有限，并且数据质量经常受到影响。

这就是为什么预印本 在过去2,000年中发现人类的适应能力在乔纳森·普里查德（Jonathan Pritchard）的实验室里，我感到非常兴奋。 使用过去几年以大样本量在线的整个基因组序列数据 他们设法推断出过去2,000年间英国人的选拔活动！ 这是摘要：

最近的自然选择的检测是种群遗传学中​​一个具有挑战性的问题，因为标准方法通常会长时间整合。 在这里，我们介绍了Singleton密度评分（SDS），这是一种从当代基因组序列推断等位基因频率最近变化的有力措施。 当应用于UK10K项目的数据时， SDS反映了过去2,000年间现代英国人祖先的等位基因频率变化。 我们在乳糖酶和HLA上看到了强烈的选择信号，并倾向于金色的头发和蓝色的眼睛。 谈到多基因适应信号，我们发现，最近对高度增加的选择已经驱动了大多数基因组中的等位基因频移。 此外，我们报告了影响许多其他复杂性状的多基因转变的暗示性新证据。 我们的结果表明，多基因适应已在塑造现代人类的基因型和表型变异中发挥了普遍作用。

基本逻辑并不难掌握。 受到选择的衍生等位基因（最近突变的新等位基因）倾向于以可预测的方式改变其局部基因组区域。 特别地，经受阳性选择的衍生等位基因将比祖先中性变体显示出较浅的家谱。 常规的中性过程导致突变的发生和祖先变体的灭绝，这是由动物模型模拟的。 合并的 过程。 一些等位基因的频率会迅速增加，而另一些频率会缓慢地增加，但这将是随机的。 在上图中，深色分支是祖先的和红色衍生的。 右图显示了祖先和派生的合并是规则的，并且对于中性上下文而言是相同的（即，选择不针对派生的变体）。 相反，在左侧面板中，您看到派生的变体具有更浅的合并，大概是由于最近等位基因群体迅速扩展到共同祖先而引起的。

SDS需要全基因组数据以及大量样本。 在2016年，至少在世界某些地区和人口中都有。 将SDS与基于单倍型的方法进行比较，他们发现后者的选择最大差异在于大陆规模。 即在欧洲和非洲之间。 相比之下，SDS倾向于扩大欧洲内部的差异，因为大约2,000年的时间范围很可能是本地化的。

他们发现了很多选择。 周围的信号 LCT 和 MHC 并不完全令人惊讶。 LCT 几乎是选择测试的阳性对照。 它在欧洲无处不在，但直到最近才被选中，因此周围仍然有祖先的变体（与 SLC24A5 从字面意义上讲，几乎都用于注视）。 MHC 与免疫反应有关，并且一直在发展。

也许更有趣的是 作者检测出在身高和色素沉着方面的连续选择 在他们的样本中。 为什么是身高？ 我一直对格雷格·克拉克（Greg Clark）的某些遗传论点持怀疑态度。 告别施舍 （并且已经告诉格里格），但是，最近对身高的选择似乎与他的观点一致，即过去2,000年来英国人特别富有和健康。 而且，这似乎也支持精英生产过剩的建议，因为从营养和遗传方面考虑，高个子男人在精英阶层中的代表性将更高。

色素沉着的结果很有趣。 一些较旧的信号没有出现（例如， SLC24A5 和 SLC45A2）。 它们是固定的或接近固定的，那么将要与之比较的旧单倍型在哪里？ 但有趣的是，周围的选择 基特尔 和 OCA-HERC2 似乎仍在发生！ 尽管作者将它们与头发和眼睛的颜色相关联，但是极端的组织特异性表达并不意味着它们对皮肤的颜色没有影响。 在补编中，他们指出：“在所有14种情况下，衍生的等位基因都与较浅的色素沉着（即较浅的头发，皮肤或眼睛）或雀斑增加有关。” 此外，他们在正文中指出：“我们推测，最近选择使用金发和蓝眼睛可能反映了英国人祖先对这些表型的性选择，而长期趋势是皮肤色素沉着较轻。非非洲人，通常被认为是由维生素D生产的需求所驱动。”

此时，读者肖恩（Sean）可能会崩溃，必须自然而然地抛弃他从彼得·弗罗斯特（Peter Frost）那里获得的第1000次性选择中的所有内容。 如果他不控制自己压倒性的选择欲望，像机器人一样重复自己，我将禁止他，因为我真的不想再读同样的评论。 话虽这么说，我真的不知道作者是多么认真地认为色素沉着是性选择的……。

我发现杰弗里·米勒（Geoffrey Miller） 交配的心 有趣，但我对性选择在近代人类历史中的重要性持怀疑态度（与早期的广泛人类行为在我们的血统中得到固定的时期相反）。 通常，性选择会以 解围 在这类论文中（我也看不到生殖偏斜的足够变化以至于无法进行性选择）。 原因很简单。 遗传学家擅长检测选择的发生，但尚不清楚如何和为什么进行选择。 通过这种方式 LCT 是一个例外。

综上所述，这是令人难以置信的论文。 由于英国的基因组数据庞大，因此预印本着重于英国。 但是，这种分析将在不久的将来扩展到所有人群。 基因组学将无处不在，推断种群历史和动态的工具也将无处不在。

以上是我轻率地称为“你总是看到的标准 PSMC 图”的内容 纸 首次亮相的方法。 基本上，PSMC 使用优质全基因组的变异模式来推断该个体家谱的种群历史。 所有使用独特的雪花毕竟反映了我们祖先的综合历史。

但自从那篇论文发表后的 4 年多时间里，科学一直在前进。 第一作者李衡甚至发了一个帖子， PSMC 的替代品，其中指出：

PSMC 还可以，但现在至少在理论上有更好的模型和实现。 微软公司，最近 发表在Nature Genetics上，不仅将 PSMC 扩展到多个单倍型，而且还改进了二倍体基因组的 PSMC。 它预先计算长期纯合性的转换矩阵，并变得足够快以执行全基因组推断，而无需像 PSMC 那样对输入进行分箱。 更重要的是，对于二倍体基因组，MSMC 实现了 PSMC 的模型。 通过允许无效的重组，它是对结合重组模型的更好近似。 它能够更好地估计重组率。 我在 PSMC 工作时很懒惰。 我知道 PSMC' 更好，但我跳过了它，因为它的推导更复杂，而且 PSMC 可以很好地推断其他参数。

另一个重要的工具是 迪卡尔 凯利哈里斯等人。 它还使用了更好的模型并具有 时间复杂度与状态数成线性关系. 与时间复杂度在状态数量上为二次方的 PSMC 实现相比，这是一个显着的优势。 Dical 跑得更快。

开始阅读人口统计推断软件的最佳起点可能是这里 名单 止 揭示人类进化史的方法和模型.

在理想的世界中，您将拥有令人敬畏的数据和无限的计算能力。 但是这些马尔可夫合并模型需要很长时间才能运行，并且 斯蒂芬·席菲尔斯（Stephan Schiffels） 告诉我你可能需要 20× 覆盖 让 MSMC 为您工作。 对于许多群体基因组项目来说，这只是一个太高的标准，尽管对于使用序列数据（以遗传多样性等为条件）进行真正良好的定相可能是必要的。

一份新的论文 PLOS遗传学 似乎给我们其他人带来了希望。 从全基因组分子数据的大样本中推断种群规模历史——一种近似贝叶斯计算方法:

从现存个体中采样的分子数据包含有关其人口历史的大量信息。 特别是，群体遗传学中的一个经典问题是从这些数据中重建过去的群体规模变化。 将这些变化与各种气候、地质或人为事件联系起来，可以表征推动遗传多样性的主要因素，并可以对保护产生重大影响。 直到最近，大多数非常简单的历史，包括一两次种群大小的变化，都可以从遗传数据中估计出来。 随着许多物种的全基因组测序，这种情况发生了变化，现在有几种方法可以推断出由几十个种群大小变化组成的复杂历史。 然而，分析整个基因组，同时考虑重组，仍然是一个统计和数字挑战。 因此，这些方法只能应用于具有少量二倍体基因组的小样本。 我们通过使用近似估计方法克服了这一限制，其中观察到的基因组使用少量与等位基因频率和连锁不平衡相关的统计数据进行总结。 与以前的方法相比，我们表明我们的方法允许我们重建人口规模历史的最新部分（最后 100 代）。 作为说明，我们将其应用于四个牛品种的全基因组序列的大样本。

所以首先，他们专注于 AFS 和 LD。 其次，由于样本量增加，它们捕获了更多最近的合并事件，这对于获得检测近期人口事件的能力至关重要。 如果你对群体基因组学感兴趣，那是非常必要的。 在论文中，他们承认 MSMC 在非常特定的时间范围内和实例中的精确性和实用性，但表明他们的方法能够使用更大的人口规模使其实际上更有用

最后，因为他们使用非相位数据，所以您似乎不需要非常完整的质量序列。 他们的经验数据集中的牛是 13 倍，这是对全基因组结果的合理覆盖。

该软件名为 PopSizeABC 并可用于 下载.

迪内克斯争论:

是的，分歧事件有可能发生在非洲。 它也有可能发生在亚洲。 我认为没有理由偏爱其中一个。 毕竟，支持非洲以外的主要证据是欧亚人嵌套在非洲遗传变异中。

如果这篇论文是对的，那就不是这样了：非洲人整体嵌套在欧亚变异中，包括现代欧亚人和神秘人口。

我不确定这是主要部分，尽管这是一个主要原因。 这里还有两个原因：

1）解剖学上的现代人首先出现在非洲。

2) mtDNA、Y 染色体和常染色体中最深的分歧都在非洲发现（特别是在狩猎采集的非洲人群和其他所有人之间）。

让我们考虑遗传学方面的替代模型。

现代人类的近东起源： 人类迅速扩张出这个区域。 非洲内部的深刻分歧是偶然的； 非洲以外的所有深层血统都被“走出非洲”人口所取代。

现代人类的非洲起源： “走出非洲”人类在 60,000 万年前迅速扩张，非洲内部的深层结构可以追溯到 200,000 万年前。

两个视图都匹配数据。 但后一种模式对我来说似乎更节俭。 正如我上面所说，我要理解它更符合考古学。 但时间会证明一切。 第一种观点可能是正确的。

埃文·卡拉威（Ewen Callaway）作品中的人物 自然, 在古代人类中杂交富矿的证据越来越多，在传达我们所知的不同人类谱系之间的混合信息方面做得很好 古代DNA。 但是，这就是全部吗？ 在大量古代DNA进入网络之前，人们曾尝试根据现有数据（mtDNA，现代种群）以及模型构建和模拟来推断混合物。 有两个自然的结论。

首先，混合发生了。 其次，它没有。 这是2004年的论文 现代人类在向欧洲扩张范围时并未与尼安德特人混为一谈在 生物学。 从2006年开始， 人口中可能的祖先结构在 PLOS遗传学 （第一篇论文被引用次数增加了100次，分别是〜250和〜150，而主流期刊中的引用次数则是〜XNUMX）。 我认为第二篇论文的标题相对暂定，而不是第一篇论文的大胆之处，确实反映了当时整个学术界的两个立场的力量（我承认，许多人口遗传学家对《 Out》一书持怀疑态度。的非洲”与全部取代的凯旋主义，这在理查德·道金斯的《 祖先的故事，大约在当时发布）。

古代的DNA改变了一切。 但这并没有改变一切，因为出于各种原因，古老的DNA主要是从欧亚大陆北部获得的。 我谨慎地指出，Callway的作品是古代DNA所为，因为我认为它忽略了 非洲境内的古老混合物。 与...相关的群组 杰夫·沃尔 和 迈克尔·哈默（Michael Hammer） 多年来一直在争论非洲内部高度分化的血统之间的基因流动（而且古怪的混合物更普遍地追溯到2000年代中期），昨天他们在XNUMX年发表了两篇论文。 基因组研究.

首先， 基于模型的全基因组数据分析揭示了复杂的进化历史，涉及中非y格米人的古生物渗入:

比较古代和现代样本的全基因组序列已指出，通过现代非非洲人祖先与尼安德特人和丹尼索瓦人等已灭绝的原始人之间的杂交，可以发现几种古老的混合物。 这些发现的一个暗示是，当代人类的某些适应性特征可能已通过古生物形式的基因流在欧亚大陆进入了种群。 在非洲，化石证据表明，在过去的200,000年的大部分时间里，解剖学上的现代人类（AMH）和各种古老的形式共存。 但是，非洲缺乏古代DNA，这限制了我们直接比较古人类基因组与现代人类基因组的能力。 在这里，我们使用基于当代非洲P格米人狩猎采集者的高覆盖全基因组数据（大于60倍）的统计推断作为研究人属进化历史的替代方法。 使用考虑到人口历史的全基因组模拟，包括隔离和邻近农业人口的基因流动，我们的推论方法拒绝了AMH祖先在非洲遗传分离的假说，从而提供了非洲古细菌的第一个全基因组水平的证据。混合物。 我们的推论还暗示了非洲人类进化的复杂历史，其中至少有一个混合事件，可能是在最近的30,000年内，从未知的古种群到AMH的祖先。

而且， 中西部非洲侏儒猎人-采集者的全基因组序列分析揭示了复杂的人口历史，并在阳性自然选择下鉴定了候选基因:

在实践中，移动式狩猎-采集者生活方式的非洲侏儒在表型和遗传上与其他解剖学现代人类不同，由于他们在中非雨林中独特的生活方式，他们可能会承受强大的选择性压力。 为了确定适应的基因组目标，我们对来自中非共和国的四名比卡（Biaka）y格米人的基因组进行了测序，并与来自喀麦隆的三名巴卡（Baka）y格米人和九名约鲁巴（Yoruba）农民的基因组序列共同分析了这些数据。 为了说明这些人群的复杂人口统计历史（包括隔离和基因流），我们使用联合等位基因频谱拟合模型，并使用独立的方法对其进行了验证。 我们的两个最佳拟合模型都表明，在90,000或150,000年前的农民祖先与P格米人之间存在古老的分歧。 我们还发现，从农民到。格米人的双向单向基因流的单脉冲在统计学上得到了更好的支持，如先前所建议的。 然后，我们应用补充统计数据来扫描基因组，以寻找选择性扫描和多基因选择的证据。 我们发现常规的统计异常值方法偏向于在高突变或低重组率的区域中识别候选者。 为避免这种偏见，我们使用了全基因组模拟方法（结合了人口统计学以及重组率和突变率的变化）为候选人分配了P值。 我们发现，涉及肌肉发育，骨骼合成，免疫，繁殖，细胞信号传导和发育以及能量代谢的基因和基因集很可能是西非y格米人或其近代祖先积极进行自然选择的目标。

我不得不说，有时我认为群体基因组学中的选择扫描有点神经科学。 神经科学告诉我们，东西发生在大脑中。 选择扫描告诉我们，适应性靶向基因组的功能区域。 尽管我确定您会在洗衣单上显示“您的基因”时感觉有所不同。

无论如何，我想强调两点。 似乎从一个古老的血统渗入的单倍型在基因区域中的代表性不足。 您在欧亚人（现在在阿尔泰尼安德特人）的古混合物中看到的这种净化选择似乎在这里发挥作用。 第二， 西部P格米人和非洲农民人口之间的分歧几乎是“走出非洲”事件时间的两倍。 而且，该组的结果似乎一致，即继续发生混合 after 它在欧亚大陆已经不复存在了，因为那时非洲以外的古怪已经被吸收了（至少据我们所知，如果以后某些群体中的低水平可检测到的话，我不会感到惊讶）。 这强化了我们需要更新和复杂化现代人类的观念。

大约十年前，现代人类理解世界人口的标准模型是，大约 50,000 年前，东非的大规模人口膨胀压倒了所有其他人口，甚至消灭了所有其他人口。 除了少数例外，例如新大陆，这些现代非洲人很快就定居下来，而现存的基因分布，通常是 mtDNA 和 Y 谱系，反映了当时和现在之间的长期平衡（新大陆最近的变化是一个例外）到那个）。 人类遗传变异可以被理解为是由快速脉冲扩张形成的，然后是随后的稳定，遗传变异由创始种群的地理障碍维持，并由距离隔离控制的基因流动减少。 在很大程度上，这就是斯蒂芬奥本海默的故事 走出伊甸园：世界人民.

很大程度上来说 那个故事是错误的。 尤其是古代 DNA，虽然不是唯一的，但它重塑了我们对过去的理解（见 借助古代DNA开创人类基因的新历史和新地理）。 人口不连续和混合的普遍存在表明，认为现代遗传变异以任何方式反映了最初在世界许多地区的第一波浪潮中出现的创始股票是天真的。 此外，在大多数现代血统中存在古老的混合物证明了这样一个事实，即“他们”和“我们”之间的鸿沟可能并不像某些人声称的那么大。

人口更替的普遍性是我最近预测第一个 Aurignacian 基因组 与现代欧洲人没有任何关系。 （我对它的价值是正确的）也就是说，欧洲的现代人类与 45,000 年前定居欧洲的第一批现代人类没有特殊关系。 对古代 DNA 的研究确实表明现代欧洲人有狩猎采集血统……但这到底有多深？ 我冒险说也许 墓地人 是最早成为“西方狩猎采集者”（WHG）直系祖先的候选人，他们通过中石器时代的狩猎采集人群将大部分基因贡献给现代欧洲人。 但是，如果确定了欧洲中石器时代狩猎采集者的基因组特征，我不会感到惊讶 after 大约 20,000 年前的末次盛冰期。

一份新的论文 当代生物学，似乎倾向于后一个结论。 更新世线粒体基因组表明非非洲人的单一主要分散和欧洲晚期冰川人口更替. 特别是，使用“最佳品种”系统发育学方法和考古测年的融合，作者认为大约 14,500 年前欧洲人的 mtDNA 遗产发生了重大转变，在 Bølling-Allerød 间隙，更新世的一个相对温和和温暖的时期，在急剧而严厉的回归之前 年轻的树妖. 最大的结果是 一些非常古老的 (pre-LGM, Gravettian) 属于 mtDNA 单倍群 M。 这是非洲以外常见的两个主要群体之一，但在今天的欧洲却不存在（罗姆人港口 M，因为他们的南亚传统）。

在很大程度上与欧洲狩猎采集者 U5 一样典型的血统似乎仅在更新世晚期，在上述温暖时期才出现频率增加。 由于随机遗传漂移的性质，我们确实预计谱系会随着时间的推移而灭绝. 这些是 mtDNA，直接母系谱系，因此在基因组中只有一个基因座（尽管 mtDNA 很丰富，因此对于任何新的提取技术来说往往是低悬的果实）。 低长期有效种群规模和欧亚边缘的元种群动态相结合可能意味着这些并非出乎意料的结果。 但正如论文中所暗示的那样，间隙的破坏也很有可能为更新世欧洲人的特定子集带来了一些优势，他们迅速扩张，取代了他们的竞争对手。 与现代人口相比，中石器时代的许多狩猎采集者的遗传多样性相对较低，这表明欧洲边境的人口规模较小。

根据论文中测试的模型，在大约 5 年前，U14,500 以牺牲其他谱系为代价的扩张似乎并不完全归因于偶然性。 然后呢？ 一种假设是，气候变化导致许多无法适应气候变化的种群灭绝，这些种群后来被新来者取代。 另一种并非排他性的模式是不同群体之间存在冲突，而气候变化为一种亚文化开辟了机会。 论文中提到了这一时期的巨型动物灭绝……也许我们应该将人类视为超级捕食者文化的另一个巨型动物？

看待地质过程的一种方法是它是均变的，而不是灾难性的。 但令我震惊的是，对于人类人口而言，灾难性的脉冲在地质规模上相当普遍。 为什么？ 可能是因为文化进化不是那么渐进和持续的，而是创新革命和快速席卷的群体间竞争“田野”，可以这么说。

我要补充的主要警告是，尽管我们知道的比我们知道的多得多，但我们仍然不知道什么。 史前欧洲的古代人口结构是怎样的？ 真的，我们知道的不多，因为抽样充其量是稀薄的。 那正在改变。

去年秋天，在ASHG上，这篇论文发表了， 古代埃塞俄比亚基因组揭示了整个非洲大陆广泛的欧亚混血:

对于大多数分析，重建非洲解剖学上人类的进化史的分析而言，表征非洲的遗传多样性是至关重要的一步。 但是，从欧亚大陆到非洲的历史性迁徙影响了许多当代人口，这使推论感到困惑。 在这里，我们介绍了一个大约生活于12.5年前的埃塞俄比亚男性（'Mota'）的4,500x覆盖率的古代基因组。 我们使用该基因组来证明欧亚大陆回流到非洲的人口与4,000年前在欧洲殖民的新石器时代早期农民有密切关系。 回流的程度比以前报道的要大得多一直延伸到中非，西非和南部非洲，甚至影响了约鲁巴和姆布蒂等人口，这些人以前被认为相对没有混血，拥有欧亚血统的6％至7％。

事实证明，存在生物信息学错误，这些错误否定了这些结果的严重性。 对Gallego Llorente等人的勘误。 2015年:

报告“古老的埃塞俄比亚基因组揭示了整个非洲大陆广泛的欧亚混合体”报告中提出的结果受到了生物信息学错误的影响。 将古代基因组Mota与现代群体SNP面板合并时，未运行将samtools v0.1.19产生的输入转换为与PLINK兼容所必需的脚本，从而导致人类参考基因组的纯合子位置由于缺少数据而被丢弃（与尼安德特人和丹尼索瓦斯混合的分析不受影响）。 如果将这些位置包括在内，则可以在Mota中调用来自现代参考专家组的255,922个SNP中的256,540 SNP。 从西欧亚大陆，更确切地说是从遗传上接近新石器时代农民的来源向东非大规模迁徙的结论不受影响。 但是，这种迁徙的遗传影响的地理范围被高估了：西方欧亚大陆的回流主要影响东非，只有少数撒哈拉以南人口； 与Mota相比，Yoruba和Mbuti没有显示出更高的西方欧亚血统。

我们感谢Pontus Skoglund和David Reich让我们知道这个问题。

首先， 科学家是人类，并且会发生错误。 因此，敬请作者自负。 另一方面， 结论对许多人来说从来没有闻过。 我对此感到困惑。 我问过ASHG的Iosif Lazaridis。 他对此感到困惑。 我问Pontus Skoglund。 他对此感到困惑。

不幸的是，摘要和新闻界都强调了生物信息学错误的结果。 在 纽约时报:

“最令人惊讶的是，所有现代非洲人口中都有相当多的回流，” 皮尼亚西博士说。 他和他的同事估计，尼日利亚约鲁巴人的基因组中有7％来自欧亚大陆。 在生活在刚果民主共和国雨林中的姆布蒂py格米人的基因组中，有6％的DNA来自欧亚大陆。

雷曼·雷曼（Ryan L. Raaum）是雷曼大学（Lehman College）的人类遗传学家，隶属于纽约城市大学（City University of New York），他称这项新研究“很棒”，但对其结论提出了质疑。 他认为，如果从近东来的人搬到非洲，该地区的考古学将发生急剧变化，这在逻辑上将是紧随其后的。 但是没有发生这种转变。 拉乌姆博士认为，欧亚脱氧核糖核酸也有可能早在3,000年前就进入了非洲。 Mota可能只是生活在一个孤立的社区中，从来没有遇到过拥有这些基因的人。

Raaum博士说，检验Pinhasi博士和他的同事的结论的最好方法是从同一年龄的非洲化石中收集更多的DNA。 如果研究人员是对的，他们也将缺乏欧亚DNA。 拉奥姆博士说：“然后，这种争论似乎似乎变得更加合理了。”

科学的经验法则是，当您获得令人震惊和惊讶的结果时， 检查以确保您在分析过程中没有犯任何错误。 这显然没有在这里发生。 责任必须散发。 作者与导师和合作者一起工作，而同行评审则检查以确保事情有意义。 整个非洲大规模混合的想法 只是没有道理.

如果这样的事情发生在我身上，我可能会立即吐出来。 这太可怕了。 但是再一次，这篇论文把它变成了 科学及 自然 写了这样的文章： 第一个古代非洲基因组揭示了大规模的欧亚迁徙。 该错误必须纠正。

我习惯这么说 人类色素沉着的基因组学已得到解决。 可以说，这是早期 GWAS 时代的重大成功之一。 2005年后记 突变体：关于遗传多样性和人体 暗示人类色素沉着的遗传结构相对神秘。 一年半后的评论，例如 A 金色的 人类色素沉着遗传学年龄 在哪里发布。 发生了什么？

首先，也是最重要的， 人类色素沉着变异的遗传结构的特点是，大多数变异是由少数基因座造成的。 换句话说，肤色不是单基因孟德尔遗传，但也不是像身高或智商那样的高度多基因遗传，其中变异分布在如此多的基因座上，以至于等位基因的效应大小几乎无穷小。 各个时代基因组学的小样本量和简单的方法足以捕获许多人群中分离的相对较大的效应变异。 色素基因组学的第二个主要方面是 这些路径似乎在整个过程中惊人地保守 脊椎动物。 这意味着皮毛颜色研究可以为人类遗传学提供信息，反之亦然。人类功能丧失突变的力量的一些最有趣的确认是通过在斑马鱼中诱导类似的变化而发生的！ 我认为人们可以从中得出的一个推论是 由于与现代人类相同的一组基因座周围的多态性，古代人类群体可能表现出变异.

但是，还有一个很大的问题是，尽管负责人类色素沉着变异的一组基因座是熟悉的、有限的且特征明确的，但在给定基因座内负责的特定突变却有很大差异。 因为导致色素沉着减少的衍生突变大多是功能丧失 您所需要做的就是以某种方式“破坏”功能。 因此，您可能会针对调控元件或外显子序列本身，但可能性相当多。 希瑟·诺顿 (Heather Norton) 2007 年出版的出版物， 欧洲人和东亚人轻皮肤趋同进化的遗传证据，还是比较有意义的。 由于各种原因，欧洲人的色素沉着已得到很好的阐明。 这意味着在很大程度上，西欧和南欧亚种人（以及北非人）的变异是很容易理解的，因为大多数相同的变异似乎都在发挥作用。 正如诺顿等人所指出的，这个巨大的空白与东亚人有关。 这是一个浅肤色的人群，但缺乏典型的欧洲“浅色”等位基因。

帖子的标题是“白皮肤”，而不是“白人”，因为传统的理解是东亚人不是白人。 由于历史和文化原因，该术语在世界范围内保留用于欧洲血统的人（或在较小程度上相关的民族，例如土耳其人）。

但这是最近的事态发展。 据我所知，历史上东北亚人民确实称自己为白人，与东南亚的棕色人种形成鲜明对比（类似地，远至阿富汗的西亚人民也认为自己是白人，与东南亚的棕色人种形成鲜明对比）南亚的黑人）。 此外，当欧洲人在 16 世纪第一次大量遇到东北亚人时，他们观察到日本和韩国等国家的人民的肤色是白色的。 直到19世纪欧洲人完全统治全球后，白人和欧洲人的认同才变得如此，东北亚人被归类为“有色人种”（“黄种人”这个称谓被20世纪初期的东亚知识分子所采用） ）。 但定量的经验证据和简单的目视检查都可以提醒我们，许多东北亚人的肤色和许多欧洲人一样浅，尽管从来没有像许多北欧人那么苍白。

一份新的论文 分子生物学与进化, 近代人类进化过程中趋同肤色美白的遗传机制，朝着查明与东亚人相关的功能意义上正在发生的事情迈出了重要一步。 事实上，他们正在做十年前欧洲人发生过的事情。 首先，他们通过 GWAS 发现变异，其次，他们通过分子方法和动物模型确认感兴趣的变异实际上是因果机制。 而且，他们还试图通过引入选择的签名来建立一种时间叙事。

主要发现是 特定 SNP 的变异 OCA2 造成欧亚大陆东部许多群体色素沉着差异的原因。 你要记住 OCA2，因为跨越它的区域和 HERC2 解释了欧洲人蓝色和棕色眼睛变异的模式。 苏格兰民族党， rs1800414，祖传于欧洲和非洲，却衍生于东北亚。 左边的结果来自 HGDP浏览器。 唯一的问题是我在浏览器上找不到SNP。 因此，我在自己的 HGDP 数据集上寻找特定的 SNP，但没有找到。 苏格兰民族党 is in 阿尔弗雷德，可以看到结果有些不同。 HGDP 结果（无论出于何种原因我无法复制）表明衍生等位基因在东北亚是最常见的，并且它存在于新世界。 相比之下，阿尔弗雷德图谱显示，衍生的等位基因在更南方的群体（包括华南的土著非汉族群体）中最为常见，而在新世界中则不存在。 这 1000个基因组 人口较少，但样本量较大。 日本 1000 个基因组中的等位基因频率与 Alfred 的匹配程度高于 HGDP 结果。

话虽如此， 一般的程式化事实是一致的。 衍生等位基因在欧亚大陆东部沿海地区很常见，在非洲、欧洲、西亚和南亚几乎不存在。 但令我好奇的一点是 1000个基因组数据 与其他南亚人一样，孟加拉国样本中几乎不存在该等位基因。 相反，派生的变体 雷达，用于诊断东亚或美洲印第安血统，存在于 5%频率 对于孟加拉国人来说，假设东亚人口的基因流动水平已得到证实，你会想到什么。 虽然上述研究的作者发现等位基因的效应是累加性的，但令人好奇的是，在 1000 个基因组中，日本人、中国北方人和越南人之间没有差异。 这意味着这些人群的组间差异的平均值必须是由于其他基因座的变异造成的。 事实上，土著傣族人在 1000 个基因组中具有最高的衍生等位基因频率。

最后一个需要注意的问题是 作者使用的系统发育框架可能是错误的。 本文的主要增值之处在于，它们在数据集中包含了几个南亚人群，并比较了南亚人群和汉族之间的个体表型。 由于补充信息不在网上，我不知道他们在中国包括了哪些南亚语系，但数量不多，所以可以猜测。 但主要的问题是他们假设这些 南亚语系是汉族的基础。 这可能不是真的。 相反，早期稻农可能从今天的中国本土向南迁移，导致南亚语言传播到东南亚，并向西传播到印度。 越南语和柬埔寨语是两种属于南亚语系的语言。 汇集所有基因组证据， 这些南亚人的祖先似乎有相当一部分来自更新世期间居住在东南亚的狩猎采集者的后裔，但他们的大多数祖先来自向南迁移的农民。

这些细节很重要，因为作者估计了选择在该基因座周围的时间扫描深度。 他们使用两种方法得出了 10 到 15 年之间的数字（一种方法接近 10，另一种接近 15）。 这意味着选择在全新世之前就开始了。 作者对这些结果的解释是，东亚北部群体在更新世期间从东南亚迁徙过来时经历了选择，而南亚群体是基础的，反映了祖先的状态。 正如我上面所指出的，问题在于南亚人种是东北亚人真正的基础群体（他们的少数民族血统）的复合体，而更北的其他东北亚人可能是基础群体！

一件事 欧洲八千年的自然选择 使用古代 DNA 告诉我们 混合的历史对于理解选择的具体动态很重要。 尽管基于单倍型的方法是 περίπου 正确的是，他们没有表现出进行细粒度推论所需的粒度，也没有完全预测古代 DNA 的经验告诉我们关于随时间变化的等位基因频率的信息。 例如，早期尝试推断导致高频率的选择扫描 SLC45A2 欧洲的数字略高于约 10,000 年。 但似乎这个基因座上的大量选择是在最近 5,000 多年里才发生的。

最后一点，我要指出的是 东亚大部分地区派生等位基因的中频表明，这里选择的真正目标是 不能 肤色，但却是一个显性特征。 衍生等位基因在孟加拉国人中几乎不存在的事实表明，频率的增加是最近发生的，因此并非所有东亚人群都经历过这种情况，或者，在我看来，更有可能的是，对以下特征的选择受到限制：其他遗传背景中真正感兴趣的目标。 为了解密我所说的，衍生的等位基因可能在东亚有用，但需要一些成本。 南亚人可能已经拥有另一个获得相同功能的等位基因，因此成本导致孟加拉人（约 10% 的人来自与傣族非常相似的群体）中衍生的等位基因的纯化。

应该清楚的是，本文存在一些混乱。 但这是未来事情的预兆。 有很多中国人对他们所在地区的基因组学感兴趣，古代 DNA 应该会在未来几年内开始揭开过去的面纱。

几年前我读了一本书， 爱尔兰的起源，由著名的考古学家 JP马洛里。 不幸的是，我几乎记不清这项工作，并回想起它出版得为时过早，因为考古学显然将彻底改变我们对北欧史前时代的理解，尽管当时尚无明确的结果。 相比之下，我更清楚地回忆起爱尔兰历史小说作家的小说 摩根·勒维林（Morgan Llwelyn）我二十多年前读过的 红科，重述了 库丘莱恩及 芬·麦克·酷（Finn Mac Cool），一个半传奇英雄的故事。 库库莱恩（CúChulainn）是一个神话人物，类似于印欧战士的精巧原型，他们不可避免地走向悲惨的结局。 我将Fionn mac Cumhaill称为半传奇人物，是因为他的名义后裔与“九名人质”的尼尔（Niall）的生活相交。

尽管CúChulainn和Fionn mac Cumhaill的生活都呈现出不同的命运，尽管他们都遭受了悲惨的命运，CúChulainn遭受了猛烈的死亡，而Fionn mac Cumhaill则在某些诽谤中。 CúChulainn是一个更加神奇的人物，他似乎出生于一个 神 还有盖尔贵族的女儿。 Llwelyn与多数但非排他性传统保持一致，将他形容为青铜时代的Gael战士，体型矮小，没有胡须，非常黑头发，在身体上是非典型的。 在战斗中，他变成了怪物。 他是同龄人中的超人。 相比之下，芬恩·麦克·库默厄尔（Fionn mac Cumhaill）是金发，而被盖尔（Gaels）征服的人民的接穗 布尔伯格。 他的权力提升主要是通过他的机智来提升。 菲安娜 民兵，与他的武术一样多，尽管他有血统而不是因为它。 Fionn mac Cumhaill也许是古代爱尔兰的蝙蝠侠，尽管外表却是个黑暗英雄。

正如诺曼·戴维斯（Norman Davies）在XNUMX年所观察到的，丰富的神话语料使爱尔兰人与英国人截然不同。 群岛。 爱尔兰不需要JRR Tolkien来创建自己的史诗般的循环， 它总是有一个。 不是因为一个人的远见，例如 斯诺里·斯特鲁森，但是爱尔兰经历了独特的有机和渐进式转变，成为基督教国家，当地精英和次精英被有机地纳入了新宗教，而新宗教缺乏清晰的铜绿。 罗曼尼塔斯 它发生在其他地方。 Fionn mac Cumhaill和CúChulainn的生活处于后来的周期中，它们借鉴了由世界事件形成的世界。 勒博·加巴拉·埃伦（LeborGabálaÉrenn），《入侵之书》。 它像中世纪的《入侵之书》（Beowulf）一样在中世纪时期进行了编排，对基督教和罗马历史之前的世界进行了交织，并清楚地了解了其在基督教和古典史学中的地位。 正如维基百科所建议的那样，几乎可以肯定，编写和创建《入侵书》的动机是使爱尔兰人拥有希腊人和希伯来人等人的悠久历史。

但是，这种结构并不是由整个布料制成的。 相反，他们将现存的民间传说和传说融合在一起，并试图创建一个连贯的整体。 为了创建他的传奇馆，托尔金倾注了欧洲北部绝大部分传说。 即使是 贝里安兰德 概述了西北欧。 口头社会可以保留数千年的细节。 道格·琼斯指出 当地印第安人 在西北太平洋地区有关于泰山爆炸的文化记忆。 8,000年前的Mazama，导致了Crater Lake的创建。 尽管我们不需要从字面上理解入侵书和基督教前爱尔兰的传说，但我们也不应将它们视为没有任何历史内容的小说。 问题在于，除了考古学和神话之外，我们还需要其他探索史前史的途径。

遗传学提供了这一点。 今天在 PNAS 掉了， 新石器时代和青铜时代移民到爱尔兰并建立了孤立的大西洋基因组，这使有关史前爱尔兰的定居变得非常具体。 如果你读 来自草原的大规模迁徙是欧洲印欧语系的起源 和 青铜时代欧亚大陆的人口基因组学 ，一般结果将不足为奇，并且已在PCA中进行了说明。 这是摘要：

近代欧洲是由史前的两次事件所塑造的，即农业的出现和后来的冶金学。 这些创新不仅带来了巨大的文化变革，而且在非洲大陆的某些地区也带来了遗传结构的变化。 这些过渡影响该大陆西北边缘的爱尔兰和不列颠群岛的方式仍然是争论的话题。 来自爱尔兰的第一个古代完整基因组，包括两个高覆盖率的基因组， 证明了大规模的遗传转移伴随着这两个转变。 我们还观察到现代爱尔兰人口与青铜时代个体之间存在连续性的强烈信号，其中之一是C282Y血色素沉着病突变的携带者，而CXNUMXY血色素沉着突变在当今爱尔兰的发生率最高。

本文是开放获取的。 您应该阅读它。 和补品。

从广义上讲，爱尔兰是北欧大部分地区的样板。 首先是狩猎采集者。 这 中石器时代 几乎可以肯定，这些人是同一批人的一部分，在更新世期间，这些人迅速从欧洲南部边缘的避难所中扩展出来。 Hunter-gatherer基因组倾向于表现出种群数量低的迹象，并且是同质的。

其次，有来自安纳托利亚的新石器时代农民。 当今最适合该群体的现代人群是撒丁岛。 在中欧，他们开始于 LBK，而在欧洲西南部， 心脏文化。 像狩猎者和采集者一样，这组文化从安纳托利亚西部的共同来源辐射而来，在遗传上是同质的，几乎没有群体间的差异。 但是，与狩猎采集者不同，它们的人口规模很大。 这些人在不同地区和不同时间吸收了局部猎人-采集器底物的元素。 他们与欧洲狩猎采集者之间的遗传距离非常远，就变异而言，最初的定居点与现代中国人和北欧人一样遥远。 另外，它们在外观上在物理上是截然不同的。 狩猎采集者是等位基因的主要携带者，今天这些人与皮肤黝黑的人密切相关，但欧洲人眼球周围的突变与眼睛颜色的变化有关。 令人难以理解的是，狩猎采集者的眼睛可能会苍白的面对非常黑暗的面孔。 农民的眼睛是黑的，但他们的皮肤肯定要轻得多。

最后，您有第三组，它是在铜器时代到达北欧的， 有线洁具 文化，也称为“战斧”文化，距今4,500到5,000年前。 在这里，他们似乎使新石器时代的农民团体不知所措，后者早些时候已经使狩猎者和采集者不堪重负。 从基因上讲，有线商品由三类人组成，一个与欧洲的狩猎采集者有很深的渊源，另一个与高加索地区的人有渊源，最后是古代西伯利亚人的基因印记。 到该组织开始向欧洲半岛和海上扩张时，它已经吸收了当地的遗传底物。 在爱尔兰，新石器时代文化以 巨石大厦 似乎沿着欧洲大西洋边缘蔓延的多种文化。 随着这一切的到来而停止了 贝尔烧杯 大约4,500年前的文化

两个基因组的合理覆盖率是10倍。 这可能不是“医学级”，但是对于总体基因组学来说，这是相当不错的（尽管我注意到他们没有运行 台积电，我认为通常需要更多的报道）。 一个人是一位来自农民文化的女性，死于大约5,000年前，另一位是男性，死于大约4,000年前。 上面的PCA清楚地表明，女性农民与其他欧洲早期农民（EEF）的位置非常接近，而男性（伴随着类似出身的同盟国覆盖率较低）则在青铜时代的北欧人中间大打出手。 上面的混合图证实了这些发现。

但是有一些皱纹。 PCA，Admixture以及f和D统计量清楚地表明，爱尔兰新石器时代女性比早期的LBK样本拥有更多的狩猎和采集血统。 其次，爱尔兰青铜时代的男性具有与早期欧洲成帧者有关的血统。 在某一时刻，他们估计新石器时代女性的狩猎采集者血统约为40％。 对他们而言，这证明了农业到达爱尔兰是人口问题，而不是文化传播问题。 这与我们在其他地方看到的一致。 从猎人到农民的过渡似乎伴随着整个欧洲人口的严重破裂。 从早期的工作中可以推断出，爱尔兰人的植物学特征是在青铜时代大致确定的。.

试图进行更精确分析的主要问题之一似乎是 在现代欧洲人的祖辈中做出贡献的三个基本族群在基因上在内部具有相当的同质性。 就是说，欧洲的狩猎者和采集者之间存在某种结构，但并非由于混合因素（例如，东欧的狩猎者和采集者明显与北欧亚群体混在一起）而产生的结构是微妙的，这可能是由于一个小的创始者群体的迅速扩张所致。冰河时代之后。 另外两个部分的有效种群较大，但是它们也经历了快速扩张，在某些情况下（例如，沿北欧平原）几乎各向同性，因此没有时间来积累内部结构，这并不是由于与局部基质的混合。

但是可以通过各种技术做出一些推断，有关详细信息，请阅读补充说明。 新石器时代的女性似乎是Cardial而非欧洲早期农民LBK的后裔。 就是说，爱尔兰新石器时代与大西洋沿岸相连，与巴里·昆利夫（Barry Cunliffe）的观点一致。 面对海洋。 其次，新石器时代女性中过多的狩猎采集者血统比起中欧或东欧，与卢森堡的Loschbour狩猎采集者表现出更大的亲和力。 Ť 他表示与西班牙的情况一样，随着时间的流逝，当地的狩猎者和采集者之间发生了混合。 在墨西哥，土著人口结构 仍然存在 在混合的地区混血儿群体中。 如果上述结果成立，那么在欧洲也可能是同样的情况（在补充资料中，您会看到大量证据表明，类似洛什堡的人口对当代西欧人的血统的贡献要大于东欧，后者可能拥有更多的猎人与采集者血统。 ）。

自然，这使人们想知道，欧洲早期农民在青铜时代爱尔兰人的血统中是否与新石器时代的农民来自同一群体。 令人惊讶的是，没有任何有力的掺混迹象！ 相反，欧洲大陆上有更好的捐助者候选人。 当时，最简约的解释是贝尔烧杯与早期的欧洲农民混合在一起，然后滚过爱尔兰的巨石建造者的后代。 但是，由于人口数量有限，因此对这种结论的信心很弱，应该谨慎对待从一些样本中得出的太多推论（尽管现代爱尔兰人实际上是青铜时代爱尔兰人的体面代表）。 这里更广泛的一点是，尽管在任何给定的目标群体中都有三大人口聚集在一起，但是我们没有对这三个来源人口的所有构成人口进行很好的抽样，也没有很好地把握这三个来源人口的内部子结构之所以进行分组，部分原因是由于最近的人口膨胀，结构本身很少。

不管细节如何， 在爱尔兰史前时期，不同民族之间的互动截然不同，这一事实应使我们重新考虑从民俗和口述历史中拼凑出来的传说的真实性（或被驳回）。 新石器时代的爱尔兰女性可能具有类似于现代南欧人的肤色（她是纯净的，两者都是 SLC24A5 和 SLC45A2，因此她很可能是黑发白色，而不是橄榄色或棕褐色）。 但是她和她的后代与贝尔·比克（Bell Beaker）人民的面貌可能更暗，身体上也有所不同，他们正朝着真正成为“公平而令人愉快。” 然而，似乎很可能的是，在新石器时代到来的时候，仍然有一些遗迹狩猎者和采集者在偏僻的地方坚持下来，不适合农业发展。 他们看上去确实有很大的不同。 当他人的天性不同时，更容易实现非人性化。

在青铜时代的迈锡尼前辈的伟大王国沦陷后的几个世纪中，希腊人将这一时期的建筑称为 独眼巨人，仿佛只有神话中的生物可以创造出这样的建筑。 然而，希腊人知道迈锡尼人是他们的祖先，并且这两个族群拥有共同的语言和更广泛的文化！ 口述历史可以保留记忆； 特洛伊是真实的，并且是希腊世界边缘的一部分。 但这也会扭曲和混淆。 昔日的男人成为传奇，巨人，怪兽。 贝尔烧杯到达爱尔兰之后，巨石建造者的文明正在崩溃，这是由于外来的冲击（贝尔烧杯！）和内生力量引起的。 在随后的几个世纪中，也许童话族人已经撤回了自己的世界，随着他们逐渐淡入神话和传说中，他们的粗糙但气势恢宏的建筑证明了他们在古时的力量。 也许是Luath的儿子CúChulainn（他是Tuatha de Danann）在回忆着一个男人的成熟，这个男人将老人们的血液与新人融合在一起，其黑暗特征无处不在。证明种族遗产在土地上逐渐消失的种族？

当然，这只是猜测，但不再没有根据。 关于织锦的轮廓，欧洲和古代DNA书籍即将结束。 我们正处于充实细节的阶段，学者们需要真正地成为跨学科的研究者，并与语言，考古学和民俗学相结合的是哪些基因在告诉我们有关人口统计学的信息。 综合可能是最接近我们得到的时间机器。

人类基因组 散布着来自不同血统的许多基因。 就是说，任何给定的人类都具有不同的宗族，这些宗族与我们祖先的主要人口统计学要素有很大的出入，后者与大约200,000年前蓬勃发展的非洲人口不同，在非非洲人中，东北非洲的人口大约为50,000。几年前。 非非洲人的尼安德特人血统约占2％，与我们基因组其余部分的基因组其余部分相距约500,000年前。 相似的时间跨度将我们与大洋洲的Denisovan血统分开，在较小程度上与东南亚的岛屿隔绝，而在东亚和南亚之间则更少。 由于缺乏古代基因组，因此很难为非洲人口做出这种明确的推论，但仍有 暗示性线索 分歧的宗族也为Khoe-San和Pygmy以及其他非洲人民做出了贡献。

尽管最初的尼安德特人混合剂结果倾向于将其重点放在祖先的意义上，而不是发挥作用，但最近的一系列工作表明，现代血统中的古朴混合物 可能是适应性的。 但是在某个时候，我们需要超越基因组范围的评估， 看看特定的基因。 以此为依据，是拉斯穆斯·尼尔森（Rasmus Nielsen）小组的预印本， 古代适应性渗入 TBX15/战争2。 这与他们的论文有关 格陵兰因纽特人改编 对他们的环境。 他们在这里报告的是 格陵兰人，以及更广泛的欧亚人，都表现出携带来自Denisovans或与Denisovan相关的种群的渐渗单倍型的证据。*上面的图显示了与渗入的单倍型密切相关的等位基因的分布。 您会看到撒哈拉以南非洲不存在，固定在格陵兰，在新大陆出现的频率很高（在美洲印第安人附近是固定的），在东亚的出现频率中等，而在欧亚大陆的出现频率较低。 单倍型包含两个基因， TBX15 和 战争2。 这些基因是做什么的？ 很多东西：

TBX15/战争2 该区域是高度多效性的：已发现与多种性状有关。 这些包括脂肪组织的分化，体内脂肪分布……面部形态……身材……耳朵形态……头发色素沉着……以及骨骼发育……有趣的是，对于一些人体脂肪分布研究，渗入的SNPs在基因组范围内具有显着的关联。 校正BMI后，Denisovan等位基因倾向于增加腰围和腰臀比。

他们竭尽全力确定这是否是单倍型，以及它与我们手头的基因组（尼安德特人，现代人类和丹尼索瓦人）有关。 从广义上讲，他们说服它是渗透性的，而不是来自非洲的深层结构。 而且，他们很好地证明了这种单倍型所源自的人群更接近Denisovans，而不是尼安德特人。 摘要确实在上面的单倍型网络中。 在右下角，您会看到一组常见的人类单倍型。 然后，您会看到尼安德特人的单体型，然后沿着Denisovan单体型进一步。 最后，您将看到一簇渐渗的单倍型。 首先，请记住，尚不确定捐赠者是Denisovan。 第二，自等位基因在人群之间移动以来，已经产生了突变。

在格陵兰岛横扫固定的功能性原因似乎很明显。 它与脂肪沉积的性质有关，而GWAS则与对BMI和身体形态的影响相关，并且在美洲印第安人和北极人群中共同高频率出现。 筛子极有可能出现在气候条件极端恶劣的白令地区，需要进行各种适应措施。 作者明确地说。 关于机制，有人建议发挥调节作用和表观遗传作用。 就Denisovan变体如何影响遗传结果的大小而言，表达差异似乎很明显。 但是表观遗传方面令我非常困惑。 部分原因似乎是作者自己在试图弄清楚结果（跳转到“ DMR”），但我希望它们至少可以扩展，因为在细节方面缺乏清晰性（我有一个在表观遗传学上进行研究的一位朋友读了该部分，他们发现它有点不清楚，因此他们不想评估它是否有意义，因此我对自己的困惑感到更好）。

有了所有这些内容，让我们开始探讨可以达成共识的问题的症结所在。 通过仿真，作者确实确定，仅由于漂移，在所有这些人群中频率的增加都不太可能增加。 那就是机会。 然后，替代方案是选择增加了该单倍型和各种功能等位基因的频率。 对于美洲印第安人，您会看到它已经接近注视。 甲基化模式的性质有一个隐性方面，它与基因表达有关，因此这可能为我们提供了一个线索，说明为什么该变体在格陵兰岛以及在未混合的美洲印第安人中几乎都被固定。 如果偏爱的性格表现是隐性的，那么将最后一步从〜90％（其中将近20％的人口会产生不利的变体）到〜99％（只有〜2％）是有意义的。

但是在旧世界人口中发生了什么？ 据我所知，没有证据表明在欧亚西部人口中存在Denisovan混合，但是您可以在其中找到这些“ Denisovan”等位基因。 最简单的解释 是单倍型是从另一个古种群衍生而来的，与丹尼索瓦人位于同一部落，尼安德特人作为外来者，居住在更西端。 实际上，看一下渐渗单倍型的结构。 美国印第安人的分支分歧最大，而欧亚大陆的西部和南部则代表最接近Denisovans的单体型。 对我来说，这暗示着一个更早的混合事件，离非洲出发点越来越近。 随着现代人向东移动，这种渐进的单倍型产生了连续的瓶颈效应。

第二种可能性是该等位基因可能来自Denisovans，因此受到好评，即使少量的东亚欧亚混合体未在总的全基因组混合体中显示出来，也有一些拷贝足以使其在外界普遍流行该区域。 这就是帖子的标题：一个人可以在选定的变异体之间建立一个多区域系统，这些变异体跨越相互连接的demes，这超越了demes之间的迁移率太低而无法对总基因组含量做出重大贡献的事实。 这可以解释 东亚的存在 雷达 例如在Motala样品中。

最后，我认为必须考虑到该基因座选择目标随时间和空间变化的可能性很大。 这种古老的等位基因向非非洲人渗入是一个古老的事件，但似乎并没有固定在白令流散国以外的任何人群中。 为什么？ 可能存在持续的平衡效应，可能是频率依赖性，甚至是过度主导（在大多数情况下，我倾向于不考虑最后一种，但东亚的比例非常接近50％）。 在东亚沿海地区，该频率处于中等范围，而在欧亚大陆的西部和南部，它们的出现频率较低，尽管南亚的频率低于某些欧洲群体。 这很有趣，因为当涉及到等位基因时， 不能 根据选择，南亚人与东欧亚人有更多的血统，并且您通常会看到一种模式，他们在两者之间处于一个位置（例如，在尼安德特人混合体中就是这种情况，东亚人最多，欧洲人最少，与南亚人之间）。

从现在到2025年，将会有很多研究和发布。这些作者已经确定他们发现了一个渐渗的变体，但是它的分布范围太广，无法提供整洁的解决方案， EPAS1 在藏族中有。

*我的父亲和兄弟携带一本渐渗单倍型。

一个朋友给我发了一个链接到这个长片 “新共和”, 反正是什么物种？。 它的副标题是“对红狼起源的探索使科学家们有了关于进化实际上是如何工作的新理论。” 这是错误的。 实际上， 文章本身承认这里没有革命性的东西。 您只需要走到下半部分，与耸人听闻的事实相反，真理就摆在了前面和中间。 许多类型的生物学家对物种是什么都有不同的看法。 通常情况下，他们会受到学科重点的划分； 系统进化论者与进化遗传学家具有不同的优先级。 我的朋友约翰·威尔金斯（John Wilkins）从上到下写了一本书， 物种：思想史。 约翰是科学哲学家，所以他有一个精确的定义。 工作的生物学家通常不太清楚，这就是重点。 在 形态这本由两位进化遗传学家合写的书（您应该阅读！），作者坦率地说，他们对物种的理解是 纯粹是工具性的。 也就是说，他们的最终目标是什么，物种概念为我们带来了什么？ 这 生物物种概念对许多物种来说，它是最理想的哺乳动物。 但是与大多数生命树的关系不大，甚至在哺乳动物中，它也不是绝对的，而只是一个经验法则。

鲍勃·韦恩 几乎可以肯定的是， 红狼 是一阶近似的稳定混合。 他拥有我所知的犬科动物中最好的基因组，而他的 48,000项研究具有说服力 任何状况之下。 主要问题不是科学，而是政治。 联邦政府需要针对《濒危物种法案》制定一套清晰明确的标准，但是 物种并不是一个真正清晰明确的概念。

最终，问题必须是 重点是什么？ 这就是生物学家真正弄清楚要使用哪种物种概念的方式。 摆在我面前的卡片让我感到震惊的是，一个更加诚实和有用的最终目标是专注于生态物种的概念。 这样一来，政府官僚就不会沦落到关于“遗传纯净”的争论。 我说这是遗传学家！