点击放大

阅读本文很明显，仅合并样本是一项巨大的壮举。 而且不仅仅是样本量，他们的人口覆盖率也很高（267）。 正如迪涅克斯所观察到的 微卫星有些“复古”，但请尝试使用整个基因组甚至SNP进行此类种群覆盖。 您可以达到N> 5,000，但是使用SNP时，重叠标记会开始迅速下降，直至达到 远不及 比此数量的微卫星提供更多信息。 Dienekes非常喜欢左侧的树，并且我上传了其中的一个较大版本以供您欣赏（如果您的浏览器将其缩小，则只需放大即可）。

但是上面的树在某种程度上说明了这种分析的局限性。 与其进行分析，不如进行分析，它实际上是更有用的数据集，您必须对其进行切片和切块，然后在更细的粒度上进行探索。 将所有样本汇总在一起，将大大减少信息量和难以理解的程度。 在创建大型数据集的聚合中，这已经很明显了，因为他们必须修剪非常大的子种群，这样才不会使结果不堪重负。 即使那样，对于熟悉数据的人来说，显而易见的问题也会浮出水面，尽管对于那些肤浅的阅读者而言，问题可能并不清楚。 南亚人中的古吉拉特语数据集在二维可视化图中与所有其他人群分开。 这是经常发生的事情，因为看起来古吉拉特人是从非常特殊的种姓中取样的，这增加了该地区种族的感知亲和力。 同样，合并所有人口并在二维图上表示它们，更是一种审美宣言，而不是内容丰富的可视化。 您必须括号内的人口才能看到增值结构。 最后，即使是粗略的观察也需要谨慎进行。 罗森伯格的实验室近十年来一直在说明埃塞俄比亚遗传多样性的衰退。 这是一个经典的结果，显示在研究生水平的人口遗传学课程中。 但是人类学和 遗传基因 告诉我们，埃塞俄比亚人是撒哈拉以南非洲人的复合人口 和 欧亚亲和力。 可以期望大多数读者知道这一点，但是如果有些人只是简单地将一般情节作为面值并将其洞察力应用于所有人群，就好像他们确实受到一系列创始人的影响一样，我不会感到惊讶（我的观点是埃塞俄比亚人是由于向后迁徙而合成的产物，遗传多样性的下降说明了从非洲迁出的普遍迁徙的逆转）。

总的来说，我发现这篇有趣的论文为理解人类遗传变异的背景打下了基础。 我要提供的唯一的最后警告是，微卫星是基因组的非典型区域，它们以中性方式快速进化。 这使它们非常适合于查明人口差异并从有限的标记集推断历史。 但是我认为人们应该对特定的新颖结果持谨慎态度，当我们拥有高密度SNP数据时，不要将其视为权威。

请注意： 他们已经 发布数据。 如果读者想对这些数据做与本文不同的事情， 树混合 可以处理微卫星。 另外，向他们发布该道具的道具 创用CC.

引文： Pemberton，Trevor J.，Michael DeGiorgio和Noah A. Rosenberg。 “关于人类微卫星变异的全面基因组数据集中的人口结构。” G3：基因| 基因组| 遗传学3.5（2013）：891-907。

信用： 理查德·惠勒

注意这里 关于DNA我还没说一句话。 这是因为40年前，人们才知道DNA是遗传遗传的基础，科学家通过孟德尔过程对遗传的本质有了很好的了解。 从根本上说，该基因是一个抽象单元，是一种经过操作的分析元件，使我们可以清晰地跟踪和预测各代人的变异模式。 碰巧的是，该基因通过生物分子DNA的序列在物质上被实例化。 这个非常重要。 因为我们知道现代遗传学的物质基础，所以它是一门比经济学更基础的科学（经济学仍然陷入“生物时代”！）。

“后基因组时代”基于对DNA序列和结构形式的遗传学物质基础的工业规模分析。 但是，我们不应该将DNA，具体的基础与经典的孟德尔主义混为一谈。 对材料和混凝土的关注不仅限于遗传学。 在2000年代中期，认知神经科学功能磁共振成像研究风靡一时，被认为比经典的认知科学对“思维方式”的理解更具科学性和说服力。 由于严重的方法问题，在功能磁共振成像“科学”衰退之后，我们只能依靠不太性感的心理抽象，这些抽象可能不只是简单地归结为物质理解，而是具有提供信息的可赎回质量。 。

这使我进入了有关大规模队列中与教育相关的SNP的最新论文， 126,559人的GWAS识别与教育程度相关的遗传变异。 您还应该阅读随附的 常见问题。 最重要的是，作者令人信服地确定了三个SNP，以解释其庞大数据集中受教育程度变化的0.02％。 通过关联将所有SNP合并在一起，可以得到解释的〜2％的变异。 这并不特别令人惊讶。 几年前，这篇论文的一位作者写道 报道最多的具有一般智力的遗传协会可能是假阳性。 那些与 更长的记忆 在2000年代初期，人类遗传学领域的一位科学家曾警告过我这个问题。 2007年，越来越多精通统计的朋友开始警告我。那时我开始告诫那些认为基因组学会揭示导致智力正常变异的变异的人，因为似乎我们可能需要等待比实际更长的时间我曾预料到。 正如上述论文中所建议的那样，以前的工作强烈暗示了这一点。 智力的遗传结构是一种特征，其正常范围内性状的变异受种群中无数个影响较小的等位基因控制。 否则，经典的遗传技术可能已经能够更加确定地检测基因座的数量。 如果你读 人口遗传学 您会注意到，事实上，遗传学家确实使用经典的杂交技术和谱系来汇聚大约正确数量的基因座，以解释60年前欧洲和非洲色素沉着的差异！

有 我的朋友们 人们一直在争辩说，这里的小效应大小证实了这种观点，即智力差异主要是环境的影响。 这是一个复杂的问题，首先我想将讨论限制在发达的西方国家。 具有讽刺意味的是 智力是最重要的 遗传 其中最特权的。 遗传性是指基因控制的性状变异的组成部分。 当您消除环境变异（即剥夺）时，就会留下遗传变异。 在家庭内部，兄弟姐妹之间的智商差异很大。 相关性约为0.5。 还不错，但是还不算高。 当然，有些人可能会认为我现在要谈论双胞胎研究。 一点也不！ 虽然与似乎喜欢从事渎职行为的科学记者相反 板岩的布莱恩·帕尔默（Brian Palmer） 似乎认为经典技术已在很大程度上得到了基因组学的验证，这是通过观察 无关的个人 已经确定了一些最有说服力的情报遗传力证据。 上述研究的主要作者之一也是上一个链接的作者，这并非巧合。 即使人们可以自信地认识到评估一个性状变异的具体物质位点的困难也没有矛盾。 推断 该协会。 DNA之前有遗传学。 即使没有特定的SNP，也具有遗传力。

另外，我想向变化的“环境”部分添加一个警告。 由于技术原因，该环境成分实际上可能包括相对固定的生物学变量。 我想到了基因与基因的相互作用或发展的随机性。 尽管很难或不可能从父母与后代的关系中进行预测，但它们并不像从贫困儿童的环境中去除铅那样简单。 我自己的猜想是，全兄弟姐妹之间智力的巨大差异告诉我们很多有关“环境”变异的难于控制和引导的性质。

最后，我想指出 即使是很小的效应位点也不是小事。 作者在常见问题解答中提到了这一点，但我想更清楚一点， 遗传效应小并不妨碍药物开发:

考虑一下胆固醇水平这样的特征。 已经对该特性进行了大规模的全基因组关联研究，识别出大量的基因座，效果不大。 这些基因座之一是HMGCR，其编码为 HMG-CoA还原酶，是胆固醇合成中的重要分子。 鉴定出的等位基因使胆固醇水平提高了0.1个标准差，这意味着基因检测基本上没有能力预测胆固醇水平。 按照《新闻周刊》的逻辑，任何针对HMGCR的药物都没有机会成为重磅炸弹。

任何医生都知道我要怎么做：目前世界上最畅销的药物之一是 他汀类药物抑制HMGCR（的基因产物）的活性。 当然，他汀类药物已经被发明出来，所以这是一个令人毛骨悚然的例子，但是我的猜测是，在整个全基因组关联研究数据中还有数十个这样的例子正在等待发现。 找出哪些GWAS命中目标有望成为药物目标，将需要时间，精力和很多运气。 我认为，这是Decode的主要课程（这并不是一个令人惊讶的课程）–药物开发真的很难

附录： 我的大多数朋友都具有生物学的本科背景，并且拥有一定的定量遗传学，似乎猜测智商的遗传力为0.0到0.20。 这太低了。 但是知道这一点甚至重要吗？ 我碰巧认为，评估配偶的前景时，准确地了解遗传遗传可能很有用……。

引文： Rietveld，Cornelius A.等。 “ GWAS 126,559个人识别出与教育程度相关的遗传变异。” 科学（纽约，纽约）（2013）。

结果中的许多新颖见解始于他们观察到的一个独特的“拉丁美洲”人口遗传集群，在加勒比海人口中与欧洲有着很强的亲和力。 这在他们的ADMIXTURE分析中清晰可见。 他们所做的是汇集各种人口，并运行一种方法，将每个人的祖先分解为K个祖先人口的组合。 如果合并的人口是清晰且截然不同的，则结果将是清晰而截然不同的。 例如，如果您有50个芬兰人和50个尼日利亚人并将其合并，并以K = 2运行ADMIXTURE，则SNP的数量很少（10,000个绰绰有余），所有芬兰人和尼日利亚人将分为两个不同的祖先这些人口根据这些基于模型的聚类。 但是，必须始终记住，尽管这些方法可以映射到现实中，并让我们对数据集内的变化有所了解， K本身是人工构造。 因此，例如，已知HGDP玛雅人种群具有不平凡的欧洲基因流。 如果您使用这种玛雅人作为“美国原住民”参考，那么您将低估混合人群中的原住民血统，因为您的参考原住民已经偏向欧洲人（如果您没有适当的选择，这显然是一个主要问题。参考，因为它已灭绝，例如与Taino一起灭绝）。

有了这些警告性的初步建议，这些结果又如何了？ 如您所见，许多加勒比人口是各个大陆“父母”人口的直接组合。 这在K = 3时很明显，其中绿色=非洲，红色=欧洲，蓝色=本地（请注意，正如我所说，玛雅人具有一定的欧洲血统）。 通过查看种群内的个体差异，您已经可以获得有关混合物性质的一些见解。 在墨西哥，欧洲人与本地人的比例范围很广，尽管在此数据集中没有“纯粹”的人。 此外，整个人口中非洲血统的数量很少，但相对均匀。 尽管非洲人的意识不是现代墨西哥民族认同的主要内容，但非洲血统的人却是西班牙殖民事业的重要组成部分（请参见 帝国：西班牙如何成为世界强国，1492-1763年）。 在某些地区，例如韦拉克鲁斯（Veracruz），仍然有明显的非洲血统的人，但在墨西哥的许多地方，这些人已婚，其身体特征被稀释到看不见的地步。

加勒比海沿岸的局势更为复杂。 在这些情况下，被埋没的是土著而不是非洲的祖先。 基因组学已经“重新发现”了这一祖先，在某种程度上，许多学者此前一直怀疑现代波多黎各人和多米尼加人继承了塔伊诺人祖先的很大一部分的可能性。 在波多黎各和多米尼加共和国，有关的问题是非洲和欧洲血统的比例很大，其中古巴是这种现象的最极端例子。 特别是在古巴发生的事情是，从西班牙移民的浪潮较晚，因此一些现代白古巴人受掺混物的影响要比其他加勒比海地区少得多（请记住，直到1898年古巴还是西班牙的一部分）。 在海地，情况发生了逆转，在18世纪末和19世纪初的革命中有种族色彩，白人被驱逐（只剩下一小部分混血阶级）。

但是，事情真的变得有趣的是K = 8。 黑色成分是欧洲伊比利亚式元素，与拉丁美洲人（包括玛雅人）不同。 正如您在此PCA上看到的那样，拉丁裔元素与伊比利亚人口有关，因为他们从加勒比海人口中占据了欧洲部分，并利用它们来充实祖先的分布。 有几种解释方法。 二烯 他认为这可能只是几百年前伊比利亚原始人口的一个功能，与当代人口有所不同。 例如，与其他新世界表亲相比，当代西班牙人显然比其他> 1600的欧洲人更容易受到基因流的影响。 另一个可能性是，从西班牙的某个特定区域进行了极端采样，而这种采样是如何作为其自己的集群分解出来的。 例如，我知道有不成比例的移民来自安达卢西亚和Extramadura。 但是这里的模式并没有向我暗示这种可能性（黑点应该更偏南了，我想如果它们来自那两个省）。

相反，他们似乎赞成的解释是，由于瓶颈，该元素已偏离祖先群体。 这在人种学上是不可行的； 西班牙殖民实验的早期特征是 事实上的 一夫多妻制。 许多冒险家的生活与18世纪后期东印度公司的白人大公们的生活一样。 有人认为，这一普遍存在的普通法一夫多妻制时期已经影响了这样的事实，即传统上非婚生子女是非婚生子女。 在拉丁美洲非常普遍。 作者偏爱瓶颈模型的原因之一是，拉丁裔元素与伊比利亚元素之间的遗传距离相当高。 在漂移/瓶颈使等位基因频率特别迅速地偏离的情况下，这通常很常见。 不仅如此，在拉丁美洲的海洋中，这种趋势最为明显，与许多庞大而庞大的大陆特许经营权相比，许多拉美岛屿的后续移民相对较少。

23andMe祖先分解给1/4亚洲人的朋友

作者探索人口历史的另一种方式是查看 祖先的长度分布。 这是如何工作的很简单。 第一代杂种的每个亲代的祖先长度都不会中断，但随后的一代将开始发生碎片化，因为重组会通过后代将长的相同的长块分开。 您可以在左侧的图中看到这一点，由于减数分裂重组事件，我的一位亚洲祖父母的朋友在欧洲和亚洲血统之间交替出现。 从混合开始的时间越长，随着重组将长块切开并重组祖先成分，块将变得越来越小。 通过查看长度的分布和长度的混合，作者可以构建人口的人口历史。 简而言之，似乎许多欧洲血统都很快出现了，但很早就定居了。。 这与这一时期由于一夫多妻制所证实的欧洲男性的高生殖产量保持一致。

对非洲血统执行了相同的方法，作者发现了一个有趣的结果。 似乎在早期，大多数加勒比黑奴来自撒哈拉以南非洲的最西端，从塞内加尔河到现代加纳。 从贝宁湾（Benin Bight）到赤道（Equator），在较长的土地上后来显示出与东部人口的亲和力。 我不十分了解奴隶制的历史，无法证实或否认这一发现的现实，但它说明了基因组学与广泛的采样策略相结合的力量。 更相关的是，我怀疑基因组学的作用是将幅度分配给已知的动力学。

最后，作者还推断出加勒比海人口中本地混合物的各种关系。 他们证实了一些证据表明，从南到北迁移到中美洲和加勒比海地区，并且还证实了从现在到现在之间的特定的民族语言联系。 事实上的 灭绝的加勒比人口和南美洲大陆。 这些结果中的一些早已被提出，但是缺乏历史文献使得推论难以理解。 基因组学无法解决这些争论，但它们为我们提供了启示。

总体而言，这是一个有趣的研究，因为我认为这是对基因组学将要使用的历史人口统计问题的测试。 长期以来，许多生态学家和系统进化论者都拥有“遗传学作为工具”的思想流派，现在您将拥有一个“基因组学作为工具”，与许多其他领域的人们并肩而立。 加勒比和拉丁美洲的人口是垂头丧气的果实，因为西班牙和葡萄牙的殖民实验得到了充分的证明，并且来源人口非常不同（因此很容易从噪声中挑选出信号）。 但是，在同一时期，还有其他一些历史问题也很有趣。 在 阿尔比恩的种子 大卫·哈克特·费舍尔（David Hackett Fisher）描述了四种有助于美化这个国家文化的英裔美国人的风俗习惯。 这些， 20,000-1620年间，约有1640名清教徒抵达 并在700,000年成为约1970的祖先。尽管20,000并不是一个瓶颈（实际上，他们来自英格兰的不同地区），但我很好奇这些人是否仍然可以辨别为“ Old Americans”的一部分基因组数据。 这只是在不久的将来可以解决的众多可能问题之一。

目的是为了加深对疾病发作性质的了解，并可能更有效地针对个人风险。 在图中的上方，您可以看到两种有趣的模式：2型糖尿病等位基因的风险与血统的关系以及与XNUMX型糖尿病等位基因的风险有关。 从头 突变或独立的选择性事件。 系统发育树代表了从HGDP中的> 600,0000个SNP推断出的真实关系 数据集。 风险等位基因是从文献中剔除的，并针对个人和人群进行了计算。 然后将实际人口风险与在这种特殊的系统树和正常的遗传随机漂移过程中可能发生的风险模型进行比较（请参阅 方法 有关血腥的细节！）。 您所看到的是系统发育关系（非洲人口转向更高的风险）和独立事件（皮马印第安人转向更高的风险），其中糖尿病的风险更高（红色转向）。

这种分析有各种各样的缺点。 作者受到研究中风险等位基因的限制，这肯定远没有彻底或详尽。 此外，在某些地区，他们的人口覆盖率很薄，导致在特定情况下甚至无法从其模型中榨取权力的能力也有所下降。 但让您大吃一惊的是，从高度多基因疾病（如2型糖尿病）中的风险等位基因推断出的模式甚至无法追踪您在现实世界中看到的情况。 许多南亚团体有 非常 2型糖尿病的高风险。 碰巧这些人群不在HGDP样本中。 实际上，有两位流行病学家提出了相当有见地的批评 在本文的评论中。 他们提出了许多在细节上浮现在脑海的要点。 但是他们以一种让我大吃一惊的方式结束了：

最后， 人们已经讨论了避免基于遗传风险对人群进行污名化的需要。不难想像基于该出版物的媒体公告“非洲人群中发现的糖尿病遗传风险”。 不久前，人们也对情报提出了类似的要求。 并非所有的猜测都是中立的。

碰巧的是，我来自代谢疾病风险很高的人群。 我不知道是否对这个事实感到羞耻，但我很高兴医疗专业人员开始意识到差异风险，并超越了对人的健康的粗略一统天下的理解。 由于我们分配脂肪的方式（针对相同的风险状况，我们必须更瘦一些，才能为美国人提供的BMI值对南亚人而言不太合适）。 再说一次，我不知道这是否有污名化， 但这是真实的。

因此，尽管我对以上论文中的方法存在真正的担忧， 我相信这些分析是更广泛答案的重要组成部分。 我们现在生活在抗生素革命和对细菌理论的理解时代。 这些是公共卫生投资的巨大回报。 在短期内，人类健康和预期寿命的增长将通过增加而处于边缘。 尽管我一直怀有各种怀疑态度，但最初都试图弄清人口历史与疾病之间的关系，但必须从某个地方开始。

引文： 电晕，埃里克，等。 “在全球人类关系和移民背景下对疾病遗传基础的分析。” PLoS遗传学9.5（2013）：e1003447

藏族生活在世界上最高的高原上，他们目前的人口规模接近5万，其中大多数生活在3,500米以上的海拔高度。 因此，青藏高原是人类历史文化和生物学研究的重要领域。 然而，青藏高原殖民化的时间顺序仍然是人类史前尚未解决的问题。 为了重现青藏高原现代人类的史前殖民时期和人口统计历史， 我们系统地从青藏高原整个地区的6,109个地理种群中采样了41名藏族个体，并分析了父系（n = 2,354）和母系（n = 6,109）谱系以及全基因组SNP标记（n = 50）在藏族人群中。 我们发现，现代人类进入青藏高原有两种截然不同的主要史前迁徙。 第一次迁徙以约30,000万年前的古代藏族遗传特征为标志，这表明现代人类对青藏高原的最初人为发生在旧石器时代而不是新石器时代。 我们还发现了藏人和汉族人之间相对年轻（仅7万至10岁）共享Y染色体和线粒体DNA单倍型的证据，这表明在新石器时代初期出现了第二次移民潮。 总体而言，遗传数据表明，自上古石器时代初期青藏高原最初定殖，最后冰川期结束之前，西藏人已经适应了高原环境，随后人口迅速膨胀，同时建立了农业和牛。新石器时代早期高原上的牧民主义。

我认为需要强调的两个主要重点是：

1）大量的mtDNA样本量和较小程度的Y染色体线性

2）西藏人是到达高原超过10,000年的农民的复合体，而狩猎采集者的历史可追溯至旧石器时代

引文： 蔡晓云等。 “人类在Y染色体揭示的最后一次冰河极大期期间通过瓶颈从东南亚迁移到东亚。” PloS one 6.8（2011）：e24282。

这篇论文有很多困扰我的问题。 我认为这是对他们论文的最广泛的解释，但是在细节上，我比起初时更加怀疑，困惑和好奇。 另外，我还要补充一点，我与在ASHG 2012上发表过这篇论文的海报的人进行了交谈，尽管我不知道他们是否是作者。 他们看起来不错，但也不一定完全专注于他们正在探索的问题，而不是获得大量样本并对其应用标准方法。 说到这，跳出来的第一件事就是他们的样本偏向今天的西藏自治区。 但是从历史上看，藏族一直居住到四川。 仅有50％的藏族人居住在自治区，但他们的样本中有90％以上来自这一地区。 就探索适应海拔高度而言，这很好，但是我想，如果您要进行系统地理学，则需要更好的地理覆盖范围。

但这只是一个未成年人。 本文的大部分内容由Y和mtDNA单体组的洗衣清单以及合并时间组成。 一些结果对我很有说服力。 有一些Y谱系表现出“星状”系统发育，通常意味着最近种群的快速增长。 作者使用其他方法推断，在引进农业超过10,000年前，人口确实在增加。 出于先前的理由，没有充分的理由对此发现表示怀疑。 尽管如此，进行钻探仍会造成很大的混乱，而且我不确定合并时间和系统发育实际上是否意味着作者所认为的意思。

例如，这是本文介绍的一种标准分析方法：

我们确定了新石器时代早期在父系（Y染色体D3a-P47和O3a3c1-M117）和母系（M9a1a和M9a1b1）（10-7 kya）谱系中最近种群扩展的分子特征（表1）。 对藏族和汉族之间的单倍型共享和分歧时间的详细分析表明，高原上的新石器时代人口的增长很可能是由于最早的新石器时代汉族农业人员的散布导致了大约10 kya在现在的中国西北地区。

O3a3c1-M117的出现频率约为30％，并且与中文（如上所示）相关。 这与其他最近的研究相吻合，这意味着藏人和中国人之间是相对较近的共同祖先。 通过混合种群将为您提供两个极端之间的平均结果，可以将此结果与旧石器时代根的存在相协调。 我的问题是，我怀疑汉人存在于10,000年前，就像我怀疑希腊人存在于10,000年前一样。

引文： 蔡晓云等。 “人类在Y染色体揭示的最后一次冰河极大期期间通过瓶颈从东南亚迁移到东亚。” PloS one 6.8（2011）：e24282。

快速 文献检索 得出这样的事实，即M117是模态的，特别是居住在中国南部和东南亚北部的非汉族。 我不是在这里建议苗族向藏人介绍M117。 相反，我建议我们最好谨慎一点，前提是在给定地区有任何书面记录之前，我们已经知道遗传单倍群的种族分布有6,500年。！ 对我来说，有一个推定的事实 汉藏语 一组语言强烈地表明了> 10,000年的多样化，而不是大约10,000年前的汉族存在。 历史记录很清楚，大约3,000年前的长江（现在是华北和华南之间的非正式分界线）是汉族在人口统计学上占主导地位的区域的边界。 即便如此，在华北平原上显然仍然有“野蛮人”的腰包！ 正如我们所理解的那样，大约10,000年BP的农业扩张是汉人，这根本不符合基本合理性的考验。 东北亚的汉族在人口和文化上占主导地位是近3,000年的现象，可能是最慷慨的4,000年（华南在后汉王朝灭亡后大约在公元200年左右，尤其是唐朝时期被中国化） 600-950 AD）。

由于这些不合时宜的假设以及当代单倍频率的偶然推断又回到了古代的地理人口分布，因此很多争论都是令人发指的。 古代DNA突显了这种危险在欧洲的存在，这应该更新我们这种分析的稳健性的先验。 例如，作者对Y染色体谱系缺乏结构以及它们在西藏各地的深度聚结时间感到好奇。 为什么这是一个问题？ 因为如果这些Y染色体世系是旧石器时代的，那么分支上的深层会聚也应对应于地理差异。 但是他们没有。 对我来说，最简单的解释是，过去一万年来，人口大量流动。随着农业的开放，青藏高原地区的人口急剧分化。 尽管从现有的分布推断出古代的地理联系，但这却带来了一个问题，因为它打开了迁徙的可能性，并带来了巨大的遗传人口变化。

总的来说，我会说这篇文章很有趣并且很有用，但是您应该仔细阅读它，不要太在意作者的推论。 这些推论基于可能基于错误基础的假设。

附录： 而且，如文中所述，PCA图上的“空白”并不一定意味着长期孤立。 这可能仅仅是由于采样不足造成的。 看上面。 有许多这样的不受支持的断言。 但是，我想补充一点，作者在拉萨市内发现了大量“异国”单倍群，这与我们对西藏文化历史的了解相吻合。 实际上，藏传佛教受南亚（尤其是孟加拉）佛教绝种的影响，而不是中国佛教的影响。 尽管喜马拉雅边界的人口激增似乎是从高地到低地，但也有例外。 这些例外往往在拉萨发现。

引文： 蔡晓云等。 “人类在Y染色体揭示的最后一次冰河极大期期间通过瓶颈从东南亚迁移到东亚。” PloS one 6.8（2011）：e24282。

替代人群的选择

根据先前的研究（Levy-Coffman 2005； Kopelman等人2009； Atzmon等人2010； Behar等人2010），由于古老的犹太人和卡扎尔人被打败，而他们的遗骸尚未被排序，当代中东部和高加索地区的人口被用来替代。 巴勒斯坦人被认为是原始犹太人，因为他们被假定与犹太人有着相似的语言，种族和地理背景，并被证明与欧洲犹太人有着相同的血统（Bonne´-Tamir和Adam 1992； Nebel等人，2000； Atzmon等人，2010； Behar等人，2010）。 同样，高加索格鲁吉亚人和亚美尼亚人也被认为是原始哈萨克人，因为他们被认为与哈扎尔人来自同一遗传群体（Polak 1951； Dvornik 1962； Brook 2006）。

Elhaik的方法和数据集都是合法的。 但是这场比赛的结果已经由于他如何定义游戏规则而被放弃了。 有合理的理由认为 与现代巴勒斯坦人相比，现代亚美尼亚人与罗马上古的犹太人甚至波斯时代的希伯来人之间的遗传关系可能更紧密。 主要的两个是现代巴勒斯坦人具有非洲血统，以及后伊斯兰阿拉伯血统。 两者似乎都不是琐碎的。

有关更多旧帖子， Ashkenazi犹太人可能不是卡扎尔人的后裔， 会做。

引文： 埃尔海克，伊兰。 “犹太欧洲祖先的缺失环节：对比莱茵兰和哈萨克人的假说。” 基因组生物学与进化5.1（2013）：61-74。

至于我之前对本文的暗示： 罗马帝国的每一个对人口统计学和社会问题感兴趣的历史学家都需要阅读这类著作。 原因是来自意大利的特定结果，该结果似乎显示出许多深厚的当地人口结构。 这与相对同质的其他欧洲国家形成鲜明对比，就斯拉夫民族而言，这些国家具有国际性。 尽管对意大利人进行了数十年的遗传工作（由于LL Cavalli-Sforza），但这是第一部凸显这种相对于其他欧洲人的特殊性的工作。 这是因为正如Ralph＆Coop所指出的，其他遗传分化措施（例如，利用厚密度SNP芯片的PCA）往往会吸收更深的历史和史前事件。 相比之下，Ralph＆Coop专注于从共同祖先作为一个单元继承的基因组片段，其可检测的完整性通过重组在整个世代中迅速衰减。 尽管这种专注于继承段的技术功能强大，但它的时间深度也很浅。

我将在作者关于意大利的讨论中引用作者的话：

除了意大利人彼此之间以及与其他欧洲人共有的极少数遗传共同祖先之外，我们还发现意大利内部存在着重要的现代子结构（即图2），该子结构早于大多数共同祖先，并估计了大多数共同祖先。意大利和其他人口之间的共同祖先已有大约2,300年的历史（图S16）。 还记得大多数人口在与意大利人共享的街区数量方面没有显示子结构，这意味着其他人口与意大利共享的共同祖先早于这些其他人口中的划分。 这表明意大利境内存在大量的旧下层建筑，人口众多，其强大程度足以使意大利境内的不同群体与其他不同的现代国家所拥有的近代血统几乎一样， 在迁移期间未均质化的子结构。 这些模式也可能部分反映 意大利境内的地理隔离以及来自不同来源的意大利定居的悠久历史。

后者的想法是经典的，意大利人在罗马时期被移民取代，特别是从东地中海。 关于在诸如罗马之类的地方希腊名字泛滥的文字和文字证据被证明支持此案。 我对这些数据持怀疑态度，因为奴隶和城市无产阶级的古代生育率通常很低，而城市无论如何都可能是人口沉没的地方。 相反，我怀疑东方对现代意大利人遗传的主要影响来自希腊殖民时期。 麦格纳·格拉西亚（Magna Graecia），因为尽管他们的文明以城市为中心，但希腊人的确从事农业。

相反， 我倾向于意大利是 自成一格 罗马沦陷后在欧洲大陆，尽管人口回归，但由于人口密度高，它保持了当地的地区特色。 家谱在其他后罗马地区（伊比利亚，法国和英国）的广大范围内的广泛融合可能反映了社会的瓦解，人口崩溃和局部干扰。 这种假设的真正检验是这些方法何时扩展到世界其他地区，尤其是地中海南部。 埃及和黎凡特应该表现出更多的意大利风格，因为在这些地区没有古代的深层破裂。

关于本文还有更多要说的。 但是我觉得这是来自意大利的结果，拇指酸痛伸出来，值得引起注意。 Ralph＆Coop建议需要与人类学家和历史学家合作。 的确如此。

引文： 拉尔夫·P（Ralph P），合作社G（合作社G）（2013）欧洲最近的遗传祖先地理。 PLoS Biol 11（5）：e1001555。 doi：10.1371 / journal.pbio.1001555

信用： 汉密尔顿1966

左图，从 1966年WD Hamilton的论文，说明了 生殖价值 在一生中（曲线基于台湾数据，在这种情况下假设人口恒定）。 高峰在〜20，然后在50岁左右下降到大约零。因此，对于女性而言，生命的后半期是我们标记为更年期的生理变化发生的时间，这并不奇怪，因为女性会舍弃低下的直接生殖通过补充女儿的资源间接增加后代的适应能力的价值。

在 遗传学趋势 论文的作者集中于妊娠糖尿病（GDM），先兆子痫（妊娠高血压），神经管缺陷，缺氧和各种传染病。 当谈到由于叶酸缺乏（以及相反的维生素D缺乏）引起的神经管缺陷时，这项工作似乎是对 妮娜·雅布隆基（Nina Jablonksi） 肤色变化的起源模型。 海拔高度适应问题可能是最直接的情况，因为低氧无疑会导致更高的胎儿和产妇死亡率。 正如作者所指出的，关于传染病 令人惊讶的是，很少有关于流行病（例如流感）影响的深入研究。 在这个地区，经历了成千上万的“大众社会”和农业的人口已有数年之久，这在本质上可能与那些曾经是猎人采集者的地区有很大不同。

妊娠糖尿病和先兆子痫是我特别感兴趣的疾病。 下表列出了这种情况的大致轮廓：

作者指出，“日本人饮食中对盐不敏感的现象很普遍：摄入盐量最多（20.6克/天）的妇女比摄入盐最少的妇女（8克/天）没有更多的高血压……相比之下，世界卫生组织建议成人每日盐摄入量少于5克。” 在我看来，这确实是一个重要的数据，考虑到我们社会中关于 盐的消费水平。 如果您来自遗传背景，可以降低高血压的风险，那么由于粗暴的指导方针对您自己的先验者视而不见，因此减少食盐可能会使您失去很多用途。

关于妊娠糖尿病的统计数据，这个数字相当明显。 从对英国样本的研究中可以看出，特别是孟加拉国比其他南亚人似乎更有可能患上新陈代谢疾病。 这里的问题是原因是直接的经典意义上的遗传，还是风险增加是表观遗传学，环境和常规遗传学的复杂结合。 让我在这里请作者发言：

相比之下，在纽约市队列中，中南亚地区的GDM发生率更高（14.3％），孟加拉国最高，为21.2％[19]。 传统上，孟加拉国人食用大量鱼类，这是一种低血糖食品。 大米，由于很少的加工而具有中等的血糖指数； 最后，在非裔美国人中，GDM的发生率为36％，处于中等水平……这与他们的混合血统以及西非人口（大多数美国非裔美国人的血统）的混合消费相一致。美国人

首先， 我在数据中没有看到太多证据表明，非洲裔美国人有很多血统可以从食用牛奶的人群（例如富拉尼）中获得。 因此，我不知道为什么在文本中引入了这一点（那里有大量的非裔美国人数据集）。 非裔美国人的非欧洲血统似乎来自沿海的农业学家，从塞内加尔到尼日利亚的约鲁巴土地，遍布整个领土。 第二，作为 由亨利·哈彭丁（Henry Harpending）建议 在推断出南亚人患有代谢性疾病之前，在进化的时间尺度上，他们接触的精制淀粉一定不如北欧人那么多，因此需要更多研究人类粮食生产的人类学家的投入。 直到大约5,000年前，农业才进入斯堪的纳维亚半岛，所以似乎无法推测整个大约10,000年的中东起源农业形成了北欧基因组（除非北欧人大多来自那些原始的中东人，这似乎不太可能）。 其次，孟加拉大部分地区的广泛种植是相对较新的（过去约3,000年）， 但遗传学清楚地表明，大多数变化不是由于狩猎采集者采用农业，而是由于农民从西方迁徙 （尽管某些遗传学暗示东方人口具有非同寻常的混合；但这是带来稻米的那些）。 到那时，南亚可能没有专职的狩猎采集者，这与同样从事园艺的刀耕火种的人群相反。

事实是，南亚人比非裔美国人患糖尿病的几率更高，这向我表明，这不是农业采用和谷物加工程度的简单说法（西非农业的强度往往较低，饮食和营养成分比南亚谷物协会更多样化）。 如果要坚持一种标准的遗传学说法，那么代谢性疾病可能是一种更加令人困惑的副作用，与食品生产没有直接关系。 或者，可能是时候看看环境的协变量了。 与东亚美食不同，南亚的烹饪传统确实提供了相当丰富的甜点。 在近现代时期，这将是罕见的享受，但是今天的消费水平却更高。 由于我对南亚人的代谢疾病的意识，当我看到同族人食用精制糖的食物时，我会感到不高兴（在我在西方或发达国家进行的任何调查中，南亚人的肥胖症都比东亚人多非西方社会，例如新加坡）。 归根结底，我对南亚人聚集狩猎者（例如澳大利亚原住民也有类似问题）的想法深表怀疑，这是由于农业的后期采用或缺乏加工（碾磨）的多样化饮食。

相关新闻： 卡尔·齐默 也谈到了这篇论文。 像往常一样出色。